Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer2_text 模块

Bio.SearchIO 解析器用于 HMMER 2 文本输出。

class Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer2_text.Hmmer2TextParser(handle)

基类：object

HMMER 2.0 文本输出的迭代器。

__init__(handle)

初始化类。

__iter__()

遍历 Hmmer2TextParser，生成查询结果。

read_next(rstrip=True)

返回下一行非空行，去除尾随空格。

push_back(line)

取消读取尚未解析的行。

parse_key_value()

解析以冒号分隔的键值对。

parse_preamble()

解析 HMMER2 前言。

parse_qresult()

解析 HMMER2 查询块。

parse_hits()

解析 HMMER2 命中块，从命中表开始。

parse_hsps(hit_placeholders)

解析 HMMER2 hsp 块，从 hsp 表开始。

parse_hsp_alignments()

解析 HMMER2 HSP 对齐块。

class Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer2_text.Hmmer2TextIndexer(*args, **kwargs)

基类：_BaseHmmerTextIndexer

hmmer2-text 格式的索引器。

qresult_start = b'Query'

qresult_end = b'//'

__iter__()

遍历 Hmmer2TextIndexer；生成查询结果的键、偏移量、0。

__abstractmethods__ = frozenset({})