Bio.SCOP.Des 模块

处理 SCOP DEScription 文件。

文件格式在 scop “发行说明” 中描述：http://scop.berkeley.edu/release-notes-1.55.html 最新 DES 文件可在“SCOP 中的其他地方”找到：http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/parse/

“版本 1.55”：http://scop.berkeley.edu/parse/des.cla.scop.txt_1.55 (2001 年 7 月)

class Bio.SCOP.Des.Record(line=None)

基类：object

保存 SCOP 层次结构中一个节点的信息。

属性

  • sunid - SCOP 唯一标识符

  • nodetype - ‘cl’（类）、‘cf’（折叠）、‘sf’（超家族）、‘fa’（家族）、‘dm’（蛋白质）、‘sp’（物种）、‘px’（域）之一。可能会添加其他节点类型。

  • sccs - SCOP 简洁分类字符串。例如 b.1.2.1

  • name - 域的 SCOP ID (sid)（例如 d1anu1），目前其他节点类型为空

  • description - 例如，“所有 beta 蛋白质”、“纤连蛋白 III 型”，

__init__(line=None)

初始化类。

__str__()

将 SCOP 描述记录表示为制表符分隔的字符串。

Bio.SCOP.Des.parse(handle)

将 DES 文件迭代为每行一个 Des 记录。

参数

  • handle - 类文件对象