Bio.SCOP.Cla 模块
处理 SCOP 分类文件,该文件描述了 SCOP 结构域。
文件格式在 scop 的“发行说明”中描述:http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/release-notes.html 最新的 CLA 文件可以在 SCOP 的“其他地方”找到:http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/parse/
“版本 1.73”: http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/parse/dir.cla.scop.txt_1.73 (2008 年 7 月)
- class Bio.SCOP.Cla.Record(line=None)
基类:
object
保存一个 SCOP 结构域的信息。
- 属性
sid - SCOP 标识符。例如 d1danl2
residues - 结构域定义作为 Residues 对象
sccs - SCOP 简洁分类字符串。例如 b.1.2.1
sunid - 该结构域的 SCOP 唯一标识符
hierarchy - 字典,键是节点类型,值是 sunid,描述该结构域在 SCOP 层次结构中的位置。有关节点类型的描述,请参见 Scop 模块。在较早版本的 Biopython 中,这曾经是 (key, value) 元组列表(参见 Bug 3109)。
- __init__(line=None)
初始化类。
- __str__()
将 SCOP 分类记录表示为制表符分隔的字符串。
- Bio.SCOP.Cla.parse(handle)
将 CLA 文件迭代为每行的 Cla 记录。
- 参数
handle - 类文件对象。