Bio.SCOP.Cla 模块

处理 SCOP 分类文件,该文件描述了 SCOP 结构域。

文件格式在 scop 的“发行说明”中描述:http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/release-notes.html 最新的 CLA 文件可以在 SCOP 的“其他地方”找到:http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/parse/

“版本 1.73”: http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/parse/dir.cla.scop.txt_1.73 (2008 年 7 月)

class Bio.SCOP.Cla.Record(line=None)

基类: object

保存一个 SCOP 结构域的信息。

属性
  • sid - SCOP 标识符。例如 d1danl2

  • residues - 结构域定义作为 Residues 对象

  • sccs - SCOP 简洁分类字符串。例如 b.1.2.1

  • sunid - 该结构域的 SCOP 唯一标识符

  • hierarchy - 字典,键是节点类型,值是 sunid,描述该结构域在 SCOP 层次结构中的位置。有关节点类型的描述,请参见 Scop 模块。在较早版本的 Biopython 中,这曾经是 (key, value) 元组列表(参见 Bug 3109)。

__init__(line=None)

初始化类。

__str__()

将 SCOP 分类记录表示为制表符分隔的字符串。

Bio.SCOP.Cla.parse(handle)

将 CLA 文件迭代为每行的 Cla 记录。

参数
  • handle - 类文件对象。

class Bio.SCOP.Cla.Index(filename)

基类: dict

一个由 SCOP 标识符索引的 CLA 文件,用于快速随机访问。

__init__(filename)

创建 CLA 索引。

参数
  • filename - 要索引的文件

__getitem__(key)

从索引文件中返回一个项目。