Bio.PDB.alphafold_db 模块

一个用于与 AlphaFold 蛋白质结构数据库交互的模块。

请查看 数据库网站 和 API 文档.

Bio.PDB.alphafold_db.get_predictions(qualifier: str) → Iterator[dict]

获取 UniProt 登录号的所有 AlphaFold 预测。

参数:

qualifier (str) – UniProt 登录号，例如 P00520

返回值:

AlphaFold 预测

返回类型:

Iterator[dict]

Bio.PDB.alphafold_db.download_cif_for(prediction: dict, directory: str | bytes | PathLike | None = None) → str

下载 AlphaFold 预测的 mmCIF 文件。

如果未指定目标，则将文件下载到当前工作目录。

参数:

• prediction (dict) – AlphaFold 预测

• directory (Union[int, str, bytes, PathLike], optional) – 要写入 mmCIF 数据的目录，默认为当前工作目录

返回值:

指向 mmCIF 文件的路径

返回类型:

str

Bio.PDB.alphafold_db.get_structural_models_for(qualifier: str, mmcif_parser: MMCIFParser | None = None, directory: str | bytes | PathLike | None = None) → Iterator[Structure]

获取 UniProt 登录号的 PDB 结构。

如果 mmCIF 文件不存在，则将其下载到目录中。

参数:

• qualifier (str) – UniProt 登录号，例如 P00520

• mmcif_parser (MMCIFParser, optional) – 要使用的 mmCIF 解析器，默认为 MMCIFParser()

• directory (Union[int, str, bytes, PathLike], optional) – 存储 mmCIF 数据的目录，默认为当前工作目录

返回值:

PDB 结构的迭代器

返回类型:

Iterator[PDBStructure]