Bio.KEGG.Enzyme 包

模块内容

用于处理 KEGG 酶数据库的代码。

函数

• parse - 返回一个生成 Record 对象的迭代器。

类

• Record - 保存 KEGG 酶记录中的信息。

class Bio.KEGG.Enzyme.Record

基类： object

保存 KEGG 酶记录中的信息。

属性

• entry EC 号码（不含 ‘EC’）。

• name 酶名称列表。

• classname 分类术语列表。

• sysname 酶的系统名称。

• reaction 反应描述字符串列表。

• substrate 底物列表。

• product 产物列表。

• inhibitor 抑制剂列表。

• cofactor 辅因子列表。

• effector 效应器列表。

• comment 注释字符串列表。

• pathway 3 元组列表： (数据库, id, 途径)

• genes 2 元组列表： (生物体, 基因 id 列表)

• disease 3 元组列表： (数据库, id, 疾病)

• structures 2 元组列表： (数据库, 结构 id 列表)

• dblinks 2 元组列表： (数据库, 数据库 id 列表)

__init__()

初始化一个新的 Record 对象。

__str__()

返回此 Record 对象的字符串表示形式。

Bio.KEGG.Enzyme.parse(handle)

解析 KEGG 酶文件，返回 Record 对象。

这是一个迭代器函数，通常用于 for 循环中。例如，使用 Biopython 测试套件中一个示例 KEGG 文件，

>>> with open("KEGG/enzyme.sample") as handle:
...     for record in parse(handle):
...         print("%s %s" % (record.entry, record.name[0]))
...
1.1.1.1 alcohol dehydrogenase
1.1.1.62 17beta-estradiol 17-dehydrogenase
1.1.1.68 Transferred to 1.5.1.20
1.6.5.3 NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
1.14.13.28 3,9-dihydroxypterocarpan 6a-monooxygenase
2.4.1.68 glycoprotein 6-alpha-L-fucosyltransferase
3.1.1.6 acetylesterase
2.7.2.1 acetate kinase

Bio.KEGG.Enzyme.read(handle)

解析一个只有一个条目的 KEGG 酶文件。

如果 handle 中没有记录，或有多条记录，则会抛出异常。例如

>>> with open("KEGG/enzyme.new") as handle:
...     record = read(handle)
...     print("%s %s" % (record.entry, record.name[0]))
...
6.2.1.25 benzoate---CoA ligase