Bio.KEGG.Gene 包

模块内容

用于处理 KEGG 基因数据库的代码。

函数: - parse - 返回一个给出 Record 对象的迭代器。

类: - Record - KEGG 基因的表示。

class Bio.KEGG.Gene.Record

基础类: object

保存来自 KEGG 基因记录的信息。

属性

• entry 条目标识符。

• name 基因名称列表。

• definition 基因的定义。

• orthology 2 元组列表: (直系同源物 ID, 角色)

• organism 元组: (生物 ID, 生物)

• position 基因的位置

• motif 2 元组列表: (数据库, 链接 ID 列表)

• dblinks 2 元组列表: (数据库, 链接 ID 列表)

__init__()

初始化新记录。

__str__()

返回此 Record 的字符串表示。

Bio.KEGG.Gene.parse(handle)

解析 KEGG 基因文件，返回 Record 对象。

这是一个迭代器函数，通常用于 for 循环中。例如，使用 Biopython 测试套件中的一个示例 KEGG 文件，

>>> with open("KEGG/gene.sample") as handle:
...     for record in parse(handle):
...         print("%s %s" % (record.entry, record.name[0]))
...
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