Bio.KEGG.Compound 包

模块内容

用于处理 KEGG 配体/化合物数据库的代码。

函数

• parse - 返回一个给出 Record 对象的迭代器。

类

• Record - KEGG 配体/化合物的表示。

class Bio.KEGG.Compound.Record

基类：object

保存来自 KEGG 配体/化合物记录的信息。

属性

• entry 条目标识符。

• name 化合物名称列表。

• formula 化合物的化学式。

• mass 化合物的分子量。

• pathway 3 元组列表：('PATH', 通路 ID, 通路)

• enzyme EC 编号列表。

• structures 2 元组列表：(数据库, 结构 ID 列表)

• dblinks 2 元组列表：(数据库, 链接 ID 列表)

__init__()

初始化为新记录。

__str__()

返回该 Record 的字符串表示形式。

Bio.KEGG.Compound.parse(handle)

解析 KEGG 配体/化合物文件，返回 Record 对象。

这是一个迭代器函数，通常用在 for 循环中。例如，使用 Biopython 测试套件中的示例 KEGG 文件之一，

>>> with open("KEGG/compound.sample") as handle:
...     for record in parse(handle):
...         print("%s %s" % (record.entry, record.name[0]))
...
C00023 Iron
C00017 Protein
C00099 beta-Alanine
C00294 Inosine
C00298 Trypsin
C00348 all-trans-Undecaprenyl phosphate
C00349 2-Methyl-3-oxopropanoate
C01386 NH2Mec