Bio.Graphics.BasicChromosome 模块
绘制生物体染色体表示图，并添加信息。
这些类旨在模拟染色体图片的绘制。这在许多方面都很有用，包括在染色体上显示标记（例如，用于遗传作图）以及显示两个染色体之间的同源性。
这些类的结构旨在成为复合结构，以便可以轻松地插入和切换不同的部分，而不会破坏系统的总体绘制功能。类之间的关系是，所有内容都派生自 _ChromosomeComponent，它指定了总体接口。然后，这些部分相互关联，以便一个生物体包含染色体，而这些染色体包含染色体片段。这种表示与规范的复合结构不同，因为我们这里没有真正的“叶”节点——所有组件都可能包含子组件。
大多数情况下，ChromosomeSegment 类是您想要针对特定绘制任务进行自定义的类。
为了提供绘制功能，这些类使用 reportlab
这提供了 PDF、SVG 和 Postscript 中的精美输出。如果您安装了 reportlab 的 renderPM 模块，您还可以使用 PNG 等。
- class Bio.Graphics.BasicChromosome.Organism(output_format='pdf')
Bases:
_ChromosomeComponent绘制染色体的顶级类。
此类保存有关生物体及其所有染色体的的信息，并提供可以用于绘制生物体的染色体表示图的顶级对象。
应该通过添加和删除函数添加和删除染色体。
- __init__(output_format='pdf')
初始化类。
- draw(output_file, title)
绘制生物体的信息。
- 参数
output_file – 指定应将文档保存到的文件名称，或要写入的句柄。输出格式在创建生物体对象时设置。或者，output_file=None 将使用低级 ReportLab 对象返回绘图（用于进一步处理，例如在写入之前添加其他图形）。
title – 生成的文档的输出标题。
- class Bio.Graphics.BasicChromosome.Chromosome(chromosome_name)
Bases:
_ChromosomeComponent绘制生物体染色体的类。
这组织了单个生物体染色体的绘制。可以实例化此类，但 draw 方法在生物体的上下文中调用最有意义。
- __init__(chromosome_name)
初始化一个染色体以供绘制。
- 参数
chromosome_name - 染色体的标签。
- 属性
start_x_position, end_x_position - 页面上应绘制染色体的 x 位置。这允许在单个页面上绘制多个染色体。
start_y_position, end_y_position - 页面上应包含染色体的 y 位置。
- 配置属性
title_size - 染色体标题的大小。
scale_num - 用于缩放绘图的数字。如果您要按相同比例绘制大小不同的多个染色体，这将很有用。如果没有设置，则染色体绘制将按染色体中的片段数量进行缩放（因此每个染色体的最终大小都完全相同）。
- subcomponent_size()
返回此组件的所有子组件的缩放大小。
- draw(cur_drawing)
在指定的模板上绘制染色体。
理想情况下，应在绘制之前设置 x_position 和 y_*_position 属性——否则我们会遇到一些问题。
- class Bio.Graphics.BasicChromosome.ChromosomeSegment
Bases:
_ChromosomeComponent绘制染色体片段。
此类提供了绘制染色体的重要的可配置功能。每个片段在此处有一些可用的自定义，或者可以对其进行子类化以定义其他功能。大多数有趣的绘图内容可能发生在 ChromosomeSegment 级别。
- __init__()
初始化一个 ChromosomeSegment。
- 属性
start_x_position, end_x_position - 定义我们必须在其中绘制事物的 x 范围。
start_y_position, end_y_position - 定义我们必须在其中绘制事物的 y 范围。
- 配置属性
scale - 组件的缩放值。默认情况下，它设置为 1（即——与其他所有内容具有相同的比例）。较高的值使组件更大，较小的值使组件更小。
fill_color - 用于填充段的 color。颜色在 reportlab.lib.colors 中可用
label - 要放置在染色体段上的标签。这应该是一个文本字符串，指定要包含在标签中的内容。
label_size - 标签的大小。
chr_percent - 染色体段所占的区域百分比。
- draw(cur_drawing)
绘制一个染色体片段。
在绘制之前，需要设置我们正在绘制的范围。
- class Bio.Graphics.BasicChromosome.AnnotatedChromosomeSegment(bp_length, features, default_feature_color=colors.blue, name_qualifiers=('gene', 'label', 'name', 'locus_tag', 'product'))
Bases:
ChromosomeSegment带注释的染色体片段。
这与 ChromosomeSegment 类似，但接受一个特征列表。
- __init__(bp_length, features, default_feature_color=colors.blue, name_qualifiers=('gene', 'label', 'name', 'locus_tag', 'product'))
初始化。
特征可以是 SeqFeature 对象，也可以是值的元组：start（int）、end（int）、strand（+1、-1、O 或 None）、label（string）、ReportLab color（string 或 object）以及可选的 ReportLab 填充颜色。
请注意，我们要求 0 <= start <= end <= bp_length，并且在分配给此段的垂直空间内，行将根据 start/end 坐标（从顶部开始）放置。
正链特征绘制在右侧，负链绘制在左侧，否则绘制在整个区域。
我们建议对所有段的比例值使用一致的单位（例如，它们的长度以碱基对表示）。
当以 SeqFeature 对象提供特征时，将使用默认颜色，除非特征的限定符包含 Artemis 颜色字符串（GenomeDiagram 中也具有此功能）。标题也遵循 GenomeDiagram 方法，并从 name_qualifiers 中指定的列表或元组中获取第一个限定符。
注意，附加属性 label_sep_percent 控制染色体片段占用的面积百分比，默认情况下为 chr_percent 属性的一半（25% 的一半，即 12.5%）。
- class Bio.Graphics.BasicChromosome.TelomereSegment(inverted=0)
Bases:
ChromosomeSegment位于线性染色体末端的片段。
这与普通片段类似，但它绘制染色体的末端，该末端用半圆表示。这只是覆盖了 ChromosomeSegment 的 _draw_segment 类以提供该专门的绘图。
- __init__(inverted=0)
初始化染色体末端的片段。
有关可以在 TelomereSegments 中自定义的所有属性，请参见 ChromosomeSegment。
- 参数
inverted – 端粒是否应该倒置（即绘制在染色体的底部）
- class Bio.Graphics.BasicChromosome.SpacerSegment
Bases:
ChromosomeSegment位于线性染色体末端的片段。
不绘制任何内容，只是空白区域，这对于布局目的（例如为特征标签腾出空间）很有帮助。
- draw(cur_diagram)
不对当前图绘制任何内容（虚拟方法）。
片段间隔符在图中没有实际图像，因此此方法不执行任何操作，但定义了以匹配其他片段对象的预期 API。