Bio.Graphics.GenomeDiagram 包

模块内容

集成到 Biopython 中的 GenomeDiagram 模块。

class Bio.Graphics.GenomeDiagram.Diagram(name=None, format='circular', pagesize='A3', orientation='landscape', x=0.05, y=0.05, xl=None, xr=None, yt=None, yb=None, start=None, end=None, tracklines=False, fragments=10, fragment_size=None, track_size=0.75, circular=True, circle_core=0.0)

基类：object

图表容器。

参数

• name - 字符串，图表的标识符。

• tracks - 包含图表的 Track 对象列表。

• format - 字符串，图表的格式，根据需要的图表类型，可以是 ‘circular’ 或 ‘linear’。

• pagesize - 字符串，描述图像 ISO 大小的输出，或者像素元组。

• orientation - 字符串，描述最终绘图所需的方位（‘landscape’ 或 ‘portrait’）。

• x - 浮点数 (0->1)，页面上左右边距所占比例。

• y - 浮点数 (0->1)，页面上上下边距所占比例。

• xl - 浮点数 (0->1)，页面上左边距所占比例（覆盖 x）。

• xr - 浮点数 (0->1)，页面上右边距所占比例（覆盖 x）。

• yt - 浮点数 (0->1)，页面上上边距所占比例（覆盖 y）。

• yb - 浮点数 (0->1)，页面上下边距所占比例（覆盖 y）。

• circle_core - 浮点数，圆形图表中心留空半径的比例（0 到 1）。

• start - 整数，图表开始的碱基/氨基酸位置。

• end - 整数，图表结束的碱基/氨基酸位置。

• tracklines - 布尔值，如果要绘制轨道指南线，则为 True。

• fragments - 整数，对于线性图表，序列被划分的相等部分的数目。

• fragment_size - 浮点数 (0->1)，用于绘制每个片段可使用空间的比例。

• track_size - 浮点数 (0->1)，用于绘制每个轨道符号可使用空间的比例。

• circular - 布尔值，如果要绘制的基因组/序列实际上是圆形的，则为 True。

__init__(name=None, format='circular', pagesize='A3', orientation='landscape', x=0.05, y=0.05, xl=None, xr=None, yt=None, yb=None, start=None, end=None, tracklines=False, fragments=10, fragment_size=None, track_size=0.75, circular=True, circle_core=0.0)

初始化。

gdd = Diagram(name=None)

set_all_tracks(attr, value)

将集合中所有轨道的传递属性设置为传递的值。

参数

• attr - Track 类的属性。

• value - 要设置的属性的值。

set_all_tracks(self, attr, value)

draw(format=None, pagesize=None, orientation=None, x=None, y=None, xl=None, xr=None, yt=None, yb=None, start=None, end=None, tracklines=None, fragments=None, fragment_size=None, track_size=None, circular=None, circle_core=None, cross_track_links=None)

使用传递的参数绘制图表，传递的参数会覆盖现有的属性。

gdd.draw(format=’circular’)

write(filename='test1.ps', output='PS', dpi=72)

将绘制的图表写入指定文件，使用指定格式。

参数

• filename - 表示输出文件名或写入句柄的字符串。

• output - 表示输出格式的字符串，包括 PS、PDF、SVG，或者如果安装了 ReportLab renderPM 模块，还包括位图格式 JPG、BMP、GIF、PNG、TIFF 或 TIFF。格式可以是大写或小写。

• dpi - 整数。位图格式的分辨率（每英寸点数）。

返回值

无返回值。

write(self, filename=’test1.ps’, output=’PS’, dpi=72)

write_to_string(output='PS', dpi=72)

返回一个字节字符串，包含以请求的格式表示的图表。

参数

• output - 表示输出格式的字符串，包括 PS、PDF、SVG、JPG、BMP、GIF、PNG、TIFF 或 TIFF（如 write 方法中指定）。

• dpi - 位图格式的分辨率（每英寸点数）。

返回值

以指定的格式返回已完成的绘制结果，以字节字符串形式表示。

add_track(track, track_level)

将 Track 对象添加到图表中。

它还接受在图表上特定级别放置对象的指令。

参数

• track - 要绘制的 Track 对象。

• track_level - 整数。绘制轨道所在的级别（高于任意基线）。

add_track(self, track, track_level)

new_track(track_level, **args)

在给定级别上将新的 Track 添加到图表中。

轨道将被返回，以供用户进一步操作。

参数

• track_level - 整数。绘制轨道所在的级别（高于任意基线）。

new_track(self, track_level)

del_track(track_level)

删除要在图表上特定级别绘制的轨道。

参数

• track_level - 整数。要删除的轨道在图表上的级别。

del_track(self, track_level)

get_tracks()

返回图表中包含的轨道列表。

move_track(from_level, to_level)

将轨道从图表上的一个级别移动到另一个级别。

参数

• from_level - 整数。要移动的轨道所在的级别。

• to_level - 整数。要将轨道移动到的级别。

renumber_tracks(low=1, step=1)

连续重新编号所有轨道。

可以选择从传递的最低编号开始。

参数

• low - 整数。要开始的轨道编号。

• step - 整数。轨道间隔，用于轨道之间的分离。

get_levels()

返回图表中轨道占据的级别列表，按排序顺序排列。

get_drawn_levels()

返回轨道占据的级别列表，按排序顺序排列。

这些轨道没有被明确隐藏。

range()

从轨道特征返回最低和最高碱基编号。

返回类型为元组。

__getitem__(key)

返回在传递的键的级别上包含的轨道。

__str__()

返回描述图表的格式化字符串。

class Bio.Graphics.GenomeDiagram.Track(name=None, height=1, hide=0, greytrack=0, greytrack_labels=5, greytrack_fontsize=8, greytrack_font='Helvetica', greytrack_font_rotation=0, greytrack_font_color=_grey, scale=1, scale_format=None, scale_color=colors.black, scale_font='Helvetica', scale_fontsize=6, scale_fontangle=45, scale_largeticks=0.5, scale_ticks=1, scale_smallticks=0.3, scale_largetick_interval=1e6, scale_smalltick_interval=1e4, scale_largetick_labels=1, scale_smalltick_labels=0, axis_labels=1, start=None, end=None, greytrack_font_colour=None, scale_colour=None)

基类：object

Track。

属性

• height Int 描述相对于图表中其他轨道尺度字体大小的相对高度

• name String 描述轨道

• hide 布尔值，0 表示不绘制轨道

• start, end 整数（或 None），用于指定仅绘制部分轨道的开始/结束位置。

• greytrack 布尔值，1 表示在轨道上绘制灰色背景

• greytrack_labels Int 描述要在轨道上以规则间隔放置多少个轨道标识标签

• greytrack_font String 描述用于灰色轨道标签的字体

• greytrack_fontsize Int 描述在灰色轨道上显示标签的字体大小

• greytrack_font_rotation Int 描述旋转灰色轨道标签的角度（仅限线性）

• greytrack_font_color colors.Color 描述用于绘制灰色轨道标签的颜色

• scale 布尔值，1 表示在轨道上绘制刻度

• scale_format String，默认为 None，当刻度值以数字形式写入时。将其设置为 'SInt' 会调用类似 SI 单位的倍数，例如 Mbp、Kbp 等。

• scale_color colors.Color 用于绘制刻度的元素

• scale_font String 描述用于刻度标签的字体

• scale_fontsize Int 描述刻度标签字体的尺寸

• scale_fontangle Int 描述绘制刻度标签的角度（仅限线性）

• scale_ticks 布尔值，1 表示在刻度上绘制刻度线

• scale_largeticks Float (0->1) 描述大型刻度线相对于轨道高度的比例

• scale_smallticks Float (0->1) 描述小型刻度线相对于轨道高度的比例

• scale_largetick_interval Int，描述应该将大型刻度线隔开的碱基数量

• scale_smalltick_interval Int，描述应该将小型刻度线隔开的碱基数量

• scale_largetick_labels 布尔值，描述是否应该在大型刻度线上方写入位置标签

• scale_smalltick_labels 布尔值，描述是否应该在小型刻度线上方写入位置标签

• axis_labels 布尔值，描述是否应该在 Y 轴上放置值标签

__init__(name=None, height=1, hide=0, greytrack=0, greytrack_labels=5, greytrack_fontsize=8, greytrack_font='Helvetica', greytrack_font_rotation=0, greytrack_font_color=_grey, scale=1, scale_format=None, scale_color=colors.black, scale_font='Helvetica', scale_fontsize=6, scale_fontangle=45, scale_largeticks=0.5, scale_ticks=1, scale_smallticks=0.3, scale_largetick_interval=1e6, scale_smalltick_interval=1e4, scale_largetick_labels=1, scale_smalltick_labels=0, axis_labels=1, start=None, end=None, greytrack_font_colour=None, scale_colour=None)

初始化。

参数

• height Int 描述图表中其他轨道的相对高度

• name String 描述轨道

• hide 布尔值，0 表示不绘制轨道

• greytrack 布尔值，1 表示在轨道上绘制灰色背景

• greytrack_labels Int 描述要在轨道上以规则间隔放置多少个轨道标识标签

• greytrack_font String 描述用于灰色轨道标签的字体

• greytrack_fontsize Int 描述在灰色轨道上显示标签的字体大小

• greytrack_font_rotation Int 描述旋转灰色轨道标签的角度（仅限线性）

• greytrack_font_color colors.Color 描述绘制灰色轨道标签的颜色（被具有英国拼写 colour 的向后兼容参数覆盖）。

• scale 布尔值，1 表示在轨道上绘制刻度

• scale_color colors.Color 用于绘制刻度的元素（被具有英国拼写 colour 的向后兼容参数覆盖）。

• scale_font String 描述用于刻度标签的字体

• scale_fontsize Int 描述刻度标签字体的尺寸

• scale_fontangle Int 描述绘制刻度标签的角度（仅限线性）

• scale_ticks 布尔值，1 表示在刻度上绘制刻度线

• scale_largeticks Float (0->1) 描述大型刻度线相对于轨道高度的比例

• scale_smallticks Float (0->1) 描述小型刻度线相对于轨道高度的比例

• scale_largetick_interval Int，描述应该将大型刻度线隔开的碱基数量

• scale_smalltick_interval Int，描述应该将小型刻度线隔开的碱基数量

• scale_largetick_labels 布尔值，描述是否应该在大型刻度线上方写入位置标签

• scale_smalltick_labels 布尔值，描述是否应该在小型刻度线上方写入位置标签

• name 字符串，用于帮助识别轨道

• height 相对高度用于绘制轨道

• axis_labels 布尔值，描述是否应该在 Y 轴上放置值标签

add_set(set)

将预先存在的 FeatureSet 或 GraphSet 对象添加到轨道中。

new_set(type='feature', **args)

创建一个新的 FeatureSet 或 GraphSet 对象。

创建一个新的 FeatureSet 或 GraphSet 对象，将其添加到轨道中，并返回以供用户操作

del_set(set_id)

从轨道中删除具有给定 id 的集合。

get_sets()

返回此轨道中包含的集合。

get_ids()

返回此轨道中包含的所有集合的 id。

range()

以元组的形式返回最低和最高碱基（或标记）数。

to_string(verbose=0)

返回包含有关轨道的格式化字符串。

参数

• verbose - 布尔值，指示是否需要轨道的简短或完整说明

__getitem__(key)

返回具有给定 id 的集合。

__str__()

返回包含有关轨道的格式化字符串。

class Bio.Graphics.GenomeDiagram.FeatureSet(set_id=None, name=None, parent=None)

基类：object

FeatureSet 对象。

__init__(set_id=None, name=None, parent=None)

创建对象。

参数

• set_id: 集合的唯一 id

• name: 标识特征集的字符串

add_feature(feature, **kwargs)

添加一个新的特征。

参数

• feature: Bio.SeqFeature 对象

• kwargs: Feature 的关键字参数。Feature 的命名属性

将 Bio.SeqFeature 对象添加到图表中（将在内部存储在 Feature 包装器中）。

del_feature(feature_id)

删除一个特征。

参数

• feature_id: 要删除的特征的唯一 id

从集合中删除一个特征，用其 id 表示。

set_all_features(attr, value)

设置所有特征的属性。

参数

• attr: Feature 类的属性

• value: 将该属性设置为的值

将集合中所有特征的给定属性设置为给定值。

get_features(attribute=None, value=None, comparator=None)

检索特征。

参数

• attribute: 字符串，Feature 对象的属性

• value: 属性所需的 value

• comparator: 字符串，如何将 Feature 属性与给定 value 进行比较

如果未指定属性或 value，则返回 FeatureSet 中所有特征的列表。如果同时指定了属性和 value，则根据 comparator，将返回与 FeatureSet 中所有与给定 value 匹配（或不匹配）的特征列表。允许的比较器为：‘startswith’，‘not’，‘like’。

用户应做出负责任的决定，以选择要与哪些给定 value 和比较器设置一起使用的特征属性。

get_ids()

返回特征集的所有 id 的列表。

range()

以元组的形式返回最低和最高碱基（或标记）数。

to_string(verbose=0)

返回包含有关集合的格式化字符串。

参数

• verbose: 布尔值，指示是否需要集合的简短（默认）或完整说明

__len__()

返回集合中特征的数量。

__getitem__(key)

根据 ID 返回特征。

__str__()

返回包含特征集信息的格式化字符串。

class Bio.Graphics.GenomeDiagram.Feature(parent=None, feature_id=None, feature=None, color=colors.lightgreen, label=0, border=None, colour=None)

基类：object

用于包装 Bio.SeqFeature 对象的类，供 GenomeDiagram 使用。

属性

• 父 FeatureSet，对象容器。

• ID 唯一的 ID。

• color color.Color，用于绘制特征的颜色。

• hide 布尔值，表示是否绘制特征。

• sigil 字符串，表示用于特征的符号类型。目前支持“BOX”或“ARROW”。

• arrowhead_length 浮点数，表示箭头头的长度，相对于边界框的高度。箭头杆占据边界框长度的剩余部分。

• arrowshaft_height 浮点数，表示代表性箭头杆的长度，相对于边界框的高度。箭头头占据边界框的全部高度。

• name_qualifiers 字符串列表，描述可能包含包装的 Bio.SeqFeature 对象中特征名称的限定符。

• label 布尔值，1 表示应显示标签。

• label_font 字符串，描述用于特征标签的字体。

• label_size 整数，描述特征标签的字体大小。

• label_color color.Color，描述特征标签的颜色。

• label_angle 浮点数，描述特征标签旋转的角度（单位为度）（默认值为 45，仅线性）。

• label_position 字符串，表示“start”、“end”或“middle”，用于表示特征标签的放置位置。对于线性图，默认值为“start”，而对于圆形图，默认值为特征绘制在底部的位置。如果留空则为 None。

• label_strand 整数 -1 或 +1，用于明确地在正向或反向链上放置标签。默认值（None）遵循特征链。使用 -1 将标签放在轨道下方（线性）或轨道内部（圆形），使用 +1 将标签放在轨道上方（线性）或轨道外部（圆形）。

• locations 元组列表，包含 (start, end) 整数，描述特征和任何子特征的起始和结束位置。

• type 字符串，表示特征类型。

• name 字符串，表示特征名称。

• strand 整数，描述特征所在的链。

__init__(parent=None, feature_id=None, feature=None, color=colors.lightgreen, label=0, border=None, colour=None)

初始化。

参数

• 包含该特征的父 FeatureSet。

• feature_id 该特征的唯一 ID。

• feature 要包装的 Bio.SeqFeature 对象。

• color color.Color 用于绘制特征的颜色（被向后兼容的参数覆盖，使用英国拼写，colour）。如果在特征限定符中找到“color”，则任何参数都被覆盖。

• border color.Color 用于绘制特征边框的颜色，使用 None 表示与填充颜色相同，使用 False 表示没有边框。

• label 布尔值，1 表示应显示标签。

set_feature(feature)

定义要包装的 Bio.SeqFeature 对象。

get_feature()

返回未包装的 Bio.SeqFeature 对象。

set_colour(colour)

set_color(self, color) 的向后兼容变体，使用英国拼写。

set_color(color)

设置绘制特征的颜色。

参数

• color 用于绘制特征的颜色 - 可以是 colors.Color 对象、RGB 浮点数元组或与 colors.txt 中的颜色相对应的整数。

__getattr__(name)

根据名称获取属性。

如果 Feature 类没有调用该属性，则在 self._feature 中查找它。

class Bio.Graphics.GenomeDiagram.GraphSet(name=None)

基类：object

图集。

属性

• id 该集合的唯一标识符。

• name 字符串，描述该集合。

__init__(name=None)

初始化。

参数

• name 字符串，用于合理标识图集。

new_graph(data, name=None, style='bar', color=colors.lightgreen, altcolor=colors.darkseagreen, linewidth=1, center=None, colour=None, altcolour=None, centre=None)

向图表中添加一个 GraphData 对象。

参数

• data (position, value) 整数元组列表。

• name 字符串，图表的描述。

• style 字符串（‘bar’、‘heat’、‘line’），描述绘制图表的样式。

• color colors.Color，描述绘制所有数据或“high”（某些样式）数据的颜色（被向后兼容的参数覆盖，使用英国拼写，colour）。

• altcolor colors.Color，描述绘制“low”（某些样式）数据的颜色（被向后兼容的参数覆盖，使用英国拼写，colour）。

• linewidth 浮点数，描述图表的线宽。

• center 浮点数，设置 x 轴与 y 轴相交的值（被向后兼容的参数覆盖，使用英国拼写，centre）。

向图表中添加一个 GraphData 对象（将被存储在内部）。

del_graph(graph_id)

从集合中删除一个图，用它的 ID 表示。

get_graphs()

返回图集中所有图的列表，按 ID 排序。

排序是为了确保可靠的堆叠。

get_ids()

返回图集的所有 ID 列表。

range()

以元组的形式返回最低和最高碱基（或标记）数。

data_quartiles()

返回 (minimum, lowerQ, medianQ, upperQ, maximum) 值的元组。

to_string(verbose=0)

返回包含有关集合的格式化字符串。

参数

• verbose - 标志，指示是否需要简短或完整的集合说明。

__len__()

返回集合中的图的数量。

__getitem__(key)

返回一个图，以 id 作为键。

__str__()

返回包含特征集信息的格式化字符串。

class Bio.Graphics.GenomeDiagram.GraphData(id=None, data=None, name=None, style='bar', color=colors.lightgreen, altcolor=colors.darkseagreen, center=None, colour=None, altcolour=None)

基类：object

图形数据。

属性

• id 数据的唯一标识符

• data 描述数据的字典，以位置为键

• name 描述数据的字符串

• style 字符串（‘bar’, ‘heat’, ‘line’）描述如何绘制数据

• poscolor colors.Color 用于绘制高（某些样式）或所有值

• negcolor colors.Color 用于绘制低值（某些样式）

• linewidth Int，在 ‘line’ 样式中绘制线条的粗细

__init__(id=None, data=None, name=None, style='bar', color=colors.lightgreen, altcolor=colors.darkseagreen, center=None, colour=None, altcolour=None)

初始化。

参数

• id 图形的唯一 ID

• data (位置，值) 元组列表

• name 描述图形的字符串

• style 描述呈现样式的字符串（‘bar’, ‘line’, ‘heat’）

• color colors.Color 描述用于绘制所有或 ‘高’（某些样式）值的颜色（被使用英国拼写的向后兼容参数 colour 覆盖）。

• altcolor colors.Color 描述用于绘制 ‘低’ 值的颜色（仅限某些样式）（被使用英国拼写的向后兼容参数 colour 覆盖）。

• center x 轴与 y 轴相交的值。

set_data(data)

添加数据作为 (位置，值) 元组列表。

get_data()

返回数据作为排序的 (位置，值) 元组列表。

add_point(point)

将单个点添加到数据集中，作为 (位置，值) 元组。

quartiles()

返回 (最小值，下四分位数，中位数，上四分位数，最大值) 值作为元组。

range()

返回数据的范围作为 (开始，结束) 元组。

返回数据的范围，即它在基因组上的开始和结束点，作为 (开始，结束) 元组。

mean()

返回数据点的平均值（浮点数）。

stdev()

返回数据的样本标准差（浮点数）。

__len__()

返回数据集中点的数量。

__getitem__(index)

返回给定位置的数据值。

给定一个整数，表示序列上的位置，返回一个浮点数 - 传递位置的数据值。

如果是切片，则返回该区域的图形数据，作为 (位置，值) 元组列表。不支持带步长的切片。

__str__()

返回描述图形数据的字符串。

class Bio.Graphics.GenomeDiagram.CrossLink(featureA, featureB, color=colors.lightgreen, border=None, flip=False)

基类：object

保存用于绘制特征之间交叉连接的信息。

__init__(featureA, featureB, color=colors.lightgreen, border=None, flip=False)

创建一个新的交叉连接。

参数 featureA 和 featureB 应该是 GenomeDiagram 特征对象，或 3 元组 (轨迹对象，开始，结束)，并且目前必须位于不同的轨迹上。

color 和 border 参数应该是 ReportLab 颜色对象，或者对于 border 使用布尔值 False 表示没有边框，否则它默认与主颜色相同。

flip 参数绘制一个反转的交叉连接，对于显示一个序列已被反转的映射很有用。通常也使用不同的颜色（例如，简单连接使用红色，任何翻转的连接使用蓝色）。

property startA

特征 A 的起始位置。

property endA

特征 A 的结束位置。

property startB

特征 B 的起始位置。

property endB

特征 B 的结束位置。

class Bio.Graphics.GenomeDiagram.ColorTranslator(filename=None)

基类：object

提供用于将颜色表示转换为。

示例

>>> from Bio.Graphics import GenomeDiagram
>>> gdct=GenomeDiagram._Colors.ColorTranslator()
>>> print(gdct.float1_color((0.5, 0.5, 0.5)))
Color(.5,.5,.5,1)
>>> print(gdct.int255_color((1, 75, 240)))
Color(.003922,.294118,.941176,1)
>>> print(gdct.artemis_color(7))
Color(1,1,0,1)
>>> print(gdct.scheme_color(2))
Color(1,0,0,1)
>>> gdct.get_artemis_colorscheme()
{0: (Color(1,1,1,1), 'pathogenicity, adaptation, chaperones'), 1: (Color(.39,.39,.39,1), 'energy metabolism'), 2: (Color(1,0,0,1), 'information transfer'), 3: (Color(0,1,0,1), 'surface'), 4: (Color(0,0,1,1), 'stable RNA'), 5: (Color(0,1,1,1), 'degradation of large molecules'), 6: (Color(1,0,1,1), 'degradation of small molecules'), 7: (Color(1,1,0,1), 'central/intermediary/miscellaneous metabolism'), 8: (Color(.6,.98,.6,1), 'unknown'), 9: (Color(.53,.81,.98,1), 'regulators'), 10: (Color(1,.65,0,1), 'conserved hypotheticals'), 11: (Color(.78,.59,.39,1), 'pseudogenes and partial genes'), 12: (Color(1,.78,.78,1), 'phage/IS elements'), 13: (Color(.7,.7,.7,1), 'some miscellaneous information'), 14: (Color(0,0,0,1), ''), 15: (Color(1,.25,.25,1), 'secondary metabolism'), 16: (Color(1,.5,.5,1), ''), 17: (Color(1,.75,.75,1), '')}

>>> print(gdct.translate((0.5, 0.5, 0.5)))
Color(.5,.5,.5,1)
>>> print(gdct.translate((1, 75, 240)))
Color(.003922,.294118,.941176,1)
>>> print(gdct.translate(7))
Color(1,1,0,1)
>>> print(gdct.translate(2))
Color(1,0,0,1)

__init__(filename=None)

初始化。

参数 filename 是包含配色方案信息的文件的路径。

translate(color=None, colour=None)

将颜色转换为 ReportLab Color 对象。

参数

• color - 颜色定义为 int，三个 int 的元组 0->255 或三个 float 的元组 0 -> 1，或一个字符串，给出 ReportLab 定义的命名颜色之一，或 ReportLab 颜色对象（原样返回）。

• colour - 使用英国拼写的向后兼容别名（将覆盖任何 color 参数）。

返回一个 colors.Color 对象，根据输入值半智能地确定。

read_colorscheme(filename)

从文件加载颜色方案。

从定义以制表符分隔格式的纯文本形式的颜色信息的文件中读取信息并将其存储在内部。

参数 filename 是定义颜色的文件的路径，格式为制表符分隔的纯文本，如下所示：

INT \t RED \t GREEN \t BLUE \t Comment

其中 RED、GREEN 和 BLUE 是 0 -> 255 范围内的强度，例如：

2 \t 255 \t 0 \t 0 \t Red: Information transfer

get_artemis_colorscheme()

返回 Artemis 颜色方案，以字典形式表示。

artemis_color(value)

将 Artemis 颜色（整数）转换为 ReportLab Color 对象。

参数

• value: 表示 Artemis 颜色方案中功能类别（请参阅 www.sanger.ac.uk 获取说明）的整数，或来自 GenBank 特征注释的字符串，用于表示颜色，可以包含点分隔符（在这种情况下，使用第一个值）。

接收一个整数，该整数表示 Artemis 颜色方案中的一个功能类别，并返回相应的 colors.Color 对象。

get_colorscheme()

返回用户定义的颜色方案，以字典形式表示。

scheme_color(value)

将用户定义的颜色整数映射到 ReportLab Color 对象。

• value: 表示用户定义的颜色方案中单个颜色的整数。

接收一个整数，该整数表示用户定义的颜色，并返回相应的 colors.Color 对象。

int255_color(values)

将整数（红色、绿色、蓝色）元组映射到 ReportLab Color 对象。

• values: 一个包含（红色、绿色、蓝色）强度的元组，以 0->255 范围内的整数表示。

接收一个包含（红色、绿色、蓝色）强度值的元组，这些值在 0 -> 255 范围内，并返回相应的 colors.Color 对象。

float1_color(values)

将浮点数（红色、绿色、蓝色）元组映射到 ReportLab Color 对象。

• values: 一个包含（红色、绿色、蓝色）强度的元组，以 0 -> 1 范围内的浮点数表示。

接收一个包含（红色、绿色、蓝色）强度值的元组，这些值在 0 -> 1 范围内，并返回相应的 colors.Color 对象。