Bio.Emboss.Primer3 模块

解析 EMBOSS eprimer3 程序输出的代码。

与 Biopython 中的其他地方一样,有两个输入函数 read 和 parse,用于单个记录输出和多记录输出。对于 primer3,将为每个目标序列创建一个单个记录对象,并且该对象可能包含多个引物。

即如果您用单个目标序列运行 eprimer3,请使用 read 函数。如果您用多个目标运行 eprimer3,请使用 parse 函数来迭代结果。

class Bio.Emboss.Primer3.Record

基类: object

表示从 Primer3 运行中找到引物的相关信息。

成员

  • primers - 描述此目标序列的引物对的 Primer 对象列表。

  • comments - 记录的注释行。

__init__()

初始化类。

class Bio.Emboss.Primer3.Primers

基类: object

由 Primer3 设计的引物组。

成员

  • size - 产物长度,请注意您可以使用 len(primer) 作为 primer.size 的替代方法

  • forward_seq

  • forward_start

  • forward_length

  • forward_tm

  • forward_gc

  • reverse_seq

  • reverse_start

  • reverse_length

  • reverse_tm

  • reverse_gc

  • internal_seq

  • internal_start

  • internal_length

  • internal_tm

  • internal_gc

__init__()

初始化类。

__len__()

引物产物的长度(即产物大小)。

Bio.Emboss.Primer3.parse(handle)

以 Bio.Emboss.Primer3.Record 对象的形式迭代 primer3 输出。

Bio.Emboss.Primer3.read(handle)

将 primer3 输出解析为 Bio.Emboss.Primer3.Record 对象。

这是为只有一个目标序列的情况。如果为多个序列设计引物,请使用 parse 函数。