Bio.Emboss.Primer3 模块
解析 EMBOSS eprimer3 程序输出的代码。
与 Biopython 中的其他地方一样,有两个输入函数 read 和 parse,用于单个记录输出和多记录输出。对于 primer3,将为每个目标序列创建一个单个记录对象,并且该对象可能包含多个引物。
即如果您用单个目标序列运行 eprimer3,请使用 read 函数。如果您用多个目标运行 eprimer3,请使用 parse 函数来迭代结果。
- class Bio.Emboss.Primer3.Record
基类:
object
表示从 Primer3 运行中找到引物的相关信息。
成员
primers - 描述此目标序列的引物对的 Primer 对象列表。
comments - 记录的注释行。
- __init__()
初始化类。
- class Bio.Emboss.Primer3.Primers
基类:
object
由 Primer3 设计的引物组。
成员
size - 产物长度,请注意您可以使用 len(primer) 作为 primer.size 的替代方法
forward_seq
forward_start
forward_length
forward_tm
forward_gc
reverse_seq
reverse_start
reverse_length
reverse_tm
reverse_gc
internal_seq
internal_start
internal_length
internal_tm
internal_gc
- __init__()
初始化类。
- __len__()
引物产物的长度(即产物大小)。
- Bio.Emboss.Primer3.parse(handle)
以 Bio.Emboss.Primer3.Record 对象的形式迭代 primer3 输出。
- Bio.Emboss.Primer3.read(handle)
将 primer3 输出解析为 Bio.Emboss.Primer3.Record 对象。
这是为只有一个目标序列的情况。如果为多个序列设计引物,请使用 parse 函数。