Bio.Emboss.Applications 模块

用于与 EMBOSS 程序交互并运行它们的代码（已弃用）。

这些类遵循用于运行程序的 AbstractCommandline 接口。

我们已决定在将来删除此模块，并建议您直接构建命令并使用 subprocess 模块调用它。

class Bio.Emboss.Applications.Primer3Commandline(cmd='eprimer3', **kwargs)

基类：_EmbossCommandLine

EMBOSS 中 Primer3 接口的命令行对象。

支持的参数集取决于您的 EMBOSS 版本。此版本接受 EMBOSS 6.1.0 当前的参数。

>>> cline = Primer3Commandline(sequence="mysequence.fas", auto=True, hybridprobe=True)
>>> cline.explainflag = True
>>> cline.osizeopt=20
>>> cline.psizeopt=200
>>> cline.outfile = "myresults.out"
>>> cline.bogusparameter = 1967  # Invalid parameter
Traceback (most recent call last):
    ...
ValueError: Option name bogusparameter was not found.
>>> print(cline)
eprimer3 -auto -outfile=myresults.out -sequence=mysequence.fas -hybridprobe=True -psizeopt=200 -osizeopt=20 -explainflag=True

__init__(cmd='eprimer3', **kwargs): 初始化类。

property auto

关闭提示。

自动模式会禁用提示，因此我们建议您在从 Biopython 调用 EMBOSS 工具时始终设置此参数。

此属性控制 -auto 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property debug

将调试输出写入 program.dbg。

此属性控制 -debug 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property die

报告死亡程序消息。

此属性控制 -die 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property dnaconc

PCR 中退火寡核苷酸的纳摩尔浓度。

这控制 -dnaconc 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property error

报告错误。

此属性控制 -error 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property excludedregion

从引物选择中排除的区域。

这控制 -excludedregion 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property explainflag

使用 eprimer3 统计信息生成输出标签

这控制 -explainflag 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property filter

读取标准输入，写入标准输出。

此属性控制 -filter 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property forwardinput

要检查的前向引物的序列。

这控制 -forwardinput 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property gcclamp

每个引物 3’ 端所需的 G 和 C 的数量。

这控制 -gcclamp 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property help

报告命令行选项。

有关关联和一般限定符的更多信息，请使用 -help -verbose

此属性控制 -help 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property hybridprobe

找到一个用作 hyb 探针的内部寡核苷酸。

这控制 -hybridprobe 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property includedregion

选择引物的序列的子区域。

这控制 -includedregion 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property maxdifftm

正向和反向引物之间熔解温度的最大差异。

这控制 -maxdifftm 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property maxgc

引物的最大 GC%。

这控制 -maxgc 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property maxmispriming

引物与 -mispriminglibrary 指定的库中的序列允许的最大相似性。

这控制 -maxmispriming 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property maxpolyx

引物中允许的最大单核苷酸重复长度。

这控制 -maxpolyx 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property maxsize

引物寡核苷酸的最大长度。

这控制 -maxsize 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property maxtm

引物寡核苷酸的最大熔解温度。

这控制 -maxtm 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property mingc

引物的最小 GC%。

这控制 -mingc 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property minsize

引物寡核苷酸的最小长度。

这控制 -minsize 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property mintm

引物寡核苷酸的最小熔解温度。

这控制 -mintm 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property mishyblibraryfile

避免内部寡核苷酸杂交的序列库文件。

这控制着 -mishyblibraryfile 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property mispriminglibraryfile

包含避免扩增的序列库的文件

这控制着 -mispriminglibraryfile 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property numreturn

要返回的引物对的最大数量。

这控制着 -numreturn 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property oanyself

允许的自我互补最大比对分数。

这控制着 -oanyself 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property odnaconc

杂交中内部寡核苷酸的纳摩尔浓度。

这控制着 -odnaconc 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property oendself

3' 端锚定自我互补的最大全局比对分数。

这控制着 -oendself 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property oexcludedregion

不要在这个区域选择内部寡核苷酸。

这控制着 -oexcludedregion 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property ogcmax

内部寡核苷酸的最大 GC%。

这控制着 -ogcmax 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property ogcmin

内部寡核苷酸的最小 GC%。

这控制着 -ogcmin 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property ogcopt

内部寡核苷酸的最佳 GC%。

这控制着 -ogcopt 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property ogcpercent

引物的最佳 GC%。

这控制着 -ogcpercent 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property oligoinput

内部寡核苷酸的序列。

这控制着 -oligoinput 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property omaxsize

内部寡核苷酸的最大长度。

这控制着 -omaxsize 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property ominsize

内部寡核苷酸的最小长度。

这控制着 -ominsize 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property omishybmax

内部寡核苷酸与 -mishyblibraryfile 指定的库杂交的最大比对分数。

这控制着 -omishybmax 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property opolyxmax

内部寡核苷酸中单核苷酸重复的最大长度。

这控制着 -opolyxmax 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property options

提示标准值和附加值。

如果您从 Biopython 内部调用 EMBOSS 工具，我们不建议使用此选项。

此属性控制着 -options 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property opttm

引物寡核苷酸的最佳熔点温度。

在 EMBOSS 6.6.0 中添加的选项，替换 -otm

这控制着 -opttm 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property osaltconc

杂交中盐的毫摩尔浓度。

这控制着 -osaltconc 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property osize

引物寡核苷酸的最佳长度。

这控制着 -osize 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property osizeopt

内部寡核苷酸的最佳长度。

这控制着 -osizeopt 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property otm

引物寡核苷酸的熔点温度 (已过时)。

在 EMBOSS 6.6.0 中被 -opttm 选项取代

这控制着 -otm 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property otmmax

内部寡核苷酸的最大允许熔点温度。

这控制着 -otmmax 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property otmmin

内部寡核苷酸的最小允许熔点温度。

这控制着 -otmmin 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property otmopt

内部寡核苷酸的最佳熔点温度。

这控制着 -otmopt 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property outfile

输出文件名

这控制着 -outfile 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property prange

PCR 产物长度的允许范围。

这控制着 -prange 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property psizeopt

PCR 产物的最佳大小。

这控制着 -psizeopt 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property ptmmax

扩增子的最大允许熔点温度。

这控制着 -ptmmax 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property ptmmin

扩增子的最小允许熔点温度。

这控制着 -ptmmin 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property ptmopt

PCR 产物的最佳熔点温度。

这控制着 -ptmopt 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property reverseinput

要检查的反向引物的序列。

这控制着 -reverseinput 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property saltconc

PCR 中盐的毫摩尔浓度。

此选项控制 -saltconc 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property sequence

选择引物的序列。

此选项控制 -sequence 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property stdout

写入标准输出。

此属性控制 -stdout 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property target

用于侧翼引物的目标序列。

此选项控制 -target 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property task

告诉 eprimer3 执行什么任务。

此选项控制 -task 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property verbose

报告一些/完整的命令行选项。

此属性控制 -verbose 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property warning

报告警告。

此属性控制 -warning 开关的添加，将此属性视为布尔值。

class Bio.Emboss.Applications.PrimerSearchCommandline(cmd='primersearch', **kwargs)

基类：_EmbossCommandLine

EMBOSS 中 primersearch 程序的命令行对象。

__init__(cmd='primersearch', **kwargs): 初始化类。

property auto

关闭提示。

自动模式会禁用提示，因此我们建议您在从 Biopython 调用 EMBOSS 工具时始终设置此参数。

此属性控制 -auto 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property debug

将调试输出写入 program.dbg。

此属性控制 -debug 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property die

报告死亡程序消息。

此属性控制 -die 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property error

报告错误。

此属性控制 -error 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property filter

读取标准输入，写入标准输出。

此属性控制 -filter 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property help

报告命令行选项。

有关关联和一般限定符的更多信息，请使用 -help -verbose

此属性控制 -help 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property infile

包含要搜索的引物对的文件。

此选项控制 -infile 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property mismatchpercent

允许的百分比错配（任何整数，默认值为 0）。

此选项控制 -mismatchpercent 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property options

提示标准值和附加值。

如果您从 Biopython 内部调用 EMBOSS 工具，我们不建议使用此选项。

此属性控制着 -options 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property outfile

输出文件名

这控制着 -outfile 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property seqall

要查找引物对的序列。

此选项控制 -seqall 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property snucleotide

序列为核苷酸（布尔值）。

此选项控制 -snucleotide 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property sprotein

序列为蛋白质（布尔值）。

此选项控制 -sprotein 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property stdout

写入标准输出。

此属性控制 -stdout 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property verbose

报告一些/完整的命令行选项。

此属性控制 -verbose 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property warning

报告警告。

此属性控制 -warning 开关的添加，将此属性视为布尔值。

class Bio.Emboss.Applications.FDNADistCommandline(cmd='fdnadist', **kwargs)

基类：_EmbossCommandLine

EMBOSS 中 fdnadist 程序的命令行对象。

fdnadist 是 EMBOSS 对 PHYLIP 程序 dnadist 的包装器，用于根据 DNA 序列文件计算距离矩阵。

__init__(cmd='fdnadist', **kwargs): 初始化类。

property auto

关闭提示。

自动模式会禁用提示，因此我们建议您在从 Biopython 调用 EMBOSS 工具时始终设置此参数。

此属性控制 -auto 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property basefreq

指定碱基频率。

此选项控制 -basefreq 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property categories

替换速率类别文件。

此选项控制 -categories 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property debug

将调试输出写入 program.dbg。

此属性控制 -debug 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property die

报告死亡程序消息。

此属性控制 -die 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property error

报告错误。

此属性控制 -error 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property filter

读取标准输入，写入标准输出。

此属性控制 -filter 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property freqsfrom

使用经验碱基频率。

此选项控制 -freqsfrom 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property gamma: 此选项控制 -gamma 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property gammacoefficient

gamma 值（> 0.001）。

此选项控制 -gammacoefficient 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property help

报告命令行选项。

有关关联和一般限定符的更多信息，请使用 -help -verbose

此属性控制 -help 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property invarfrac

不变位点的比例。

此选项控制 -invarfrac 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property lower

下三角矩阵 (y/N)。

此选项控制 -lower 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property method

替换模型 [f,k,j,l,s]。

此选项控制 -method 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property ncategories

速率类别数量（1-9）。

此选项控制 -ncategories 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property options

提示标准值和附加值。

如果您从 Biopython 内部调用 EMBOSS 工具，我们不建议使用此选项。

此属性控制着 -options 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property outfile

输出文件名

这控制着 -outfile 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property rate

每个类别的速率

此属性控制 -rate 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property sequence

要使用的序列文件（phylip）

此选项控制 -sequence 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property stdout

写入标准输出。

此属性控制 -stdout 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property ttratio

ts/tv 比率

此属性控制 -ttratio 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property verbose

报告一些/完整的命令行选项。

此属性控制 -verbose 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property warning

报告警告。

此属性控制 -warning 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property weights

权重文件

此属性控制 -weights 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

class Bio.Emboss.Applications.FTreeDistCommandline(cmd='ftreedist', **kwargs)

基类：_EmbossCommandLine

EMBOSS 程序 ftreedist 的命令行对象。

ftreedist 是 EMBOSS 对 PHYLIP 程序 treedist 的包装器，用于计算系统发育树之间的距离度量。

__init__(cmd='ftreedist', **kwargs): 初始化类。

property auto

关闭提示。

自动模式会禁用提示，因此我们建议您在从 Biopython 调用 EMBOSS 工具时始终设置此参数。

此属性控制 -auto 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property debug

将调试输出写入 program.dbg。

此属性控制 -debug 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property die

报告死亡程序消息。

此属性控制 -die 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property dtype

距离类型（[S] 对称，[b] 分支分数）

此属性控制 -dtype 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property error

报告错误。

此属性控制 -error 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property filter

读取标准输入，写入标准输出。

此属性控制 -filter 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property help

报告命令行选项。

有关关联和一般限定符的更多信息，请使用 -help -verbose

此属性控制 -help 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property intreefile

要评分的树文件（phylip）

此属性控制 -intreefile 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property noroot

将树视为有根的 [N/y]

此属性控制 -noroot 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property options

提示标准值和附加值。

如果您从 Biopython 内部调用 EMBOSS 工具，我们不建议使用此选项。

此属性控制着 -options 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property outfile

输出文件名

这控制着 -outfile 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property outgrno

用于对树进行根植的分类单元（从 0 开始）

此属性控制 -outgrno 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property pairing

树配对方法（[A] 相邻对，所有 [p] 可能对）

此属性控制 -pairing 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property stdout

写入标准输出。

此属性控制 -stdout 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property style

输出样式 - [V]erbose，[f]ill，[s]parse

此属性控制 -style 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property verbose

报告一些/完整的命令行选项。

此属性控制 -verbose 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property warning

报告警告。

此属性控制 -warning 开关的添加，将此属性视为布尔值。

class Bio.Emboss.Applications.FNeighborCommandline(cmd='fneighbor', **kwargs)

基类：_EmbossCommandLine

EMBOSS 程序 fneighbor 的命令行对象。

fneighbor 是 EMBOSS 对 PHYLIP 程序 neighbor 的包装器，用于从距离矩阵计算邻接连接树或 UPGMA 树。

__init__(cmd='fneighbor', **kwargs): 初始化类。

property auto

关闭提示。

自动模式会禁用提示，因此我们建议您在从 Biopython 调用 EMBOSS 工具时始终设置此参数。

此属性控制 -auto 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property datafile

要使用的距离文件（phylip）

此属性控制 -datafile 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property debug

将调试输出写入 program.dbg。

此属性控制 -debug 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property die

报告死亡程序消息。

此属性控制 -die 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property error

报告错误。

此属性控制 -error 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property filter

读取标准输入，写入标准输出。

此属性控制 -filter 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property help

报告命令行选项。

有关关联和一般限定符的更多信息，请使用 -help -verbose

此属性控制 -help 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property jumble

随机化输入顺序 (Y/n)

此属性控制 -jumble 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property matrixtype

矩阵是否为方阵 (S)、上三角 (U) 或下三角 (L)

此属性控制 -matrixtype 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property options

提示标准值和附加值。

如果您从 Biopython 内部调用 EMBOSS 工具，我们不建议使用此选项。

此属性控制着 -options 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property outfile

输出文件名

这控制着 -outfile 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property outgrno

用作 OG 的分类单元

此属性控制 -outgrno 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property outtreefile

输出树的文件名

此属性控制 -outtreefile 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property progress

打印进度 (Y/n)

此选项控制是否添加“-progress”参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property seed

提供一个随机种子。

此选项控制是否添加“-seed”参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property stdout

写入标准输出。

此属性控制 -stdout 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property treeprint

打印树 (Y/n)

此选项控制是否添加“-treeprint”参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property treetype

nj 或 UPGMA 树 (n/u)

此选项控制是否添加“-treetype”参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property trout

写入树 (Y/n)

此选项控制是否添加“-trout”参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property verbose

报告一些/完整的命令行选项。

此属性控制 -verbose 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property warning

报告警告。

此属性控制 -warning 开关的添加，将此属性视为布尔值。

class Bio.Emboss.Applications.FSeqBootCommandline(cmd='fseqboot', **kwargs)

基类：_EmbossCommandLine

EMBOSS 程序 fseqboot 的命令行对象。

fseqboot 是 EMBOSS 对 PHYLIP 程序 seqboot 的包装器，用于对序列比对文件进行伪抽样。

__init__(cmd='fseqboot', **kwargs): 初始化类。

property auto

关闭提示。

自动模式会禁用提示，因此我们建议您在从 Biopython 调用 EMBOSS 工具时始终设置此参数。

此属性控制 -auto 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property blocksize

打印进度 (Y/n)

此选项控制是否添加“-blocksize”参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property catergories

输入类别文件。

此选项控制 -categories 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property debug

将调试输出写入 program.dbg。

此属性控制 -debug 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property die

报告死亡程序消息。

此属性控制 -die 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property dotdiff

是否使用点差异化？[Y/n]

此选项控制是否添加“-dotdiff”参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property error

报告错误。

此属性控制 -error 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property filter

读取标准输入，写入标准输出。

此属性控制 -filter 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property fracsample

重新抽样的比例。

此选项控制是否添加“-fracsample”参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property help

报告命令行选项。

有关关联和一般限定符的更多信息，请使用 -help -verbose

此属性控制 -help 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property jusweights

要写出的内容：[D]atasets of just [w]eights

此选项控制是否添加“-justweights”参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property options

提示标准值和附加值。

如果您从 Biopython 内部调用 EMBOSS 工具，我们不建议使用此选项。

此属性控制着 -options 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property outfile

输出文件名

这控制着 -outfile 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property regular

要重新抽样的绝对数量。

此选项控制是否添加“-regular”参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property reps

重复次数，默认为 100。

此选项控制是否添加“-reps”参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property rewriteformat

输出格式 ([P]hyilp, [n]exus, [x]ml

此选项控制是否添加“-rewriteformat”参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property seed

指定随机种子。

此选项控制是否添加“-seed”参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property seqtype

输出格式 ([D]na, [p]rotein, [r]na

此选项控制是否添加“-seqtype”参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property sequence

要抽样的序列文件（phylip）

此选项控制 -sequence 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property stdout

写入标准输出。

此属性控制 -stdout 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property test

指定操作，默认值为引导。

此选项控制是否添加“-test”参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property verbose

报告一些/完整的命令行选项。

此属性控制 -verbose 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property warning

报告警告。

此属性控制 -warning 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property weights

权重文件

此属性控制 -weights 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

class Bio.Emboss.Applications.FDNAParsCommandline(cmd='fdnapars', **kwargs)

基类：_EmbossCommandLine

EMBOSS 程序 fdnapars 的命令行对象。

fdnapars 是 EMBOSS 版本的 PHYLIP 程序 dnapars，用于使用简约法从 DNA 序列估计树。如果在不提供选项“-intreefile”值的情况下调用此命令，则如果“-auto”未设置为 true，则会调用“交互模式”（因此如果使用子进程调用，则会失败）。

__init__(cmd='fdnapars', **kwargs): 初始化类。

property auto

关闭提示。

自动模式会禁用提示，因此我们建议您在从 Biopython 调用 EMBOSS 工具时始终设置此参数。

此属性控制 -auto 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property debug

将调试输出写入 program.dbg。

此属性控制 -debug 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property die

报告死亡程序消息。

此属性控制 -die 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property dotdiff

是否使用点差异化？[Y/n]

此选项控制是否添加“-dotdiff”参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property error

报告错误。

此属性控制 -error 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property filter

读取标准输入，写入标准输出。

此属性控制 -filter 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property help

报告命令行选项。

有关关联和一般限定符的更多信息，请使用 -help -verbose

此属性控制 -help 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property intreefile

Phylip 树文件。

此属性控制 -intreefile 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property maxtrees

在运行期间要保存的最大树数量。

此选项控制是否添加“-maxtrees”参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property njumble

随机化输入顺序的次数（默认为 0）

这控制着 -njumble 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property options

提示标准值和附加值。

如果您从 Biopython 内部调用 EMBOSS 工具，我们不建议使用此选项。

此属性控制着 -options 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property outfile

输出文件名

这控制着 -outfile 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property outgrno

指定外群

此属性控制 -outgrno 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property outtreefile

输出树的文件名

此属性控制 -outtreefile 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property rearrange

仅在最佳树上重新排列（Y/n）

这控制着 -rearrange 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property seed

提供随机种子

此选项控制是否添加“-seed”参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property sequence

要使用的序列文件（phylip）

此选项控制 -sequence 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property stdout

写入标准输出。

此属性控制 -stdout 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property thorough

更彻底的搜索（Y/n）

这控制着 -thorough 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property thresh

使用阈值简约 (y/N)

这控制着 -thresh 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property threshold

阈值

这控制着 -threshold 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property transversion

使用转换简约 (y/N)

这控制着 -transversion 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property trout

将树写入文件 (Y/n)

此选项控制是否添加“-trout”参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property verbose

报告一些/完整的命令行选项。

此属性控制 -verbose 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property warning

报告警告。

此属性控制 -warning 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property weights

权重文件

此属性控制 -weights 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

class Bio.Emboss.Applications.FProtParsCommandline(cmd='fprotpars', **kwargs)

基类：_EmbossCommandLine

EMBOSS 程序 fdnapars 的命令行对象。

fprotpars 是 EMBOSS 版本的 PHYLIP 程序 protpars，用于使用简约从蛋白质序列估计树。如果不为选项“-intreefile”提供值，则调用此命令将调用“交互模式”（如果“ -auto”未设置为 true，则调用 subprocess 时将失败）。

__init__(cmd='fprotpars', **kwargs): 初始化类。

property auto

关闭提示。

自动模式会禁用提示，因此我们建议您在从 Biopython 调用 EMBOSS 工具时始终设置此参数。

此属性控制 -auto 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property debug

将调试输出写入 program.dbg。

此属性控制 -debug 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property die

报告死亡程序消息。

此属性控制 -die 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property dotdiff

是否使用点差异化？[Y/n]

此选项控制是否添加“-dotdiff”参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property error

报告错误。

此属性控制 -error 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property filter

读取标准输入，写入标准输出。

此属性控制 -filter 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property help

报告命令行选项。

有关关联和一般限定符的更多信息，请使用 -help -verbose

此属性控制 -help 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property intreefile

要评分的 Phylip 树文件

此属性控制 -intreefile 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property njumble

随机化输入顺序的次数（默认为 0）

这控制着 -njumble 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property options

提示标准值和附加值。

如果您从 Biopython 内部调用 EMBOSS 工具，我们不建议使用此选项。

此属性控制着 -options 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property outfile

输出文件名

这控制着 -outfile 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property outgrno

指定外群

此属性控制 -outgrno 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property outtreefile

phylip 树输出文件

此属性控制 -outtreefile 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property seed

提供随机种子

此选项控制是否添加“-seed”参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property sequence

要使用的序列文件（phylip）

此选项控制 -sequence 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property stdout

写入标准输出。

此属性控制 -stdout 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property thresh

使用阈值简约 (y/N)

这控制着 -thresh 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property threshold

阈值

这控制着 -threshold 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property trout

将树写入文件 (Y/n)

此选项控制是否添加“-trout”参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property verbose

报告一些/完整的命令行选项。

此属性控制 -verbose 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property warning

报告警告。

此属性控制 -warning 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property weights

权重文件

此属性控制 -weights 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property whichcode

哪个遗传密码，[U,M,V,F,Y]]

这控制着 -whichcode 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

class Bio.Emboss.Applications.FProtDistCommandline(cmd='fprotdist', **kwargs)

基类：_EmbossCommandLine

EMBOSS 程序 fprotdist 的命令行对象。

fprotdist 是 EMBOSS 对 PHYLIP 程序 protdist 的包装器，用于使用简约从蛋白质序列估计树

__init__(cmd='fprotdist', **kwargs): 初始化类。

property aacateg

选择要使用的类别 [G,C,H]

这控制着 -aacateg 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property auto

关闭提示。

自动模式会禁用提示，因此我们建议您在从 Biopython 调用 EMBOSS 工具时始终设置此参数。

此属性控制 -auto 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property basefreq

DNA碱基频率（空格分隔的列表）

此选项控制 -basefreq 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property catergories

速率文件

这控制着“-catergories”参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property debug

将调试输出写入 program.dbg。

此属性控制 -debug 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property die

报告死亡程序消息。

此属性控制 -die 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property ease

Pob 变化类别（-0 和 1 之间的浮点数）

这控制着“-ease”参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property error

报告错误。

此属性控制 -error 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property filter

读取标准输入，写入标准输出。

此属性控制 -filter 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property gamma: 此选项控制 -gamma 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property gammacoefficient

gamma 值（> 0.001）。

此选项控制 -gammacoefficient 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property help

报告命令行选项。

有关关联和一般限定符的更多信息，请使用 -help -verbose

此属性控制 -help 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property invarcoefficient

替换率在位点之间变化的浮点数

这控制着“-invarcoefficient”参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property method

替换模型 [j,h,d,k,s,c]

此选项控制 -method 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property ncategories

速率类别数量（1-9）。

此选项控制 -ncategories 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property options

提示标准值和附加值。

如果您从 Biopython 内部调用 EMBOSS 工具，我们不建议使用此选项。

此属性控制着 -options 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property outfile

输出文件名

这控制着 -outfile 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property rate

每个类别的速率

此属性控制 -rate 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property sequence

要使用的序列文件（phylip）

此选项控制 -sequence 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property stdout

写入标准输出。

此属性控制 -stdout 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property ttratio

转换/颠换比率 (0-1)

此属性控制 -ttratio 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property verbose

报告一些/完整的命令行选项。

此属性控制 -verbose 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property warning

报告警告。

此属性控制 -warning 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property weights

权重文件

此属性控制 -weights 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property whichcode

遗传密码 [c,m,v,f,y]

这控制着 -whichcode 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

class Bio.Emboss.Applications.FConsenseCommandline(cmd='fconsense', **kwargs)

基类：_EmbossCommandLine

EMBOSS 中 fconsense 程序的命令行对象。

fconsense 是 EMBOSS 对 PHYLIP 程序 consense 的包装器，用于计算共识树。

__init__(cmd='fconsense', **kwargs): 初始化类。

property auto

关闭提示。

自动模式会禁用提示，因此我们建议您在从 Biopython 调用 EMBOSS 工具时始终设置此参数。

此属性控制 -auto 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property debug

将调试输出写入 program.dbg。

此属性控制 -debug 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property die

报告死亡程序消息。

此属性控制 -die 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property error

报告错误。

此属性控制 -error 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property filter

读取标准输入，写入标准输出。

此属性控制 -filter 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property help

报告命令行选项。

有关关联和一般限定符的更多信息，请使用 -help -verbose

此属性控制 -help 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property intreefile

包含用于生成共识树的 phylip 树的文件

此属性控制 -intreefile 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property method

共识方法 [s, mr, MRE, ml]

此选项控制 -method 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property mlfrac

分支出现在共识树中的截止频率 (0.5-1.0)

这控制着“-mlfrac”参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property options

提示标准值和附加值。

如果您从 Biopython 内部调用 EMBOSS 工具，我们不建议使用此选项。

此属性控制着 -options 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property outfile

输出文件名

这控制着 -outfile 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property outgrno

用作外群的 OTU（从 0 开始）

此属性控制 -outgrno 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property outtreefile

Phylip 树输出文件（可选）

此属性控制 -outtreefile 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property root

将树视为有根树 (YES, no)

这控制着“-root”参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property stdout

写入标准输出。

此属性控制 -stdout 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property trout

将树视为有根树 (YES, no)

此选项控制是否添加“-trout”参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property verbose

报告一些/完整的命令行选项。

此属性控制 -verbose 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property warning

报告警告。

此属性控制 -warning 开关的添加，将此属性视为布尔值。

class Bio.Emboss.Applications.WaterCommandline(cmd='water', **kwargs)

基类：_EmbossCommandLine

EMBOSS 中 water 程序的命令行对象。

__init__(cmd='water', **kwargs): 初始化类。

property aformat

以不同的指定输出格式显示输出

这控制着“-aformat”参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property asequence

要对齐的第一个序列

这控制着“-asequence”参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property auto

关闭提示。

自动模式会禁用提示，因此我们建议您在从 Biopython 调用 EMBOSS 工具时始终设置此参数。

此属性控制 -auto 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property brief

显示简要的同一性和相似性

此属性控制 -brief 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property bsequence

要对齐的第二个序列

这控制 -bsequence 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property datafile

矩阵文件

此属性控制 -datafile 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property debug

将调试输出写入 program.dbg。

此属性控制 -debug 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property die

报告死亡程序消息。

此属性控制 -die 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property error

报告错误。

此属性控制 -error 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property filter

读取标准输入，写入标准输出。

此属性控制 -filter 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property gapextend

间隙扩展罚分

这控制 -gapextend 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property gapopen

间隙开放罚分

这控制 -gapopen 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property help

报告命令行选项。

有关关联和一般限定符的更多信息，请使用 -help -verbose

此属性控制 -help 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property nobrief

显示扩展的同一性和相似性

此属性控制 -nobrief 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property options

提示标准值和附加值。

如果您从 Biopython 内部调用 EMBOSS 工具，我们不建议使用此选项。

此属性控制着 -options 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property outfile

输出文件名

这控制着 -outfile 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property similarity

显示百分比同一性和相似性

这控制 -similarity 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property snucleotide

序列为核苷酸（布尔值）。

此选项控制 -snucleotide 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property sprotein

序列为蛋白质（布尔值）。

此选项控制 -sprotein 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property stdout

写入标准输出。

此属性控制 -stdout 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property verbose

报告一些/完整的命令行选项。

此属性控制 -verbose 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property warning

报告警告。

此属性控制 -warning 开关的添加，将此属性视为布尔值。

class Bio.Emboss.Applications.NeedleCommandline(cmd='needle', **kwargs)

基类：_EmbossCommandLine

EMBOSS 中 needle 程序的命令行对象。

__init__(cmd='needle', **kwargs): 初始化类。

property aformat

以不同的指定输出格式显示输出

这控制着“-aformat”参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property asequence

要对齐的第一个序列

这控制着“-asequence”参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property auto

关闭提示。

自动模式会禁用提示，因此我们建议您在从 Biopython 调用 EMBOSS 工具时始终设置此参数。

此属性控制 -auto 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property brief

显示简要的同一性和相似性

此属性控制 -brief 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property bsequence

要对齐的第二个序列

这控制 -bsequence 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property datafile

矩阵文件

此属性控制 -datafile 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property debug

将调试输出写入 program.dbg。

此属性控制 -debug 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property die

报告死亡程序消息。

此属性控制 -die 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property endextend

每个端间隙中的碱基或残基添加的端间隙罚分得分。

这控制 -endextend 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property endopen

创建端间隙时扣除的得分。

这控制 -endopen 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property endweight

应用并间隙罚分

这控制 -endweight 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property error

报告错误。

此属性控制 -error 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property filter

读取标准输入，写入标准输出。

此属性控制 -filter 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property gapextend

间隙扩展罚分

这控制 -gapextend 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property gapopen

间隙开放罚分

这控制 -gapopen 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property help

报告命令行选项。

有关关联和一般限定符的更多信息，请使用 -help -verbose

此属性控制 -help 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property nobrief

显示扩展的同一性和相似性

此属性控制 -nobrief 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property options

提示标准值和附加值。

如果您从 Biopython 内部调用 EMBOSS 工具，我们不建议使用此选项。

此属性控制着 -options 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property outfile

输出文件名

这控制着 -outfile 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property similarity

显示百分比同一性和相似性

这控制 -similarity 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property snucleotide

序列为核苷酸（布尔值）。

此选项控制 -snucleotide 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property sprotein

序列为蛋白质（布尔值）。

此选项控制 -sprotein 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property stdout

写入标准输出。

此属性控制 -stdout 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property verbose

报告一些/完整的命令行选项。

此属性控制 -verbose 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property warning

报告警告。

此属性控制 -warning 开关的添加，将此属性视为布尔值。

class Bio.Emboss.Applications.NeedleallCommandline(cmd='needleall', **kwargs)

基类：_EmbossCommandLine

EMBOSS 中 needleall 程序的命令行对象。

__init__(cmd='needleall', **kwargs): 初始化类。

property aformat

以不同的指定输出格式显示输出

这控制着“-aformat”参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property asequence

要对齐的第一个序列

这控制着“-asequence”参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property auto

关闭提示。

自动模式会禁用提示，因此我们建议您在从 Biopython 调用 EMBOSS 工具时始终设置此参数。

此属性控制 -auto 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property brief

显示简要的同一性和相似性

此属性控制 -brief 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property bsequence

要对齐的第二个序列

这控制 -bsequence 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property datafile

矩阵文件

此属性控制 -datafile 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property debug

将调试输出写入 program.dbg。

此属性控制 -debug 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property die

报告死亡程序消息。

此属性控制 -die 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property endextend

每个端间隙中的碱基或残基添加的端间隙罚分得分。

这控制 -endextend 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property endopen

创建端间隙时扣除的得分。

这控制 -endopen 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property endweight

应用并间隙罚分

这控制 -endweight 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property error

报告错误。

此属性控制 -error 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property errorfile

错误文件将写入到此处。

这控制着 -errorfile 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property filter

读取标准输入，写入标准输出。

此属性控制 -filter 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property gapextend

间隙扩展罚分

这控制 -gapextend 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property gapopen

间隙开放罚分

这控制 -gapopen 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property help

报告命令行选项。

有关关联和一般限定符的更多信息，请使用 -help -verbose

此属性控制 -help 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property minscore

排除得分低于此阈值得分的比对。

这控制着 -minscore 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property nobrief

显示扩展的同一性和相似性

此属性控制 -nobrief 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property options

提示标准值和附加值。

如果您从 Biopython 内部调用 EMBOSS 工具，我们不建议使用此选项。

此属性控制着 -options 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property outfile

输出文件名

这控制着 -outfile 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property similarity

显示百分比同一性和相似性

这控制 -similarity 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property snucleotide

序列为核苷酸（布尔值）。

此选项控制 -snucleotide 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property sprotein

序列为蛋白质（布尔值）。

此选项控制 -sprotein 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property stdout

写入标准输出。

此属性控制 -stdout 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property verbose

报告一些/完整的命令行选项。

此属性控制 -verbose 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property warning

报告警告。

此属性控制 -warning 开关的添加，将此属性视为布尔值。

class Bio.Emboss.Applications.StretcherCommandline(cmd='stretcher', **kwargs)

基类：_EmbossCommandLine

EMBOSS 中 stretcher 程序的命令行对象。

__init__(cmd='stretcher', **kwargs): 初始化类。

property aformat

以不同的指定输出格式显示输出

这控制着“-aformat”参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property asequence

要对齐的第一个序列

这控制着“-asequence”参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property auto

关闭提示。

自动模式会禁用提示，因此我们建议您在从 Biopython 调用 EMBOSS 工具时始终设置此参数。

此属性控制 -auto 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property bsequence

要对齐的第二个序列

这控制 -bsequence 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property datafile

矩阵文件

此属性控制 -datafile 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property debug

将调试输出写入 program.dbg。

此属性控制 -debug 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property die

报告死亡程序消息。

此属性控制 -die 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property error

报告错误。

此属性控制 -error 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property filter

读取标准输入，写入标准输出。

此属性控制 -filter 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property gapextend

间隙扩展罚分

这控制 -gapextend 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property gapopen

间隙开放罚分

这控制 -gapopen 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property help

报告命令行选项。

有关关联和一般限定符的更多信息，请使用 -help -verbose

此属性控制 -help 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property options

提示标准值和附加值。

如果您从 Biopython 内部调用 EMBOSS 工具，我们不建议使用此选项。

此属性控制着 -options 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property outfile

输出文件名

这控制着 -outfile 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property snucleotide

序列为核苷酸（布尔值）。

此选项控制 -snucleotide 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property sprotein

序列为蛋白质（布尔值）。

此选项控制 -sprotein 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property stdout

写入标准输出。

此属性控制 -stdout 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property verbose

报告一些/完整的命令行选项。

此属性控制 -verbose 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property warning

报告警告。

此属性控制 -warning 开关的添加，将此属性视为布尔值。

class Bio.Emboss.Applications.FuzznucCommandline(cmd='fuzznuc', **kwargs)

基类：_EmbossCommandLine

EMBOSS 中 fuzznuc 程序的命令行对象。

__init__(cmd='fuzznuc', **kwargs): 初始化类。

property auto

关闭提示。

自动模式会禁用提示，因此我们建议您在从 Biopython 调用 EMBOSS 工具时始终设置此参数。

此属性控制 -auto 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property complement

搜索互补链

这控制着 -complement 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property debug

将调试输出写入 program.dbg。

此属性控制 -debug 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property die

报告死亡程序消息。

此属性控制 -die 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property error

报告错误。

此属性控制 -error 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property filter

读取标准输入，写入标准输出。

此属性控制 -filter 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property help

报告命令行选项。

有关关联和一般限定符的更多信息，请使用 -help -verbose

此属性控制 -help 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property options

提示标准值和附加值。

如果您从 Biopython 内部调用 EMBOSS 工具，我们不建议使用此选项。

此属性控制着 -options 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property outfile

输出文件名

这控制着 -outfile 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property pattern

使用标准 IUPAC 单字母代码搜索模式

这控制着 -pattern 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property pmismatch

错配次数

这控制着 -pmismatch 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property rformat

指定要输出的报告格式。

这控制着 -rformat 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property sequence

序列数据库 USA

此选项控制 -sequence 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property stdout

写入标准输出。

此属性控制 -stdout 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property verbose

报告一些/完整的命令行选项。

此属性控制 -verbose 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property warning

报告警告。

此属性控制 -warning 开关的添加，将此属性视为布尔值。

class Bio.Emboss.Applications.FuzzproCommandline(cmd='fuzzpro', **kwargs)

基类：_EmbossCommandLine

来自 EMBOSS 的 fuzzpro 程序的命令行对象。

__init__(cmd='fuzzpro', **kwargs): 初始化类。

property auto

关闭提示。

自动模式会禁用提示，因此我们建议您在从 Biopython 调用 EMBOSS 工具时始终设置此参数。

此属性控制 -auto 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property debug

将调试输出写入 program.dbg。

此属性控制 -debug 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property die

报告死亡程序消息。

此属性控制 -die 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property error

报告错误。

此属性控制 -error 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property filter

读取标准输入，写入标准输出。

此属性控制 -filter 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property help

报告命令行选项。

有关关联和一般限定符的更多信息，请使用 -help -verbose

此属性控制 -help 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property options

提示标准值和附加值。

如果您从 Biopython 内部调用 EMBOSS 工具，我们不建议使用此选项。

此属性控制着 -options 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property outfile

输出文件名

这控制着 -outfile 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property pattern

使用标准 IUPAC 单字母代码搜索模式

这控制着 -pattern 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property pmismatch

错配次数

这控制着 -pmismatch 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property rformat

指定要输出的报告格式。

这控制着 -rformat 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property sequence

序列数据库 USA

此选项控制 -sequence 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property stdout

写入标准输出。

此属性控制 -stdout 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property verbose

报告一些/完整的命令行选项。

此属性控制 -verbose 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property warning

报告警告。

此属性控制 -warning 开关的添加，将此属性视为布尔值。

class Bio.Emboss.Applications.Est2GenomeCommandline(cmd='est2genome', **kwargs)

基类：_EmbossCommandLine

来自 EMBOSS 的 est2genome 程序的命令行对象。

__init__(cmd='est2genome', **kwargs): 初始化类。

property align

显示比对。

这控制着 -align 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property auto

关闭提示。

自动模式会禁用提示，因此我们建议您在从 Biopython 调用 EMBOSS 工具时始终设置此参数。

此属性控制 -auto 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property best

您可以打印所有比较，而不仅仅是最佳比较。

这控制着 -best 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property debug

将调试输出写入 program.dbg。

此属性控制 -debug 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property die

报告死亡程序消息。

此属性控制 -die 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property error

报告错误。

此属性控制 -error 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property est

EST 序列

这控制着 -est 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property filter

读取标准输入，写入标准输出。

此属性控制 -filter 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property gappenalty

在任一序列（不包括内含子）中删除单个碱基的成本。

这控制着 -gappenalty 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property genome

基因组序列

这控制着 -genome 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property help

报告命令行选项。

有关关联和一般限定符的更多信息，请使用 -help -verbose

此属性控制 -help 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property intronpenalty

内含子的成本，与长度无关。

这控制着 -intronpenalty 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property match

匹配两个碱基的分数。

这控制着 -match 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property minscore

排除得分低于此阈值得分的比对。

这控制着 -minscore 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property mismatch

错配两个碱基的成本。

此参数控制 -mismatch 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的论证值。

property mode

此参数决定比较模式。“both”、“forward” 或 “reverse”。

此参数控制 -mode 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的论证值。

property options

提示标准值和附加值。

如果您从 Biopython 内部调用 EMBOSS 工具，我们不建议使用此选项。

此属性控制着 -options 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property outfile

输出文件名

这控制着 -outfile 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property reverse

反转 EST 序列的方向。

此参数控制 -reverse 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的论证值。

property seed

随机数种子。

此选项控制是否添加“-seed”参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property shuffle

随机排列。

此参数控制 -shuffle 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的论证值。

property space

用于线性空间递归。

此参数控制 -space 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的论证值。

property splice

使用供体和受体剪接位点。

此参数控制 -splice 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的论证值。

property splicepenalty

内含子的成本，与长度和起始/结束于供体-受体位点无关。

此参数控制 -splicepenalty 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的论证值。

property stdout

写入标准输出。

此属性控制 -stdout 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property verbose

报告一些/完整的命令行选项。

此属性控制 -verbose 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property warning

报告警告。

此属性控制 -warning 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property width

比对宽度。

此参数控制 -width 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的论证值。

class Bio.Emboss.Applications.ETandemCommandline(cmd='etandem', **kwargs)

基类：_EmbossCommandLine

EMBOSS 中 etandem 程序的命令行对象。

__init__(cmd='etandem', **kwargs): 初始化类。

property auto

关闭提示。

自动模式会禁用提示，因此我们建议您在从 Biopython 调用 EMBOSS 工具时始终设置此参数。

此属性控制 -auto 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property debug

将调试输出写入 program.dbg。

此属性控制 -debug 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property die

报告死亡程序消息。

此属性控制 -die 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property error

报告错误。

此属性控制 -error 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property filter

读取标准输入，写入标准输出。

此属性控制 -filter 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property help

报告命令行选项。

有关关联和一般限定符的更多信息，请使用 -help -verbose

此属性控制 -help 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property maxrepeat

最大重复大小。

此参数控制 -maxrepeat 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的论证值。

property minrepeat

最小重复大小。

此参数控制 -minrepeat 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的论证值。

property mismatch

允许 N 作为不匹配。

此参数控制 -mismatch 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的论证值。

property options

提示标准值和附加值。

如果您从 Biopython 内部调用 EMBOSS 工具，我们不建议使用此选项。

此属性控制着 -options 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property outfile

输出文件名

这控制着 -outfile 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property rformat

输出报告格式。

这控制着 -rformat 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property sequence

序列。

此选项控制 -sequence 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property stdout

写入标准输出。

此属性控制 -stdout 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property threshold

阈值得分。

这控制着 -threshold 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property uniform

允许统一共识。

此参数控制 -uniform 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的论证值。

property verbose

报告一些/完整的命令行选项。

此属性控制 -verbose 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property warning

报告警告。

此属性控制 -warning 开关的添加，将此属性视为布尔值。

class Bio.Emboss.Applications.EInvertedCommandline(cmd='einverted', **kwargs)

基类：_EmbossCommandLine

EMBOSS 中 einverted 程序的命令行对象。

__init__(cmd='einverted', **kwargs): 初始化类。

property auto

关闭提示。

自动模式会禁用提示，因此我们建议您在从 Biopython 调用 EMBOSS 工具时始终设置此参数。

此属性控制 -auto 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property debug

将调试输出写入 program.dbg。

此属性控制 -debug 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property die

报告死亡程序消息。

此属性控制 -die 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property error

报告错误。

此属性控制 -error 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property filter

读取标准输入，写入标准输出。

此属性控制 -filter 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property gap

间隙惩罚。

此参数控制 -gap 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的论证值。

property help

报告命令行选项。

有关关联和一般限定符的更多信息，请使用 -help -verbose

此属性控制 -help 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property match

匹配得分。

这控制着 -match 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property maxrepeat

重复开始和结束之间的最大间隔。

此参数控制 -maxrepeat 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的论证值。

property mismatch

不匹配得分。

此参数控制 -mismatch 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的论证值。

property options

提示标准值和附加值。

如果您从 Biopython 内部调用 EMBOSS 工具，我们不建议使用此选项。

此属性控制着 -options 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property outfile

输出文件名

这控制着 -outfile 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property sequence

序列。

此选项控制 -sequence 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property stdout

写入标准输出。

此属性控制 -stdout 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property threshold

最小得分阈值

这控制着 -threshold 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property verbose

报告一些/完整的命令行选项。

此属性控制 -verbose 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property warning

报告警告。

此属性控制 -warning 开关的添加，将此属性视为布尔值。

class Bio.Emboss.Applications.PalindromeCommandline(cmd='palindrome', **kwargs)

基类：_EmbossCommandLine

EMBOSS 中 palindrome 程序的命令行对象。

__init__(cmd='palindrome', **kwargs): 初始化类。

property auto

关闭提示。

自动模式会禁用提示，因此我们建议您在从 Biopython 调用 EMBOSS 工具时始终设置此参数。

此属性控制 -auto 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property debug

将调试输出写入 program.dbg。

此属性控制 -debug 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property die

报告死亡程序消息。

此属性控制 -die 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property error

报告错误。

此属性控制 -error 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property filter

读取标准输入，写入标准输出。

此属性控制 -filter 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property gaplimit

重复之间的最大间隙

此属性控制 -gaplimit 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property help

报告命令行选项。

有关关联和一般限定符的更多信息，请使用 -help -verbose

此属性控制 -help 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property maxpallen

最大回文长度

此属性控制 -maxpallen 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property minpallen

最小回文长度

此属性控制 -minpallen 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property nummismatches

允许的错配次数

此属性控制 -nummismatches 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property options

提示标准值和附加值。

如果您从 Biopython 内部调用 EMBOSS 工具，我们不建议使用此选项。

此属性控制着 -options 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property outfile

输出文件名

这控制着 -outfile 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property overlap

报告重叠匹配

此属性控制 -overlap 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property sequence

序列。

此选项控制 -sequence 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property stdout

写入标准输出。

此属性控制 -stdout 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property verbose

报告一些/完整的命令行选项。

此属性控制 -verbose 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property warning

报告警告。

此属性控制 -warning 开关的添加，将此属性视为布尔值。

class Bio.Emboss.Applications.TranalignCommandline(cmd='tranalign', **kwargs)

基类：_EmbossCommandLine

EMBOSS 中 tranalign 程序的命令行对象。

__init__(cmd='tranalign', **kwargs): 初始化类。

property asequence

要比对的核苷酸序列。

这控制着“-asequence”参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property auto

关闭提示。

自动模式会禁用提示，因此我们建议您在从 Biopython 调用 EMBOSS 工具时始终设置此参数。

此属性控制 -auto 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property bsequence

蛋白质序列比对

这控制 -bsequence 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property debug

将调试输出写入 program.dbg。

此属性控制 -debug 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property die

报告死亡程序消息。

此属性控制 -die 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property error

报告错误。

此属性控制 -error 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property filter

读取标准输入，写入标准输出。

此属性控制 -filter 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property help

报告命令行选项。

有关关联和一般限定符的更多信息，请使用 -help -verbose

此属性控制 -help 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property options

提示标准值和附加值。

如果您从 Biopython 内部调用 EMBOSS 工具，我们不建议使用此选项。

此属性控制着 -options 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property outfile

输出文件名

这控制着 -outfile 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property outseq

输出序列文件。

此属性控制 -outseq 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property stdout

写入标准输出。

此属性控制 -stdout 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property table

要使用的代码

此属性控制 -table 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property verbose

报告一些/完整的命令行选项。

此属性控制 -verbose 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property warning

报告警告。

此属性控制 -warning 开关的添加，将此属性视为布尔值。

class Bio.Emboss.Applications.DiffseqCommandline(cmd='diffseq', **kwargs)

基类：_EmbossCommandLine

EMBOSS 中 diffseq 程序的命令行对象。

__init__(cmd='diffseq', **kwargs): 初始化类。

property aoutfeat

第一个序列特征输出文件

此属性控制 -aoutfeat 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property asequence

要比较的第一个序列

这控制着“-asequence”参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property auto

关闭提示。

自动模式会禁用提示，因此我们建议您在从 Biopython 调用 EMBOSS 工具时始终设置此参数。

此属性控制 -auto 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property boutfeat

输出第二个序列特征的文件

这控制着 -boutfeat 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property bsequence

要比较的第二个序列

这控制 -bsequence 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property debug

将调试输出写入 program.dbg。

此属性控制 -debug 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property die

报告死亡程序消息。

此属性控制 -die 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property error

报告错误。

此属性控制 -error 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property filter

读取标准输入，写入标准输出。

此属性控制 -filter 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property help

报告命令行选项。

有关关联和一般限定符的更多信息，请使用 -help -verbose

此属性控制 -help 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property options

提示标准值和附加值。

如果您从 Biopython 内部调用 EMBOSS 工具，我们不建议使用此选项。

此属性控制着 -options 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property outfile

输出文件名

这控制着 -outfile 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property rformat

输出报告文件格式

这控制着 -rformat 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property stdout

写入标准输出。

此属性控制 -stdout 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property verbose

报告一些/完整的命令行选项。

此属性控制 -verbose 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property warning

报告警告。

此属性控制 -warning 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property wordsize

用于比较的词大小（默认值为 10）

这控制着 -wordsize 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

class Bio.Emboss.Applications.IepCommandline(cmd='iep', **kwargs)

基类：_EmbossCommandLine

EMBOSS iep 的命令行：计算等电点和电荷。

示例

>>> from Bio.Emboss.Applications import IepCommandline
>>> iep_cline = IepCommandline(sequence="proteins.faa",
...                            outfile="proteins.txt")
>>> print(iep_cline)
iep -outfile=proteins.txt -sequence=proteins.faa

您通常会使用 iep_cline() 或通过 Python subprocess 模块运行命令行，如 Biopython 教程中所述。

__init__(cmd='iep', **kwargs): 初始化类。

property amino

N 末端的数量

整数 0（默认值）或更多。

这控制着 -amino 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property auto

关闭提示。

自动模式会禁用提示，因此我们建议您在从 Biopython 调用 EMBOSS 工具时始终设置此参数。

此属性控制 -auto 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property carboxyl

C 末端的数量

整数 0（默认值）或更多。

这控制着 -carboxyl 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property debug

将调试输出写入 program.dbg。

此属性控制 -debug 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property die

报告死亡程序消息。

此属性控制 -die 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property disulphides

二硫键的数量

整数 0（默认值）或更多。

这控制着 -disulphides 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property error

报告错误。

此属性控制 -error 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property filter

读取标准输入，写入标准输出。

此属性控制 -filter 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property help

报告命令行选项。

有关关联和一般限定符的更多信息，请使用 -help -verbose

此属性控制 -help 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property lysinemodified

修饰赖氨酸的数量

整数 0（默认值）或更多。

这控制着 -lysinemodified 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property notermini

排除 (True) 或包含 (False) N 和 C 末端的电荷。

这控制着 -notermini 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property options

提示标准值和附加值。

如果您从 Biopython 内部调用 EMBOSS 工具，我们不建议使用此选项。

此属性控制着 -options 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property outfile

输出文件名

这控制着 -outfile 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property sequence

蛋白质序列文件名

此选项控制 -sequence 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property stdout

写入标准输出。

此属性控制 -stdout 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property verbose

报告一些/完整的命令行选项。

此属性控制 -verbose 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property warning

报告警告。

此属性控制 -warning 开关的添加，将此属性视为布尔值。

class Bio.Emboss.Applications.SeqretCommandline(cmd='seqret', **kwargs)

Bases: _EmbossMinimalCommandLine

EMBOSS 中 seqret 程序的命令行对象。

此工具允许您在不同的序列文件格式之间进行互换（例如，GenBank 到 FASTA）。将 Biopython 的 Bio.SeqIO 模块与 seqret 结合使用合适的中间文件格式，可以允许您读取/写入更广泛的文件格式。

此包装器目前仅支持核心功能，诸如特征表（在 EMBOSS 6.1.0 及更高版本中）之类的东西尚未包括在内。

__init__(cmd='seqret', **kwargs): 初始化类。

property auto

关闭提示。

自动模式会禁用提示，因此我们建议您在从 Biopython 调用 EMBOSS 工具时始终设置此参数。

此属性控制 -auto 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property debug

将调试输出写入 program.dbg。

此属性控制 -debug 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property die

报告死亡程序消息。

此属性控制 -die 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property error

报告错误。

此属性控制 -error 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property filter

读取标准输入，写入标准输出。

此属性控制 -filter 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property help

报告命令行选项。

有关关联和一般限定符的更多信息，请使用 -help -verbose

此属性控制 -help 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property options

提示标准值和附加值。

如果您从 Biopython 内部调用 EMBOSS 工具，我们不建议使用此选项。

此属性控制着 -options 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property osformat

输出序列格式（例如 fasta、genbank）

这控制着 -osformat 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property outseq

输出序列文件。

此属性控制 -outseq 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property sequence

输入序列文件名

此选项控制 -sequence 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property sformat

输入序列格式（例如 fasta、genbank）

此选项控制 -sformat 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property stdout

写入标准输出。

此属性控制 -stdout 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property verbose

报告一些/完整的命令行选项。

此属性控制 -verbose 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property warning

报告警告。

此属性控制 -warning 开关的添加，将此属性视为布尔值。

class Bio.Emboss.Applications.SeqmatchallCommandline(cmd='seqmatchall', **kwargs)

基类：_EmbossCommandLine

来自 EMBOSS 的 seqmatchall 程序的命令行对象。

例如：>>> cline = SeqmatchallCommandline(sequence=”opuntia.fasta”, outfile=”opuntia.txt”) >>> cline.auto = True >>> cline.wordsize = 18 >>> cline.aformat = “pair” >>> print(cline) seqmatchall -auto -outfile=opuntia.txt -sequence=opuntia.fasta -wordsize=18 -aformat=pair

__init__(cmd='seqmatchall', **kwargs): 初始化类。

property aformat

以不同的指定输出格式显示输出

这控制着“-aformat”参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property auto

关闭提示。

自动模式会禁用提示，因此我们建议您在从 Biopython 调用 EMBOSS 工具时始终设置此参数。

此属性控制 -auto 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property debug

将调试输出写入 program.dbg。

此属性控制 -debug 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property die

报告死亡程序消息。

此属性控制 -die 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property error

报告错误。

此属性控制 -error 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property filter

读取标准输入，写入标准输出。

此属性控制 -filter 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property help

报告命令行选项。

有关关联和一般限定符的更多信息，请使用 -help -verbose

此属性控制 -help 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property options

提示标准值和附加值。

如果您从 Biopython 内部调用 EMBOSS 工具，我们不建议使用此选项。

此属性控制着 -options 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property outfile

输出文件名

这控制着 -outfile 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property sequence

可读的序列集

此选项控制 -sequence 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property stdout

写入标准输出。

此属性控制 -stdout 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property verbose

报告一些/完整的命令行选项。

此属性控制 -verbose 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property warning

报告警告。

此属性控制 -warning 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property wordsize

字长（整数 2 或更大，默认值为 4）

这控制着 -wordsize 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的参数值。