Bio.AlignIO.NexusIO 模块

Bio.AlignIO 对“nexus”文件格式的支持。

您应该通过 Bio.AlignIO 函数（或 Bio.SeqIO 函数，如果您想直接使用间隙序列）来使用此模块。

另请参阅 Bio.Nexus 模块（此代码在内部调用它），因为它提供了比仅访问比对或其序列作为 SeqRecord 对象更多的功能。

Bio.AlignIO.NexusIO.NexusIterator(handle: IO[str], seq_count: int | None = None) → Iterator[MultipleSeqAlignment]

从 Nexus 文件中返回 SeqRecord 对象。

因此，使用 Bio.Nexus 模块来完成繁重的工作。

您应该通过 Bio.SeqIO 或 Bio.AlignIO 调用此函数（不要直接使用它）。

注意 - 我们只期望每个 Nexus 文件只有一个比对矩阵，这意味着此迭代器将只生成一个 MultipleSeqAlignment。

class Bio.AlignIO.NexusIO.NexusWriter(handle)

基类：AlignmentWriter

Nexus 比对写入器。

请注意，Nexus 文件仅应包含一个比对矩阵。

您应该通过 Bio.AlignIO.write() 或 Bio.SeqIO.write() 函数调用此类。

write_file(alignments)

使用它来写入包含给定比对的整个文件。

参数

• alignments - 返回 MultipleSeqAlignment 对象的列表或迭代器。它应该只包含一个比对。

write_alignment(alignment, interleave=None)

将比对写入文件。

创建一个空的 Nexus 对象，添加序列，然后让 Nexus 准备输出。默认的交错行为：如果列数 > 1000，则交错 -> 使用 interleave=[True/False] 覆盖。