Bio.AlignIO.PhylipIO 模块

AlignIO 支持来自 Joe Felsenstein 的 PHYLIP 工具的“phylip”格式。

您应该通过 Bio.AlignIO 函数（如果您想直接处理带间隙的序列，也可以使用 Bio.SeqIO 函数）来使用此模块。

还支持“松弛 phylip”格式。松弛 phylip 与标准 phylip 格式的不同之处在于以下方面

• 序列 ID 中不允许使用空格。

• 不执行截断。相反，序列 ID 被填充到最长 ID 长度，而不是 10 个字符。空格将序列标识符与序列隔开。

RAxML 和 PHYML 支持松弛 phylip。

注意

在 TREE_PUZZLE (Schmidt 等人，2003 年) 和 PHYML (Guindon 和 Gascuel，2003 年) 中，序列中的点/句号 (".") 被解释为与第一个序列中的字符相同。3.3 到 3.69 的 PHYLIP 文档 http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/doc/sequence.html 指出

“以前也允许使用句号，但现在不再允许使用，因为有时它在其他程序中以不同的含义使用。”

Biopython 1.58 或更高版本将序列中的点/句号视为无效，无论是读取还是写入。旧版本不会对点/句号进行任何特殊处理。

class Bio.AlignIO.PhylipIO.PhylipWriter(handle)

基类: SequentialAlignmentWriter

Phylip 比对写入器。

write_alignment(alignment, id_width=_PHYLIP_ID_WIDTH)

使用此方法将（另一个）单个比对写入打开的文件。

此代码将写入交错的比对（当序列长度超过 50 个字符时）。

请注意，记录标识符被严格截断为 id_width，默认为符合 PHYLIP 标准所需的值。

有关文件格式的更多信息，请参见： http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/doc/sequence.html http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/doc/main.html#inputfiles

class Bio.AlignIO.PhylipIO.PhylipIterator(handle, seq_count=None)

基类: AlignmentIterator

读取 Phylip 比对文件，返回 MultipleSeqAlignment 迭代器。

记录标识符限制为最多 10 个字符。

它只处理交错的 phylip 文件！在序列跨越多行的情况下，顺序文件将不起作用。

有关文件格式的更多信息，请参见： http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/doc/sequence.html http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/doc/main.html#inputfiles

id_width = 10

__next__()

从句柄解析下一个比对。

class Bio.AlignIO.PhylipIO.RelaxedPhylipWriter(handle)

基类: PhylipWriter

松弛 Phylip 格式写入器。

write_alignment(alignment)

写入松弛 phylip 比对。

class Bio.AlignIO.PhylipIO.RelaxedPhylipIterator(handle, seq_count=None)

基类: PhylipIterator

松弛 Phylip 格式迭代器。

class Bio.AlignIO.PhylipIO.SequentialPhylipWriter(handle)

基类: SequentialAlignmentWriter

顺序 Phylip 格式写入器。

write_alignment(alignment, id_width=_PHYLIP_ID_WIDTH)

将 Phylip 比对写入句柄。

class Bio.AlignIO.PhylipIO.SequentialPhylipIterator(handle, seq_count=None)

基类: PhylipIterator

顺序 Phylip 格式迭代器。

顺序格式与正常的交错格式具有相同的限制，不同之处在于序列按顺序列出，每个序列在下一个序列开始之前全部写入。根据 PHYLIP 文档对输入文件格式的说明，可以在序列中的任何位置选择性地输入换行符和空格。

__next__()

从句柄解析下一个比对。

Bio.AlignIO.PhylipIO.sanitize_name(name, width=None)

对输出序列标识符进行清理。

删除被禁止的字符“[]()”并用“|”替换字符“:;”。如果指定，则将名称截断为“width”个字符。