Bio.Align.fasta 模块

Bio.Align 对齐 FASTA 文件的支持。

对齐 FASTA 文件是 FASTA 文件，其中序列中的对齐间隙由连字符表示。对齐 FASTA 中的每个序列行应具有相同的长度。

class Bio.Align.fasta.AlignmentWriter(target)

基类: AlignmentWriter

对齐 FASTA 文件格式的对齐文件写入器。

fmt: str | None = 'FASTA'

format_alignment(alignment)

返回一个包含对齐的 FASTA 格式对齐的字符串。

__abstractmethods__ = frozenset({})

class Bio.Align.fasta.AlignmentIterator(source)

基类: AlignmentIterator

对齐 FASTA 文件的对齐迭代器。

对齐的 FASTA 文件包含一个多重对齐。对齐间隙在序列行中用连字符表示。标题行以“>”开头，后跟序列名称，以及可选的描述。

fmt: str | None = 'FASTA'

__abstractmethods__ = frozenset({})