Bio.Align.exonerate 模块

Bio.Align 对 Exonerate 输出格式的支持。

此模块提供对 Exonerate 输出的支持。Exonerate 是一种通用的成对序列比较工具，允许您使用几种不同的模型来比对序列。

Bio.Align.exonerate 已在以下 Exonerate 版本和模型上测试

  • 版本：2.2

  • 模型：- affine:local - cdna2genome - coding2coding - est2genome - genome2genome - ner - protein2dna - protein2genome - ungapped - ungapped:translated

虽然模型测试并不详尽，但解析器应该能够处理所有 Exonerate 模型。如果您遇到无法解析的文件，请提交错误报告。

您应该通过 Bio.Align 函数使用此模块。

class Bio.Align.exonerate.AlignmentWriter(target, fmt='vulgar')

基类：AlignmentWriter

用于 Exonerate cigar 和 vulgar 文件格式的对齐文件写入器。

fmt: str | None = 'Exonerate'
__init__(target, fmt='vulgar')

创建一个 AlignmentWriter 对象。

参数

  • target - 输出流或文件名

  • fmt - 以 vulgar（Verbose Useful Labelled

    Gapped Alignment Report）格式（fmt=”vulgar”）或 cigar（Compact Idiosyncratic Gapped Alignment Report）格式（fmt=”cigar”）写入对齐方式。默认值为“vulgar”。

write_header(stream, alignments)

写入标题。

写入页脚。

__abstractmethods__ = frozenset({})
class Bio.Align.exonerate.AlignmentIterator(source)

基类：AlignmentIterator

用于 Exonerate 文本、cigar 和 vulgar 格式的对齐迭代器。

文件中的每一行都包含一个成对对齐，这些对齐方式会逐个加载并返回。对齐分数信息（例如匹配和不匹配的数量）存储为每个对齐方式的属性。

fmt: str | None = 'Exonerate'
__abstractmethods__ = frozenset({})