Bio.Align.analysis 模块

用于对密码子比对进行计算的代码。

Bio.Align.analysis.calculate_dn_ds(alignment, method='NG86', codon_table=None, k=1, cfreq=None)

计算给定两个序列的 dN 和 dS。

可用方法

• NG86 - Nei 和 Gojobori (1986) (PMID 3444411)。

• LWL85 - Li 等人 (1985) (PMID 3916709)。

• ML - Goldman 和 Yang (1994) (PMID 7968486)。

• YN00 - Yang 和 Nielsen (2000) (PMID 10666704)。

参数

• k - 转换/颠换比率

• cfreq - 仅当使用 ML 方法时才能指定当前密码子频率向量。获取 cfreq 的可能方式是：F1x4、F3x4 和 F61。

Bio.Align.analysis.calculate_dn_ds_matrix(alignment, method='NG86', codon_table=None)

计算多序列比对的成对 dN 和 dS，并以矩阵形式返回。

参数

• method - 可用方法包括 NG86、LWL85、YN00 和 ML。

• codon_table - 用于正向翻译的密码子表。

Bio.Align.analysis.mktest(alignment, species=None, codon_table=None)

McDonald-Kreitman 中性检验。

实现 McDonald-Kreitman 中性检验 (PMID: 1904993)。此方法计算变化而不是位点 (http://mkt.uab.es/mkt/help_mkt.asp).

参数

• alignment - 要比较的基因核苷酸序列比对。

• species - 比对中每个序列的物种 ID 列表。通常，物种 ID 是物种名称作为字符串，或整数。

• codon_table - 用于正向翻译的密码子表。

返回检验结果的 p 值。