Bio.Align.bed 模块
Bio.Align 对 BED (Browser Extensible Data) 文件的支持。
浏览器可扩展数据 (BED) 格式将一系列成对比对存储在一个文件中。通常它们用于转录本与基因组的比对。BED 文件存储比对位置和比对分数，但不存储比对序列。
参见 http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html#format1
您应该通过 Bio.Align 函数使用此模块。
BED 格式中的坐标以零为基础的起始位置 (如 Python) 和比对区域大小来定义。
源序列中长度为 1 且起始位置为第一个位置的最小比对区域将具有 start == 0 和 size == 1。
正如我们在该示例中看到的，start + size 将给出比零为基础的结束位置多 1 的值。因此，我们可以将 start 和 start + size 作为 Python 列表切片边界进行操作。
- class Bio.Align.bed.AlignmentWriter(target, bedN=12)
-
浏览器可扩展数据 (BED) 文件格式的比对文件写入器。
- __init__(target, bedN=12)
创建一个 AlignmentWriter 对象。
- 参数
target - 输出流或文件名
- bedN - BED 文件中的列数。
它必须介于 3 和 12 之间；默认值为 12。
- format_alignment(alignment)
返回一个字符串，其中包含一个比对，格式化为 BED 行。
- __abstractmethods__ = frozenset({})