Bio.Align.a2m 模块

Bio.Align 对 A2M 文件的支持。

A2M 文件是由 SAM Sequence Alignment and Modeling Software System 中的 align2model 或 hmmscore 创建的对齐文件。

class Bio.Align.a2m.AlignmentWriter(target)

基类：AlignmentWriter

A2M 文件格式的对齐文件写入器。

fmt: str | None = 'A2M'

format_alignment(alignment)

返回一个字符串，其中包含以 A2M 文件格式表示的对齐。

write_alignments(stream, alignments)

将单个对齐写入输出文件，并返回 1。

alignments - 返回 Alignment 对象的列表或迭代器 stream - 输出文件流。

__abstractmethods__ = frozenset({})

class Bio.Align.a2m.AlignmentIterator(source)

基类：AlignmentIterator

A2M 文件格式文件的对齐迭代器。

A2M 文件包含一个多重对齐。匹配由大写字母表示，删除由包含仅匹配或删除的对齐列中的连字符表示。插入由小写字母表示，间隙与显示为句点的插入对齐。

标题行以 '>' 开头，后跟序列名称，以及可选的描述。

fmt: str | None = 'A2M'