Bio.SeqUtils.IsoelectricPoint 模块
使用 Bjellqvist 方法计算多肽的等电点。
pK 值和方法取自
* Bjellqvist, B.,Hughes, G.J., Pasquali, Ch., Paquet, N., Ravier, F.,
Sanchez, J.-Ch., Frutiger, S. & Hochstrasser, D.F.
The focusing positions of polypeptides in immobilized pH gradients can be
predicted from their amino acid sequences. Electrophoresis 1993, 14,
1023-1031.
* Bjellqvist, B., Basse, B., Olsen, E. and Celis, J.E.
Reference points for comparisons of two-dimensional maps of proteins from
different human cell types defined in a pH scale where isoelectric points
correlate with polypeptide compositions. Electrophoresis 1994, 15, 529-539.
我根据 David L. Tabb 的笔记设计了算法，该笔记可从以下地址获得：http://fields.scripps.edu/DTASelect/20010710-pI-Algorithm.pdf
- class Bio.SeqUtils.IsoelectricPoint.IsoelectricPoint(protein_sequence, aa_content=None)
基类：
object用于计算蛋白质在给定 pH 值下的 IEP 或电荷的类。
- 参数:
- :protein_sequence: 包含蛋白质的 ``Bio.Seq`` 或字符串对象
序列。
- :aa_content: 一个字典，以氨基酸字母为键，其
出现次数作为整数，例如
{"A": 3, "C": 0, ...}。默认值：None。如果为None，则将根据给定的序列计算字典。
示例
此类的所有方法都可以从类本身访问，也可以从
ProtParam.ProteinAnalysis对象访问（部分名称不同）>>> from Bio.SeqUtils.IsoelectricPoint import IsoelectricPoint as IP >>> protein = IP("INGAR") >>> print(f"IEP of peptide {protein.sequence} is {protein.pi():.2f}") IEP of peptide INGAR is 9.75 >>> print(f"Its charge at pH 7 is {protein.charge_at_pH(7.0):.2f}") Its charge at pH 7 is 0.76
>>> from Bio.SeqUtils.ProtParam import ProteinAnalysis as PA >>> protein = PA("PETER") >>> print(f"IEP of {protein.sequence}: {protein.isoelectric_point():.2f}") IEP of PETER: 4.53 >>> print(f"Charge at pH 4.53: {protein.charge_at_pH(4.53):.2f}") Charge at pH 4.53: 0.00
方法
:charge_at_pH(pH): 计算蛋白质在给定 pH 值下的电荷
:pi(): 计算等电点
- __init__(protein_sequence, aa_content=None)
初始化类。
- charge_at_pH(pH)
计算蛋白质在给定 pH 值下的电荷。
- pi(pH=7.775, min_=4.05, max_=12)
计算并返回等电点作为浮点数。
这是一个使用二分法递归函数。关于二分法的维基百科页面：https://en.wikipedia.org/wiki/Bisection_method
- 参数
pH: 计算蛋白质当前电荷的 pH 值。此 pH 值位于区间中心（min_ 和 max_ 的平均值）。
min_: 区间的最小值。初始值默认为 4.05，低于理论最小值，此时蛋白质完全由天冬氨酸组成。
max_: 区间的最大值。初始值默认为 12，高于理论最大值，此时蛋白质完全由精氨酸组成。