Bio.SeqIO.XdnaIO 模块

Bio.SeqIO 对 “xdna” 文件格式的支持。

Xdna 二进制格式由 Christian Marck 的 DNA Strider 程序生成，也由 Serial Cloner 使用。

class Bio.SeqIO.XdnaIO.XdnaIterator(source)

Bases: SequenceIterator

Xdna 文件解析器。

__init__(source)

解析 Xdna 文件并返回 SeqRecord 对象。

参数 source 是以二进制模式打开的文件类对象或文件的路径。

注意，这只是“迭代器”的名称，因为 Xdna 文件始终包含单个序列。

parse(handle)

开始解析文件并返回 SeqRecord 生成器。

iterate(handle, header)

解析文件并生成 SeqRecord 对象。

__abstractmethods__ = frozenset({})

__parameters__ = ()

class Bio.SeqIO.XdnaIO.XdnaWriter(target)

Bases: SequenceWriter

以 Xdna 格式写入文件。

__init__(target)

初始化 Xdna 写入器对象。

参数

• target - 以二进制模式打开的输出流或文件的路径。

write_file(records)

将指定的记录写入 Xdna 文件。

注意，该函数期望一个记录列表（或可迭代对象），如 SequenceWriter 接口中所述，但列表应该只包含一个记录，因为 Xdna 格式是单记录格式。