Bio.SeqIO.UniprotIO 模块

Bio.SeqIO 对“uniprot-xml”文件格式的支持。

另请参阅：http://www.uniprot.org

UniProt XML 格式本质上取代了最初由 SwissProt（Bio.SeqIO 中的“swiss”格式）引入的旧纯文本文件格式。

Bio.SeqIO.UniprotIO.UniprotIterator(source, alphabet=None, return_raw_comments=False)

将 UniProt XML 迭代为 SeqRecord 对象。

从任何 UniProt XML 文件中逐个解析 XML 条目，每次迭代返回一个 SeqRecord

此生成器可用于 Bio.SeqIO

参数 source 是一个类文件对象或文件路径。

可选参数 alphabet 不应再使用。

return_raw_comments = True –> 注释字段以完整的 XML 格式返回，以便进一步处理 skip_parsing_errors = True –> 如果发现解析错误，则跳到下一条记录

class Bio.SeqIO.UniprotIO.Parser(elem, alphabet=None, return_raw_comments=False)

基类：object

将 UniProt XML 条目解析为 SeqRecord。

可选参数 alphabet 不再使用。

return_raw_comments=True 用于以 XML 格式返回完整的注释字段

__init__(elem, alphabet=None, return_raw_comments=False)

初始化类。

parse()

解析输入。