Bio.SeqIO.IgIO 模块

Bio.SeqIO 对“ig”（IntelliGenetics 或 MASE）文件格式的支持。

此模块用于将 IntelliGenetics 格式文件读写为 SeqRecord 对象。此文件格式似乎与 MASE 多序列比对格式相同。

预期您将通过 Bio.SeqIO 函数使用此模块。

class Bio.SeqIO.IgIO.IgIterator(source)

Bases: SequenceIterator

IntelliGenetics 文件解析器。

__init__(source)

遍历 IntelliGenetics 记录（作为 SeqRecord 对象）。

source - 以文本模式打开的文件类对象，或文件路径

可选的自由格式文件头行（以两个分号开头）将被忽略。

每个记录开头处的自由格式注释行（以分号开头）将作为带有嵌入换行符的单个字符串记录在 SeqRecord 的注释字典中，键为“comment”。

示例

>>> with open("IntelliGenetics/TAT_mase_nuc.txt") as handle:
...     for record in IgIterator(handle):
...         print("%s length %i" % (record.id, len(record)))
...
A_U455 length 303
B_HXB2R length 306
C_UG268A length 267
D_ELI length 309
F_BZ163A length 309
O_ANT70 length 342
O_MVP5180 length 348
CPZGAB length 309
CPZANT length 309
A_ROD length 390
B_EHOA length 420
D_MM251 length 390
STM_STM length 387
VER_AGM3 length 354
GRI_AGM677 length 264
SAB_SAB1C length 219
SYK_SYK length 330

parse(handle)

开始解析文件，并返回一个 SeqRecord 生成器。

iterate(handle)

遍历 IntelliGenetics 文件中的记录。

__abstractmethods__ = frozenset({})

__parameters__ = ()