Bio.SearchIO.InterproscanIO 包

子模块

Bio.SearchIO.InterproscanIO.interproscan_xml 模块
- InterproscanXmlParser
  - InterproscanXmlParser.__init__()
  - InterproscanXmlParser.__iter__()

模块内容

Bio.SearchIO 对 InterProScan 输出格式的支持。

此模块添加了对解析 InterProScan XML 输出的支持。InterProScan 可作为命令行程序或在 EMBL-EBI 的网页上使用。Bio.SearchIO.InterproscanIO 已在以下版本上进行了测试

版本：5.26-65.0 (interproscan-model-2.1.xsd)

有关 InterProScan 的更多信息，请通过以下链接获取： - 出版物：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3998142/ - 网页界面：https://www.ebi.ac.uk/interpro/search/sequence-search - 文档：https://github.com/ebi-pf-team/interproscan/wiki

支持的格式

Bio.SearchIO.InterproscanIO 支持以下格式

XML - ‘interproscan-xml’ - 解析

interproscan-xml

interproscan-xml 解析器遵循此处描述的 InterProScan XML：https://github.com/ebi-pf-team/interproscan/wiki/OutputFormats

对象	属性	XML 元素
QueryResult	target	`InterPro`
	program	`InterProScan`
	version	`protein-matches.interproscan-version`
Hit	accession	`signature.name`
	id	`signature.ac`
	description	`signature.desc`
	dbxrefs	`IPR:entry.ac` `go-xref.id` `pathway-xref.db:pathway-xref.id`
	attributes [‘Target’] [‘Target version’] [‘Hit type’]	`-match` / `-location` `signature-library-release.library` `signature-library-release.version`
HSP	bitscore	`*-location.score`
HSP	evalue	`*-location.evalue`
HSPFragment (也可通过 HSP)	query_start	`*-location.start`
	query_end	`*-location.end`
	hit_start	`*-location.hmm-start`
	hit_end	`*-location.hmm-end`
	query	`sequence`

InterProScan XML 文件可能包含具有多个位置的匹配项，或者包含对同一蛋白质具有单个位置的多个匹配项。在这两种情况下，匹配项都以唯一的 HIT 对象形式存储，位置以 HSP 对象形式存储。

HSP.*start == *start - 1 (因为 Biopython 中每个起始位置都是基于 0 的)

HSP.aln_span == query-end - query-start

匹配项或位置的类型（例如，hmmer3-match、hmmer3-location、coils-match、panther-location）存储在 hit.attributes[‘Hit type’] 中。例如，对于每个 ‘phobious-match’ 来说，将存在一个 ‘phobious-location’。因此，Hit.type 将存储不包含 ‘-match’ 或 ‘-location’ 的字符串（本例中为 ‘phobious’）。