Bio.SearchIO.ExonerateIO.exonerate_vulgar 模块

Bio.SearchIO 用于 Exonerate vulgar 输出格式的解析器。

class Bio.SearchIO.ExonerateIO.exonerate_vulgar.ExonerateVulgarParser(handle)

基类： _BaseExonerateParser

用于 Exonerate vulgar 字符串的解析器。

parse_alignment_block(header)

解析 vulgar 格式的对齐块，返回查询结果、命中和 hsp。

__abstractmethods__ = frozenset({})

class Bio.SearchIO.ExonerateIO.exonerate_vulgar.ExonerateVulgarIndexer(filename, **kwargs)

基类： _BaseExonerateIndexer

用于 exonerate vulgar 行的索引器类。

get_qresult_id(pos)

返回最近 vulgar 行的查询 ID。

get_raw(offset)

从给定偏移量返回 QueryResult 对象的原始字节字符串。

__abstractmethods__ = frozenset({})

__annotations__ = {'_parser': typing.Type[Bio.SearchIO.ExonerateIO._base._BaseExonerateParser], '_query_mark': 'Optional[bytes]'}