Bio.SearchIO.BlastIO.blast_xml 模块

Bio.SearchIO 解析器用于 BLAST+ XML 输出格式。

class Bio.SearchIO.BlastIO.blast_xml.BlastXmlParser(handle, use_raw_query_ids=False, use_raw_hit_ids=False)

基类：object

BLAST XML 格式的解析器。

__init__(handle, use_raw_query_ids=False, use_raw_hit_ids=False)

初始化类。

__iter__()

迭代 BlastXmlParser 对象，生成查询结果。

class Bio.SearchIO.BlastIO.blast_xml.BlastXmlIndexer(filename, **kwargs)

基类：SearchIndexer

BLAST XML 输出的索引器类。

qstart_mark = b'<Iteration>'

qend_mark = b'</Iteration>'

block_size = 16384

__init__(filename, **kwargs)

初始化类。

__iter__()

迭代 BlastXmlIndexer，生成 qstart_id、start_offset、块长度。

get_raw(offset)

从文件中返回原始记录作为字节字符串。

__abstractmethods__ = frozenset({})

class Bio.SearchIO.BlastIO.blast_xml.BlastXmlWriter(handle, use_raw_query_ids=True, use_raw_hit_ids=True)

基类：object

基于流的 BLAST+ XML 写入器。

__init__(handle, use_raw_query_ids=True, use_raw_hit_ids=True)

初始化类。

write_file(qresults)

将 XML 内容写入输出句柄。