Bio.SearchIO.BlastIO.blast_tab 模块

用于带或不带注释的 BLAST+ 制表符输出格式的 Bio.SearchIO 解析器。

class Bio.SearchIO.BlastIO.blast_tab.BlastTabIndexer(filename, comments=False, fields=_DEFAULT_FIELDS)

基类：SearchIndexer

用于 BLAST+ 制表符输出的索引器类。

__init__(filename, comments=False, fields=_DEFAULT_FIELDS)

初始化类。

__iter__()

遍历文件句柄；生成键、起始偏移量和长度。

get_raw(offset)

从给定的偏移量返回 QueryResult 对象的原始字节字符串。

__abstractmethods__ = frozenset({})

class Bio.SearchIO.BlastIO.blast_tab.BlastTabParser(handle, comments=False, fields=_DEFAULT_FIELDS)

基类：object

用于 BLAST 制表符格式的解析器。

__init__(handle, comments=False, fields=_DEFAULT_FIELDS)

初始化类。

__iter__()

遍历 BlastTabParser，生成查询结果。

class Bio.SearchIO.BlastIO.blast_tab.BlastTabWriter(handle, comments=False, fields=_DEFAULT_FIELDS)

基类：object

用于 blast-tab 输出格式的写入器。

__init__(handle, comments=False, fields=_DEFAULT_FIELDS)

初始化类。

write_file(qresults)

写入句柄，返回写入的 QueryResult 对象数量。