Bio.SCOP.Hie 模块

处理 SCOP HIErarchy 文件。

SCOP 层次结构文件根据 SCOP 唯一标识符 (sunid) 描述 SCOP 层次结构。

该文件格式在 SCOP 发行说明 中有描述。

最新的 HIE 文件可以在 SCOP 的其他地方找到。

版本 1.55 (2001 年 7 月)。

class Bio.SCOP.Hie.Record(line=None)

基类：object

保存 SCOP 层次结构中一个节点的信息。

属性

  • sunid - 此节点的 SCOP 唯一标识符

  • parent - 父节点的 sunid

  • children - 子节点 sunid 的序列

__init__(line=None)

初始化类。

__str__()

将 SCOP 层次结构记录表示为字符串。

Bio.SCOP.Hie.parse(handle)

将 HIE 文件迭代为每行一个 Hie 记录。

参数

  • handle - 类文件对象。