Bio.PDB.StructureBuilder 模块

构建 Structure 对象的消费者类。

这由 PDBParser 和 MMCIFparser 类使用。

class Bio.PDB.StructureBuilder.StructureBuilder

基类：object

处理构建 Structure 对象。

StructureBuilder 类由 PDBParser 类使用，用于将文件转换为 Structure 对象。

__init__()

初始化此实例。

set_header(header)

设置标题。

set_line_counter(line_counter: int)

跟踪正在解析的 PDB 文件中的行。

参数

• line_counter - int

init_structure(structure_id: str)

使用给定 ID 初始化一个新的 Structure 对象。

参数

• structure_id - string

init_model(model_id: int, serial_num: int | None = None)

使用给定 ID 创建一个新的 Model 对象。

参数

• id - int

• serial_num - int

init_chain(chain_id: str)

使用给定 ID 创建一个新的 Chain 对象。

参数

• chain_id - string

init_seg(segid: str)

标记 segid 的变化。

参数

• segid - string

init_residue(resname: str, field: str, resseq: int, icode: str)

创建一个新的 Residue 对象。

参数

• resname - string，例如“ASN”

• field - hetero 标志，“W” 表示水， “H” 表示异构残基，否则为空。

• resseq - int，序列标识符

• icode - string，插入代码

init_atom(name: str, coord: ndarray, b_factor: float, occupancy: float, altloc: str, fullname: str, serial_number=None, element: str | None = None, pqr_charge: float | None = None, radius: float | None = None, is_pqr: bool = False)

创建一个新的 Atom 对象。

参数

• name - string，原子名，例如 CA，空格应去除

• coord - NumPy 数组（Float0，长度为 3），原子坐标

• b_factor - float，B 因子

• occupancy - float

• altloc - string，备用位置指定符

• fullname - string，包含空格的原子名，例如“ CA ”

• element - string，大写，例如“HG” 表示汞

• pqr_charge - float，原子电荷（PQR 格式）

• radius - float，原子半径（PQR 格式）

• is_pqr - boolean，标志用于指定是否正在解析 .pqr 文件

set_anisou(anisou_array)

设置当前原子的各向异性 B 因子。

set_siguij(siguij_array)

设置当前原子各向异性 B 因子的标准差。

set_sigatm(sigatm_array)

设置当前原子的原子位置的标准差。

get_structure()

返回结构。

set_symmetry(spacegroup, cell)

设置对称性。