Bio.PDB.Chain 模块

Chain 类，用于 Structure 对象。

class Bio.PDB.Chain.Chain(id)

基类: Entity[Model, Residue]

定义 Chain 类。

Chain 是 Entity 类型的对象，存储残基并包含一个访问残基中原子 的方法。

__init__(id)

初始化类。

__gt__(other)

验证 id 是否大于 other.id。

__ge__(other)

验证 id 是否大于或等于 other.id。

__lt__(other)

验证 id 是否小于 other.id。

__le__(other)

验证 id 是否小于或等于 other id。

__getitem__(id)

返回具有给定 id 的残基。

残基的 id 是 (hetero flag, sequence identifier, insertion code)。如果 id 是整数，则由 _translate_id 方法将其转换为 (” “, id, “ “)。

参数

• id - (字符串, 整数, 字符串) 或整数

__contains__(id)

检查此链中是否存在具有给定 id 的残基。

参数

• id - (字符串, 整数, 字符串) 或整数

__delitem__(id)

删除项目。

参数

• id - (字符串, 整数, 字符串) 或整数

__repr__()

返回链标识符。

get_unpacked_list()

返回一个未解开残基的列表。

一些 Residue 对象隐藏了几个无序残基 (DisorderedResidue 对象)。此方法将它们解开，即它返回一个简单的 Residue 对象列表。

has_id(id)

如果存在具有给定 id 的残基，则返回 1。

残基的 id 是 (hetero flag, sequence identifier, insertion code)。

如果 id 是整数，则由 _translate_id 方法将其转换为 (” “, id, “ “)。

参数

• id - (字符串, 整数, 字符串) 或整数

get_residues()

返回残基。

get_atoms()

返回来自残基的原子。

atom_to_internal_coordinates(verbose: bool = False) → None

从 Atom X,Y,Z 坐标创建/更新内部坐标。

内部坐标是键长、角度和二面角。

参数:

bool (verbose) – 默认 False 描述运行时问题

internal_to_atom_coordinates(verbose: bool = False, start: int | None = None, fin: int | None = None)

从内部坐标创建/更新原子坐标。

参数:

bool (verbose) – 默认 False 描述运行时问题

参数:

start, fin 整数可选序列位置，用于处理子区域的开始和结束。注意，这将激活串行残基组装，<start> 残基 CA 将位于原点

引发:

Exception – 如果任何链没有 .internal_coord 属性

__orig_bases__ = (Bio.PDB.Entity.Entity[ForwardRef('Model'), ForwardRef('Residue')],)

__parameters__ = ()