Bio.Nexus.Nodes 模块

用于 Bio.Nexus 的链接列表功能。

提供链接列表的功能。每个节点有一个（或没有）前驱节点，以及任意数量的后继节点。节点可以在 NodeData 类中存储任意数据。

Nexus.Trees 的子类用于存储系统发育树。

错误报告发送至 Frank Kauff (fkauff@biologie.uni-kl.de)

exception Bio.Nexus.Nodes.ChainException

继承自: Exception

用于管理链异常。

exception Bio.Nexus.Nodes.NodeException

继承自: Exception

用于管理节点异常。

class Bio.Nexus.Nodes.Chain

继承自: object

存储相互链接的节点列表。

__init__() → None

初始化节点链。

all_ids() → list[int]

返回所有节点 ID 的列表。

add(node: Node, prev: int | None = None) → int

将节点附加到另一个节点。

collapse(id)

从链中删除节点，并将后继节点重新链接到前驱节点。

kill(id)

从链中删除节点，而不关心它连接到什么。

unlink(id)

断开节点与其前驱节点的连接。

link(parent, child)

将子节点连接到父节点。

is_parent_of(parent, grandchild)

检查孙节点是否是父节点的子节点。

trace(start, finish)

返回两个节点之间所有节点 ID 的列表（不包括起点，包括终点）。

class Bio.Nexus.Nodes.Node(data=None)

继承自: object

单个节点。

__init__(data=None)

用一个前驱节点和多个后继节点来表示一个节点。

set_id(id)

设置节点的 ID（如果尚未设置）。

get_id()

返回节点的 ID。

get_succ()

返回节点的后继节点列表。

get_prev()

返回节点前驱节点的 ID。

add_succ(id)

将节点 ID 添加到节点的后继节点列表中。

remove_succ(id)

从节点的后继节点列表中删除节点 ID。

set_succ(new_succ)

设置节点的后继节点。

set_prev(id)

设置节点的前驱节点。

get_data()

返回节点的数据。

set_data(data)

设置节点的数据。