Bio.Nexus.Nexus 模块

Nexus 类。解析 NEXUS 文件的内容。

基于“NEXUS：系统信息的可扩展文件格式” Maddison, Swofford, Maddison. 1997. Syst. Biol. 46(4):590-621

exception Bio.Nexus.Nexus.NexusError

基类：Exception

用于管理 Nexus 异常。

class Bio.Nexus.Nexus.CharBuffer(string)

基类：object

帮助从缓冲区读取 NEXUS 词汇和字符（半私有）。

此类不打算公开使用（不再）。

__init__(string)

初始化类。

peek()

返回缓冲区中的第一个字符。

peek_nonwhitespace()

返回缓冲区中的第一个字符，不包括空格。

__next__()

迭代文件中的 NEXUS 字符。

next_nonwhitespace()

检查 NEXUS 文件中的下一个非空白字符。

skip_whitespace()

跳过 NEXUS 文件中的空白字符。

next_until(target)

迭代 NEXUS 文件，直到遇到目标字符。

peek_word(word)

返回缓冲区中存储的词汇。

next_word()

从字符串返回下一个 NEXUS 词汇。

它处理单引号和双引号、空格和标点符号。

rest()

返回字符串的剩余部分，不进行解析。

class Bio.Nexus.Nexus.StepMatrix(symbols, gap)

基类：object

计算加权简约的步长矩阵。

参见：系统发育分析中的组合权重 - 一个统计简约程序 Wheeler (1990)，Cladistics 6:269-275。

__init__(symbols, gap)

初始化类。

set(x, y, value)

在矩阵位置设置给定值。

add(x, y, value)

将给定值添加到矩阵位置的现有值。

sum()

计算关联，形成关联矩阵。

transformation()

计算变换矩阵。

对关联矩阵的各列进行归一化。

weighting()

计算系统发育权重矩阵。

由变换矩阵的对数变换构建。

smprint(name='your_name_here')

打印步长矩阵。

Bio.Nexus.Nexus.safename(name, mrbayes=False)

根据 NEXUS 标准返回分类单元标识符。

对带有标点符号或空格的名称进行引号包装，并对单引号进行双重引号包装。

mrbayes=True：为 mrbayes 软件包写入不带引号、空格或标点符号的名称。

Bio.Nexus.Nexus.quotestrip(word)

删除标识符周围的引号和/或双引号。

Bio.Nexus.Nexus.get_start_end(sequence, skiplist=('-', '?'))

返回不在 skiplist 中的第一个和最后一个字符的位置。

skiplist 默认值为 [‘-‘,’?’]。

Bio.Nexus.Nexus.combine(matrices)

合并矩阵 [(name,nexus-instance),…] 并返回新的 nexus 实例。

combined_matrix=combine([(name1,nexus_instance1),(name2,nexus_instance2),…] 字符集、字符分区和分类单元集都有前缀、重新调整并存在于合并矩阵中。

class Bio.Nexus.Nexus.Commandline(line, title)

基类：object

将命令行表示为命令和选项。

__init__(line, title)

初始化类。

class Bio.Nexus.Nexus.Block(title=None)

基类：object

表示带有块名称和命令行列表的 NEXUS 块。

__init__(title=None)

初始化类。

class Bio.Nexus.Nexus.Nexus(input=None)

基类：object

创建 Nexus 类，用于管理 Nexus 文件的主要类。

__init__(input=None)

初始化类。

get_original_taxon_order()

为了向后兼容性而包含（已弃用）。

set_original_taxon_order(value)

为了向后兼容性而包含（已弃用）。

property original_taxon_order

为了向后兼容性而包含（已弃用）。

read(input)

读取和解析 NEXUS 输入（文件名、文件句柄或字符串）。

write_nexus_data_partitions(matrix=None, filename=None, blocksize=None, interleave=False, exclude=(), delete=(), charpartition=None, comment='', mrbayes=False)

为 charpartition 中的每个分区写入一个 nexus 文件。

只包括未排除的字符和未删除的分类单元，只写入数据块。

write_nexus_data(filename=None, matrix=None, exclude=(), delete=(), blocksize=None, interleave=False, interleave_by_partition=False, comment=None, omit_NEXUS=False, append_sets=True, mrbayes=False, codons_block=True)

将包含数据和 sets 块的 nexus 文件写入文件或句柄。

默认情况下，字符集和分区会被追加，并且会根据排除的字符进行调整（即字符集仍然指向相同的位点（不一定是相同的位置），而不包括已删除的字符）。

• filename - 可以是作为字符串的文件名（将被打开、写入并关闭），也可以是句柄对象（将被写入但不会被关闭）。

• interleave_by_partition - 可选的分区名称（字符串）

• omit_NEXUS - 布尔值。如果为 True，则通常位于文件开头的“#NEXUS”行会被省略。

返回用于写入数据的文件名/句柄。

append_sets(exclude=(), delete=(), mrbayes=False, include_codons=True, codons_only=False)

返回一个 sets 块。

export_fasta(filename=None, width=70)

将矩阵写入 fasta 文件。

export_phylip(filename=None)

将矩阵写入 PHYLIP 文件。

注意，这会写入一个宽松的 PHYLIP 格式文件，其中名称不会被截断，也不会被检查是否有无效字符。

constant(matrix=None, delete=(), exclude=())

返回一个包含所有恒定字符的列表。

cstatus(site, delete=(), narrow=True)

总结字符。

narrow=True: paup-mode (a c ? –> ac; ? ? ? –> ?) narrow=false: (a c ? –> a c g t -; ? ? ? –> a c g t -)

weighted_stepmatrix(name='your_name_here', exclude=(), delete=())

计算加权简约的步长矩阵。

参见 Wheeler (1990)，Cladistics 6:269-275 和 Felsenstein (1981)，Biol. J. Linn. Soc. 16:183-196

crop_matrix(matrix=None, delete=(), exclude=())

返回一个不包含已删除分类单元和排除字符的矩阵。

bootstrap(matrix=None, delete=(), exclude=())

返回一个自举矩阵。

add_sequence(name, sequence)

将一个序列（字符串）添加到矩阵中。

insert_gap(pos, n=1, leftgreedy=False)

在矩阵中添加一个间隙，并调整字符集和分区。

pos=0: 第一个位置 pos=nchar: 最后一个位置

invert(charlist)

返回 charlist 中不存在的所有字符索引。

gaponly(include_missing=False)

返回仅间隙的位点。

terminal_gap_to_missing(missing=None, skip_n=True)

将所有末端间隙替换为缺失字符。

像 ???——??——- 这样的混合物将被正确解析。