Bio.NMR.xpktools 模块

用于操作 nmrview .xpk 峰列表文件的工具。

class Bio.NMR.xpktools.XpkEntry(entry, headline)

基类：object

提供对 nmrview .xpk 文件中单个条目的字典访问。

此类适用于处理来自 nmrview .xpk 文件的非标题数据的单行。此类提供方法用于根据峰列表标题最后一行的字段名称提取数据。此类提供方法用于根据峰列表标题最后一行的字段名称提取数据。

参数：:

xpkentrystr

来自 nmrview .xpk 文件的行。

xpkheadlinestr

来自标题文件的行，它给出了条目的名称。这通常是标题文件的第六行，从 1 开始计数。

属性：:

fieldsdict

字段字典，其中键是标题行中的字段名称，值是条目。变量可以通过它们在标题行中的名称访问，例如 self.field[“H1.P”] 将返回 H1.P 条目。self.field[“entrynum”] 返回行号（行的第一个字段）

__init__(entry, headline)

初始化类。

class Bio.NMR.xpktools.Peaklist(infn)

基类：object

提供对 nmrview xpk 文件的标题行和数据的访问。

标题文件行和文件数据作为属性可用。

参数：:

infnstr

输入 nmrview 文件名。

示例

>>> from Bio.NMR.xpktools import Peaklist
>>> peaklist = Peaklist('../Doc/examples/nmr/noed.xpk')
>>> peaklist.firstline
'label dataset sw sf '
>>> peaklist.dataset
'test.nv'
>>> peaklist.sf
'{599.8230 } { 60.7860 } { 60.7860 }'
>>> peaklist.datalabels
' H1.L  H1.P  H1.W  H1.B  H1.E  H1.J  15N2.L  15N2.P  15N2.W  15N2.B  15N2.E  15N2.J  N15.L  N15.P  N15.W  N15.B  N15.E  N15.J  vol  int  stat '

属性：:

firstlinestr

标题中的第一行。

axislabelsstr

轴标签。

datasetstr

数据集的标签。

swstr

sw 坐标。

sfstr

sf 坐标。

datalabelsstr

条目的标签。

datalist

标题行后的文件数据。

__init__(infn)

初始化类。

residue_dict(index)

返回一个字典，其中包含“data”中的行，这些行以残基号或原子核为索引。

原子核应该以与 xpk 标签行中显示的相同形式作为输入参数给出（例如 H1、15N）。

参数：:

indexstr

用于索引数据的原子核。

返回值：:

resdictdict

索引原子核到数据行的映射。

示例

>>> from Bio.NMR.xpktools import Peaklist
>>> peaklist = Peaklist('../Doc/examples/nmr/noed.xpk')
>>> residue_d = peaklist.residue_dict('H1')
>>> sorted(residue_d.keys())
['10', '3', '4', '5', '6', '7', '8', '9', 'maxres', 'minres']
>>> residue_d['10']
['8  10.hn   7.663   0.021   0.010   ++   0.000   10.n   118.341   0.324   0.010   +E   0.000   10.n   118.476   0.324   0.010   +E   0.000  0.49840 0.49840 0']

write_header(outfn)

将来自输入文件的标题行写入处理 outfn。

Bio.NMR.xpktools.replace_entry(line, fieldn, newentry)

通过字段号替换字符串中的条目。

目前没有实现填充。如果原始字段条目和新字段条目的长度不同，间距将发生变化。

Bio.NMR.xpktools.data_table(fn_list, datalabel, keyatom)

从输入 xpk 文件列表生成数据表。

参数：:

fn_listlist

.xpk 文件名列表。

datalabelstr

报告的数据元素。

keyatomstr

用作数据表索引的原子核名称。

返回值：:

outlistlist

以 keyatom 为索引的表格行列表。