Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway 模块

用于表示 KGML Pathway Map 的类。

KGML 定义来自 KGML v0.7.2 版 (http://www.kegg.jp/kegg/xml/docs/)

类

  • Pathway - 指定通路图的图形信息

  • Relation - 指定两种蛋白质或 KO 之间，或蛋白质和化合物之间的关系。在某些情况下，这种关系隐含着方向。

  • Reaction - 底物和产物之间的特定化学反应。

  • Entry - 通路图中的节点

  • Graphics - 描述 Entry 的视觉表示的 Entry 子元素

class Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Pathway

基类：object

表示来自 KEGG 的 KGML 通路。

指定通路图的图形信息，如 KGML v0.7.2 版中所述 (http://www.kegg.jp/kegg/xml/docs/)

属性

  • name - 通路图的 KEGGID

  • org - ko/ec/[org 前缀]

  • number - 地图编号（整数）

  • title - 地图标题

  • image - 通路图像地图的 URL

  • link - 关于通路的 URL

  • entries - 通路中 Entry 的字典，按键节点 ID 索引

  • reactions - 通路中反应的集合

name 属性具有受限的格式，因此我们将其设为属性并强制执行格式化。

Pathway 对象是添加/删除 Entry、Reaction 或 Relation 元素的唯一允许的途径。

Entry 存储在字典中，按键通路图的节点 ID 索引 - 这允许通过 Reaction/Relation 等元素轻松访问。Entry 必须在被任何其他元素引用之前添加。

Reaction 存储在字典中，按键路径的节点 ID 索引。反应中引用的元素必须在反应本身之前添加。

__init__()

初始化类。

get_KGML()

以美化的 KGML 格式返回通路字符串。

add_entry(entry)

向通路添加 Entry 元素。

remove_entry(entry)

从通路中删除 Entry 元素。

add_reaction(reaction)

向通路添加 Reaction 元素。

remove_reaction(reaction)

从通路中删除 Reaction 元素。

add_relation(relation)

向通路添加 Relation 元素。

remove_relation(relation)

从通路中删除 Relation 元素。

__str__()

返回一个可读的摘要描述字符串。

property name

通路图的 KEGGID。

property number

KEGG 地图编号。

property compounds

获取类型为化合物的 Entry 列表。

property maps

获取类型为地图的 Entry 列表。

property orthologs

获取类型为直系同源物的 Entry 列表。

property genes

获取类型为基因的 Entry 列表。

property reactions

获取通路中反应的列表。

property reaction_entries

与通路中每个反应相对应的 Entry 列表。

property relations

获取通路中关系的列表。

property element

将 Pathway 作为有效的 KGML 元素返回。

property bounds

通路中所有 Graphics 元素的坐标边界。

返回通路中所有 Graphics 元素的 [(xmin, ymin), (xmax, ymax)] 坐标

class Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Entry

基类：object

表示来自 KGML 的 Entry。

每个 Entry 元素都是通路图中的一个节点，如 KGML v0.7.2 版中所述 (http://www.kegg.jp/kegg/xml/docs/)

属性

  • id - Entry 在通路图中的 ID（整数）

  • names - Entry 的 KEGG ID 列表

  • type - Entry 的类型

  • link - 关于 Entry 的 URL

  • reaction - 对应反应的 KEGG ID 列表（整数）

  • graphics - 描述 Entry 视觉表示的 Graphics 对象列表

  • components - 此 Entry 的组件节点 ID 列表（‘group’）

  • alt - Entry 的替代名称列表

注意：alt 属性表示 KGML 文件中底物和产物元素的子元素

__init__()

初始化类。

__str__()

返回可读的描述性字符串。

add_component(element)

向 Entry 添加元素。

如果 Entry 已经是通路的一部分，请确保组件已经存在。

remove_component(value)

从组中删除具有传入 ID 的 Entry。

add_graphics(entry)

添加 Graphics Entry。

remove_graphics(entry)

从组中删除具有传入 ID 的 Graphics Entry。

property name

Entry 的 KEGG 标识符列表。

property reaction

此条目反应 KEGG ID 列表。

property id

该条目的通路图节点 ID。

property element

将条目作为有效的 KGML 元素返回。

property bounds

条目中所有图形元素的坐标边界。

返回条目的图形元素的 [(xmin, ymin), (xmax, ymax)] 坐标。

property is_reactant

如果该条目参与其父通路中的任何反应，则返回 True。

class Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Component(parent)

基类：object

用于表示复杂节点的条目子元素。

条目元素的子元素，当条目为复杂节点时使用，如 KGML v0.7.2 版本中所述 (http://www.kegg.jp/kegg/xml/docs/)

该组件充当集合（类型为 'group'，通常具有其自己的图形子元素），只有 ID。

__init__(parent)

初始化类。

property id

该条目的通路图节点 ID

property element

将组件作为有效的 KGML 元素返回。

class Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Graphics(parent)

基类：object

用于表示视觉表示的条目子元素。

条目的子元素，指定其视觉表示，如 KGML v0.7.2 版本中所述 (http://www.kegg.jp/kegg/xml/docs/)

属性

  • name 图形对象的标签

  • x 对象的 X 轴位置（int）

  • y 对象的 Y 轴位置（int）

  • coords 折线坐标，(int, int) 元组列表

  • type 对象形状

  • width 对象宽度（int）

  • height 对象高度（int）

  • fgcolor 对象前景色（十六进制 RGB）

  • bgcolor 对象背景色（十六进制 RGB）

某些属性仅在特定图形类型中存在。例如，线类型通常没有宽度。我们允许非 DTD 属性和属性设置，例如

dash int 列表，描述虚线的开/关模式

__init__(parent)

初始化类。

property x

图形元素的 X 坐标。

property y

图形元素的 Y 坐标。

property width

图形元素的宽度。

property height

图形元素的高度。

property coords

图形元素的折线坐标。

property fgcolor

前景色。

property bgcolor

背景色。

property element

将图形作为有效的 KGML 元素返回。

property bounds

图形元素的坐标边界。

将图形对象的边界作为 [(xmin, ymin), (xmax, ymax)] 元组返回。坐标给出圆形、矩形、圆角矩形元素的中心，因此我们需要根据相关的宽度/高度进行调整。

property centre

将图形对象的中心作为 (x, y) 元组返回。

class Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Reaction

基类：object

具有底物和产物的特定化学反应。

这描述了在一个或多个底物和一个或多个产物之间发生的特定化学反应。

属性

  • id 条目的通路图节点 ID

  • names 来自 REACTION 数据库的 KEGG 标识符列表

  • type 字符串：可逆或不可逆

  • substrate 底物的条目对象

  • product 产物的条目对象

__init__()

初始化类。

__str__()

返回一个信息丰富的易于理解的字符串。

add_substrate(substrate_id)

将由其节点 ID 标识的底物添加到反应中。

add_product(product_id)

将由其节点 ID 标识的产物添加到反应中。

property id

反应的节点 ID。

property name

反应的 KEGG 标识符列表。

property substrates

返回底物条目元素列表。

property products

返回产物条目元素列表。

property entry

返回与该反应相对应的条目。

property reactant_ids

返回底物和产物反应物 ID 列表。

property element

返回描述反应的 KGML 元素。

class Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Relation

基类：object

两个产物、KO 或蛋白质与化合物之间的关系。

这描述了两个产物、KO 或蛋白质与化合物之间的关系，如 KGML v0.7.2 版本中所述 (http://www.kegg.jp/kegg/xml/docs/)

属性

  • entry1 - 定义关系的第一个条目对象节点 ID（int）

  • entry2 - 定义关系的第二个条目对象节点 ID（int）

  • type - 关系类型

  • subtypes - 关系的子类型列表，作为 (name, value) 元组列表

__init__()

初始化类。

__str__()

返回一个有用的易于理解的字符串。

property entry1

关系的 Entry1。

property entry2

关系的 Entry2。

property element

返回描述关系的 KGML 元素。