Bio.KEGG.KGML.KGML_parser 模块

用于解析 KGML 通路图的类和函数。

KGML 通路图被解析成在这个模块的 KGML_Pathway.py 中定义的对象结构。

类

• KGMLParser - 解析 KGML 文件

函数

• read - 使用 KGMLParser 内部返回单个 Pathway 对象

Bio.KEGG.KGML.KGML_parser.read(handle)

从给定的文件句柄中解析单个 KEGG 通路。

返回单个 Pathway 对象。每个文件中应该只有一个通路，但可能存在病态的例子。

Bio.KEGG.KGML.KGML_parser.parse(handle)

返回 Pathway 元素的迭代器。

参数

• handle - 用于解析的 KGML 文件的句柄，或 KGML 字符串

这是一个用于返回多个 Pathway 对象的生成器。

class Bio.KEGG.KGML.KGML_parser.KGMLParser(elem)

基类： object

将 KGML XML 通路条目解析成 Pathway 对象。

示例：读取和解析大型代谢文件

>>> from Bio.KEGG.KGML.KGML_parser import read
>>> pathway = read(open('KEGG/ko01100.xml', 'r'))
>>> print(len(pathway.entries))
3628
>>> print(len(pathway.reactions))
1672
>>> print(len(pathway.maps))
149

>>> pathway = read(open('KEGG/ko00010.xml', 'r'))
>>> print(pathway) 
Pathway: Glycolysis / Gluconeogenesis
KEGG ID: path:ko00010
Image file: http://www.kegg.jp/kegg/pathway/ko/ko00010.png
Organism: ko
Entries: 99
Entry types:
    ortholog: 61
    compound: 31
    map: 7

__init__(elem)

初始化类。

parse()

解析输入元素。