Bio.Blast.NCBIWWW 模块

通过互联网调用 NCBI BLAST 服务器的代码。

此模块提供用于处理 NCBI 提供的 BLAST WWW 版本的代码。 https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/

变量

  • email 设置 Blast 邮件参数（默认值为 None）。

  • tool 设置 Blast 工具参数（默认值为 biopython）。

Bio.Blast.NCBIWWW.qblast(program, database, sequence, url_base=NCBI_BLAST_URL, auto_format=None, composition_based_statistics=None, db_genetic_code=None, endpoints=None, entrez_query='(none)', expect=10.0, filter=None, gapcosts=None, genetic_code=None, hitlist_size=50, i_thresh=None, layout=None, lcase_mask=None, matrix_name=None, nucl_penalty=None, nucl_reward=None, other_advanced=None, perc_ident=None, phi_pattern=None, query_file=None, query_believe_defline=None, query_from=None, query_to=None, searchsp_eff=None, service=None, threshold=None, ungapped_alignment=None, word_size=None, short_query=None, alignments=500, alignment_view=None, descriptions=500, entrez_links_new_window=None, expect_low=None, expect_high=None, format_entrez_query=None, format_object=None, format_type='XML', ncbi_gi=None, results_file=None, show_overview=None, megablast=None, template_type=None, template_length=None, username='blast', password=None)

使用 NCBI 的 QBLAST 服务器或云服务提供商进行 BLAST 搜索。

支持旧 qblast API 中用于 Put 和 Get 的所有参数。

请注意，NCBI 现在使用新的通用 URL API 进行互联网上的 BLAST 搜索 (http://ncbi.github.io/blast-cloud/dev/api.html)。因此，此函数使用的一些参数不再被 NCBI 正式支持（或不再被支持）。虽然它们仍然有效，但将来可能会发生变化。

通用 URL API (http://ncbi.github.io/blast-cloud/dev/api.html) 允许在云服务器上进行 BLAST 搜索。要使用此功能，请设置 url_base='http://host.my.cloud.service.provider.com/cgi-bin/blast.cgi' 和 format_object='Alignment'。有关更多详细信息，请参阅 https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastDocs&DOC_TYPE=CloudBlast

一些有用的参数

  • program blastn, blastp, blastx, tblastn 或 tblastx（小写）

  • database 要搜索的数据库（例如“nr”）。

  • sequence 要搜索的序列。

  • ncbi_gi TRUE/FALSE 是否要给出“gi”标识符。

  • descriptions 要显示的描述数量。默认值为 500。

  • alignments 要显示的对齐方式数量。默认值为 500。

  • expect 期望值截止值。默认值为 10.0。

  • matrix_name 指定替代矩阵（PAM30、PAM70、BLOSUM80、BLOSUM45）。

  • filter “none” 关闭过滤。默认情况下不进行过滤

  • format_type “HTML”、“Text”、“ASN.1”或“XML”。默认值为“XML”。

  • entrez_query Entrez 查询以限制 Blast 搜索

  • hitlist_size 要返回的命中数量。默认值为 50

  • megablast TRUE/FALSE 是否要使用 MEga BLAST 算法（仅 blastn）

  • short_query TRUE/FALSE 是否要调整短查询序列的搜索参数。

    请注意，这将覆盖手动设置的参数，如字长和 e 值。当序列长度大于 30 个残基时，它将关闭。默认值：None。

  • service plain、psi、phi、rpsblast、megablast（小写）

此函数不检查参数的有效性，并将值原样传递给服务器。更多帮助信息可在以下网址找到：https://ncbi.github.io/blast-cloud/dev/api.html