Bio.Blast.Applications 模块

与 BLAST 相关应用程序交互的定义（已弃用）。

用于新的 NCBI BLAST+ 工具（用 C++ 编写）的包装器

NcbiblastpCommandline - 蛋白质-蛋白质 BLAST

NcbiblastnCommandline - 核苷酸-核苷酸 BLAST

NcbiblastxCommandline - 翻译查询-蛋白质主体 BLAST

NcbitblastnCommandline - 蛋白质查询-翻译主体 BLAST

NcbitblastxCommandline - 翻译查询-蛋白质主体 BLAST

NcbipsiblastCommandline - 位置特异性启动 BLAST

NcbirpsblastCommandline - 反向位置特异性 BLAST

NcbirpstblastnCommandline - 翻译反向位置特异性 BLAST

NcbideltablastCommandline - 蛋白质-蛋白质域增强查找时间加速 blast

NcbiblastformatterCommandline - 将 ASN.1 转换为其他 BLAST 输出格式

NcbimakeblastdbCommandline - 用于创建 BLAST 数据库的应用程序

更多详细信息，请参阅

Camacho 等。 BLAST+: 架构和应用 BMC 生物信息学 2009, 10:421 https://doi.org/10.1186/1471-2105-10-421

我们已决定在将来删除此模块，并建议您构建您的命令并通过 subprocess 模块直接调用它。

class Bio.Blast.Applications.NcbiblastpCommandline(cmd='blastp', **kwargs)

基类：_NcbiblastMain2SeqCommandline

为 NCBI BLAST+ 程序 blastp（用于蛋白质）创建一个命令行。

随着 BLAST+（用 C++ 而不是 C 重写的 BLAST）的发布，NCBI 用针对每种搜索的单独工具替换了旧的 blastall 工具。因此，此包装器用选项 -p blastp 替换了 BlastallCommandline。

>>> from Bio.Blast.Applications import NcbiblastpCommandline
>>> cline = NcbiblastpCommandline(query="rosemary.pro", db="nr",
...                               evalue=0.001, remote=True, ungapped=True)
>>> cline
NcbiblastpCommandline(cmd='blastp', query='rosemary.pro', db='nr', evalue=0.001, remote=True, ungapped=True)
>>> print(cline)
blastp -query rosemary.pro -db nr -evalue 0.001 -remote -ungapped

您通常会使用 cline() 或通过 Python subprocess 模块运行命令行，如 Biopython 教程中所述。

__init__(cmd='blastp', **kwargs): 初始化类。

property best_hit_overhang

最佳命中算法悬垂值（浮点数，推荐值：0.1）

介于 0.0 到 0.5 之间的浮点数（含）。与：culling_limit 不兼容。

这将控制添加 -best_hit_overhang 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property best_hit_score_edge

最佳命中算法得分边缘值（浮点数）。

介于 0.0 到 0.5 之间的浮点数（含）。推荐值：0.1

与：culling_limit 不兼容。

这将控制添加 -best_hit_score_edge 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property comp_based_stats

使用基于组成的统计信息（字符串，默认值为 2，即 True）。

0、F 或 f：不使用基于组成的统计信息

2、T 或 t、D 或 d：生物信息学 21:902-911, 2005 中的基于组成的得分调整，以序列属性为条件

请注意，tblastn 还支持值为 1 和 3。

这将控制添加 -comp_based_stats 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property culling_limit

命中剔除限制（整数）。

如果命中的查询范围至少被这么多更高得分的命中所覆盖，则删除该命中。

与：best_hit_overhang、best_hit_score_edge 不兼容。

这将控制添加 -culling_limit 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property db

要 BLAST 的数据库。

这将控制添加 -db 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property db_hard_mask

用于硬屏蔽的过滤算法（整数）。

要应用于 BLAST 数据库作为硬屏蔽的过滤算法 ID。与：db_soft_mask、subject、subject_loc 不兼容

这将控制添加 -db_hard_mask 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property db_soft_mask

用于软屏蔽的过滤算法（整数）。

要应用于 BLAST 数据库作为软屏蔽的过滤算法 ID。与：db_hard_mask、subject、subject_loc 不兼容

这将控制添加 -db_soft_mask 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property dbsize

数据库的有效长度（整数）。

这将控制添加 -dbsize 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property entrez_query

使用给定的 Entrez 查询限制搜索（需要远程）。

这将控制添加 -entrez_query 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property evalue

期望值截止值。

这将控制添加 -evalue 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property export_search_strategy

用于记录所用搜索策略的文件名。

与：import_search_strategy 不兼容

这将控制添加 -export_search_strategy 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property gapextend

扩展间隙的成本（整数）。

这将控制添加 -gapextend 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property gapopen

打开间隙的成本（整数）。

这将控制添加 -gapopen 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property gilist

将数据库搜索限制为 GI 列表。

与：negative_gilist、seqidlist、negative_seqidlist、remote、subject、subject_loc 不兼容

这将控制添加 -gilist 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property h

打印 USAGE 和 DESCRIPTION；忽略其他参数。

此属性控制添加 -h 开关，将此属性视为布尔值。

property help

打印 USAGE、DESCRIPTION 和 ARGUMENTS 说明；忽略其他参数。

此属性控制添加 -help 开关，将此属性视为布尔值。

property html

生成 HTML 输出？另请参阅 outfmt 选项。

此属性控制添加 -html 开关，将此属性视为布尔值。

property import_search_strategy

要使用的搜索策略。

与：export_search_strategy 不兼容

这将控制添加 -import_search_strategy 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property lcase_masking

是否在查询和目标序列中使用小写字母过滤？

此属性控制添加 -lcase_masking 开关，将其视为布尔值。

property line_length

用于格式化比对的行长度（整数，至少为 1，默认值为 60）。

对于 outfmt > 4 不适用。在 BLAST+ 2.2.30 中添加。

这控制添加 -line_length 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property matrix

评分矩阵名称（默认值为 BLOSUM62）。

这控制添加 -matrix 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property max_hsps

设置每个目标序列保存的 HSP 数量上限。

默认值为 0，表示没有限制。

这控制添加 -max_hsps 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property max_hsps_per_subject

覆盖每个目标序列保存的 HSP 数量上限，用于无间隙搜索（整数）。

这控制添加 -max_hsps_per_subject 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property max_target_seqs

要保留的对齐序列的最大数量（整数，至少为一个）。

这控制添加 -max_target_seqs 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property negative_gilist

将数据库搜索限制为除列出的 GI 之外的所有内容。

与以下选项不兼容：gilist、seqidlist、remote、subject、subject_loc

这控制添加 -negative_gilist 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property negative_seqidlist

将数据库搜索限制为除列出的 SeqID 之外的所有内容。

与以下选项不兼容：gilist、seqidlist、remote、subject、subject_loc

这控制添加 -negative_seqidlist 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property num_alignments

要显示 num_alignments 的数据库序列数量。

整数参数（至少为零）。默认值为 200。另请参见 num_alignments。

这控制添加 -num_alignments 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property num_descriptions

要显示单行描述的数据库序列数量。

整数参数（至少为零）。默认值为 500。另请参见 num_alignments。

这控制添加 -num_descriptions 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property num_threads

在 BLAST 搜索中使用的线程数。

整数，至少为一个。默认值为一个。与以下选项不兼容：remote

这控制添加 -num_threads 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property out

比对的输出文件。

这控制添加 -out 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property outfmt

比对视图。通常为整数 0-14，但对于某些格式，可以命名列，例如“6 qseqid sseqid”。对于 XML 输出，使用 5（与经典 BLAST 不同，经典 BLAST 使用 7 表示 XML）。

这控制添加 -outfmt 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property parse_deflines

是否应该解析查询和目标 defline(s)？

此属性控制添加 -parse_deflines 开关，将其视为布尔值。

property qcov_hsp_perc

每个 hsp 的查询覆盖率百分比（浮点数，0 到 100）。

在 BLAST+ 2.2.30 中添加。

这控制添加 -qcov_hsp_perc 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property query

要搜索的序列。

这控制添加 -query 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property query_loc

查询序列上的位置（格式：start-stop）。

这控制添加 -query_loc 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property remote

是否远程执行搜索？

与以下选项不兼容：gilist、negative_gilist、subject_loc、num_threads、…

此属性控制添加 -remote 开关，将其视为布尔值。

property searchsp

搜索空间的有效长度（整数）。

这控制添加 -searchsp 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property seg

使用 SEG 过滤查询序列（字符串）。

格式：“yes”、“window locut hicut”或“no”以禁用默认值为“12 2.2 2.5”

这控制添加 -seg 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property seqidlist

将数据库搜索限制为 SeqID 列表。

与以下选项不兼容：gilist、negative_gilist、remote、subject、subject_loc

这控制添加 -seqidlist 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property show_gis

是否在 deflines 中显示 NCBI GI？

此属性控制添加 -show_gis 开关，将其视为布尔值。

property soft_masking

是否将过滤位置应用为软掩码（布尔值，默认值为 true）。

这控制添加 -soft_masking 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property subject

要搜索的目标序列(s)。

与以下选项不兼容：db、gilist、seqidlist、negative_gilist、negative_seqidlist、db_soft_mask、db_hard_mask

另请参见 subject_loc。

这控制添加 -subject 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property subject_loc

目标序列上的位置（格式：start-stop）。

与以下选项不兼容：db、gilist、seqidlist、negative_gilist、negative_seqidlist、db_soft_mask、db_hard_mask、remote。

另请参见 subject。

这控制添加 -subject_loc 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property sum_statistics

是否使用总计统计信息。

此属性控制添加 -sum_statistics 开关，将其视为布尔值。

property sum_stats

是否使用总计统计信息（布尔值）。

在 BLAST+ 2.2.30 中添加。

这控制添加 -sum_stats 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property task

要执行的任务（字符串，blastp（默认）、blastp-fast 或 blastp-short）。

这控制添加 -task 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property threshold

将词添加到 BLAST 查找表中的最小得分（浮点数）。

这控制添加 -threshold 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property ungapped

是否仅执行无间隙比对？

此属性控制添加 -ungapped 开关，将其视为布尔值。

property use_sw_tback

是否计算局部最优 Smith-Waterman 比对？

此属性控制是否添加 -use_sw_tback 开关，将此属性视为布尔值。

property version

打印版本号；忽略其他参数。

此属性控制是否添加 -version 开关，将此属性视为布尔值。

property window_size

多重命中窗口大小，使用 0 指定 1-命中算法（整数）。

此属性控制是否添加 -window_size 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property word_size

单词查找算法的单词大小。

整数。最小值 2。

此属性控制是否添加 -word_size 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property xdrop_gap

初步间隙扩展的 X-dropoff 值（以位表示）（浮点数）。

此属性控制是否添加 -xdrop_gap 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property xdrop_gap_final

最终间隙比对的 X-dropoff 值（以位表示）（浮点数）。

此属性控制是否添加 -xdrop_gap_final 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property xdrop_ungap

无间隙扩展的 X-dropoff 值（以位表示）（浮点数）。

此属性控制是否添加 -xdrop_ungap 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

class Bio.Blast.Applications.NcbiblastnCommandline(cmd='blastn', **kwargs)

基类：_NcbiblastMain2SeqCommandline

NCBI BLAST+ 程序 blastn（用于核苷酸）的包装器。

随着 BLAST+（用 C++ 而不是 C 重写的 BLAST）的发布，NCBI 用针对每种搜索的单独工具替换了旧的 blastall 工具。因此，此包装器用选项 -p blastn 替换了 BlastallCommandline。

例如，要使用 FASTA 核苷酸文件“m_code.fasta”作为查询，针对“nt”核苷酸数据库运行搜索，期望值截止值为 0.001，将输出保存到 XML 格式的文件中

>>> from Bio.Blast.Applications import NcbiblastnCommandline
>>> cline = NcbiblastnCommandline(query="m_cold.fasta", db="nt", strand="plus",
...                               evalue=0.001, out="m_cold.xml", outfmt=5)
>>> cline
NcbiblastnCommandline(cmd='blastn', out='m_cold.xml', outfmt=5, query='m_cold.fasta', db='nt', evalue=0.001, strand='plus')
>>> print(cline)
blastn -out m_cold.xml -outfmt 5 -query m_cold.fasta -db nt -evalue 0.001 -strand plus

您通常会使用 cline() 或通过 Python subprocess 模块运行命令行，如 Biopython 教程中所述。

__init__(cmd='blastn', **kwargs): 初始化类。

property best_hit_overhang

最佳命中算法悬垂值（浮点数，推荐值：0.1）

介于 0.0 到 0.5 之间的浮点数（含）。与：culling_limit 不兼容。

这将控制添加 -best_hit_overhang 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property best_hit_score_edge

最佳命中算法得分边缘值（浮点数）。

介于 0.0 到 0.5 之间的浮点数（含）。推荐值：0.1

与：culling_limit 不兼容。

这将控制添加 -best_hit_score_edge 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property culling_limit

命中剔除限制（整数）。

如果命中的查询范围至少被这么多更高得分的命中所覆盖，则删除该命中。

与：best_hit_overhang、best_hit_score_edge 不兼容。

这将控制添加 -culling_limit 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property db

要 BLAST 的数据库。

这将控制添加 -db 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property db_hard_mask

用于硬屏蔽的过滤算法（整数）。

要应用于 BLAST 数据库作为硬屏蔽的过滤算法 ID。与：db_soft_mask、subject、subject_loc 不兼容

这将控制添加 -db_hard_mask 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property db_soft_mask

用于软屏蔽的过滤算法（整数）。

要应用于 BLAST 数据库作为软屏蔽的过滤算法 ID。与：db_hard_mask、subject、subject_loc 不兼容

这将控制添加 -db_soft_mask 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property dbsize

数据库的有效长度（整数）。

这将控制添加 -dbsize 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property dust

使用 DUST 过滤查询序列（字符串）。

格式：‘yes’、‘level window linker’ 或 ‘no’ 以禁用。

默认值 = ‘20 64 1’。

此属性控制是否添加 -dust 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property entrez_query

使用给定的 Entrez 查询限制搜索（需要远程）。

这将控制添加 -entrez_query 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property evalue

期望值截止值。

这将控制添加 -evalue 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property export_search_strategy

用于记录所用搜索策略的文件名。

与：import_search_strategy 不兼容

这将控制添加 -export_search_strategy 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property filtering_db

包含过滤元素（即重复序列）的 BLAST 数据库。

此属性控制是否添加 -filtering_db 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property gapextend

扩展间隙的成本（整数）。

这将控制添加 -gapextend 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property gapopen

打开间隙的成本（整数）。

这将控制添加 -gapopen 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property gilist

将数据库搜索限制为 GI 列表。

与：negative_gilist、seqidlist、negative_seqidlist、remote、subject、subject_loc 不兼容

这将控制添加 -gilist 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property h

打印 USAGE 和 DESCRIPTION；忽略其他参数。

此属性控制添加 -h 开关，将此属性视为布尔值。

property help

打印 USAGE、DESCRIPTION 和 ARGUMENTS 说明；忽略其他参数。

此属性控制添加 -help 开关，将此属性视为布尔值。

property html

生成 HTML 输出？另请参阅 outfmt 选项。

此属性控制添加 -html 开关，将此属性视为布尔值。

property import_search_strategy

要使用的搜索策略。

与：export_search_strategy 不兼容

这将控制添加 -import_search_strategy 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property index_name

MegaBLAST 数据库索引名称。

此属性控制是否添加 -index_name 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property lcase_masking

是否在查询和目标序列中使用小写字母过滤？

此属性控制添加 -lcase_masking 开关，将其视为布尔值。

property line_length

用于格式化比对的行长度（整数，至少为 1，默认值为 60）。

对于 outfmt > 4 不适用。在 BLAST+ 2.2.30 中添加。

这控制添加 -line_length 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property max_hsps

设置每个目标序列保存的 HSP 数量上限。

默认值为 0，表示没有限制。

这控制添加 -max_hsps 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property max_hsps_per_subject

覆盖每个目标序列保存的 HSP 数量上限，用于无间隙搜索（整数）。

这控制添加 -max_hsps_per_subject 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property max_target_seqs

要保留的对齐序列的最大数量（整数，至少为一个）。

这控制添加 -max_target_seqs 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property min_raw_gapped_score

在初步间隙和回溯阶段保留比对的最小原始间隙得分（整数）。

此属性控制是否添加 -min_raw_gapped_score 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property negative_gilist

将数据库搜索限制为除列出的 GI 之外的所有内容。

与以下选项不兼容：gilist、seqidlist、remote、subject、subject_loc

这控制添加 -negative_gilist 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property negative_seqidlist

将数据库搜索限制为除列出的 SeqID 之外的所有内容。

与以下选项不兼容：gilist、seqidlist、remote、subject、subject_loc

这控制添加 -negative_seqidlist 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property no_greedy

使用非贪婪动态编程扩展

此属性控制是否添加 -no_greedy 开关，将此属性视为布尔值。

property num_alignments

要显示 num_alignments 的数据库序列数量。

整数参数（至少为零）。默认值为 200。另请参见 num_alignments。

这控制添加 -num_alignments 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property num_descriptions

要显示单行描述的数据库序列数量。

整数参数（至少为零）。默认值为 500。另请参见 num_alignments。

这控制添加 -num_descriptions 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property num_threads

在 BLAST 搜索中使用的线程数。

整数，至少为一个。默认值为一个。与以下选项不兼容：remote

这控制添加 -num_threads 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property off_diagonal_range

搜索第二个命中所需的非对角线数量（整数）。

需要一个正整数，或 0（默认）以关闭。在 BLAST 2.2.23+ 中添加。

此属性控制是否添加 -off_diagonal_range 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property out

比对的输出文件。

这控制添加 -out 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property outfmt

比对视图。通常为整数 0-14，但对于某些格式，可以命名列，例如“6 qseqid sseqid”。对于 XML 输出，使用 5（与经典 BLAST 不同，经典 BLAST 使用 7 表示 XML）。

这控制添加 -outfmt 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property parse_deflines

是否应该解析查询和目标 defline(s)？

此属性控制添加 -parse_deflines 开关，将其视为布尔值。

property penalty

核苷酸错配的惩罚（整数，最多为零）。

这控制着 -penalty 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property perc_identity

百分比标识（实数，0 到 100 包含）。

这控制着 -perc_identity 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property qcov_hsp_perc

每个 hsp 的查询覆盖率百分比（浮点数，0 到 100）。

在 BLAST+ 2.2.30 中添加。

这控制添加 -qcov_hsp_perc 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property query

要搜索的序列。

这控制添加 -query 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property query_loc

查询序列上的位置（格式：start-stop）。

这控制添加 -query_loc 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property remote

是否远程执行搜索？

与以下选项不兼容：gilist、negative_gilist、subject_loc、num_threads、…

此属性控制添加 -remote 开关，将其视为布尔值。

property reward

核苷酸匹配的奖励（整数，至少为零）。

这控制着 -reward 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property searchsp

搜索空间的有效长度（整数）。

这控制添加 -searchsp 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property seqidlist

将数据库搜索限制为 SeqID 列表。

与以下选项不兼容：gilist、negative_gilist、remote、subject、subject_loc

这控制添加 -seqidlist 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property show_gis

是否在 deflines 中显示 NCBI GI？

此属性控制添加 -show_gis 开关，将其视为布尔值。

property soft_masking

是否将过滤位置应用为软掩码（布尔值，默认值为 true）。

这控制添加 -soft_masking 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property strand

要搜索数据库/主题的查询链(s)。

允许的值为“both”（默认）、“minus”、“plus”。

这控制着 -strand 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property subject

要搜索的目标序列(s)。

与以下选项不兼容：db、gilist、seqidlist、negative_gilist、negative_seqidlist、db_soft_mask、db_hard_mask

另请参见 subject_loc。

这控制添加 -subject 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property subject_loc

目标序列上的位置（格式：start-stop）。

与以下选项不兼容：db、gilist、seqidlist、negative_gilist、negative_seqidlist、db_soft_mask、db_hard_mask、remote。

另请参见 subject。

这控制添加 -subject_loc 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property sum_statistics

是否使用总计统计信息。

此属性控制添加 -sum_statistics 开关，将其视为布尔值。

property sum_stats

是否使用总计统计信息（布尔值）。

在 BLAST+ 2.2.30 中添加。

这控制添加 -sum_stats 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property task

要执行的任务（字符串，默认值为“megablast”）。

允许的值为“blastn”、“blastn-short”、“dc-megablast”、“megablast”（默认）或“vecscreen”。

这控制添加 -task 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property template_length

不连续 MegaBLAST 模板长度（整数）。

允许的值：16、18、21。

要求：template_type。

这控制着 -template_length 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property template_type

不连续 MegaBLAST 模板类型（字符串）。

允许的值为：“coding”、“coding_and_optimal”或“optimal”。要求：template_length。

这控制着 -template_type 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property ungapped

是否仅执行无间隙比对？

此属性控制添加 -ungapped 开关，将其视为布尔值。

property use_index

使用 MegaBLAST 数据库索引（布尔值，默认值为 False）。

这控制着 -use_index 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property version

打印版本号；忽略其他参数。

此属性控制是否添加 -version 开关，将此属性视为布尔值。

property window_masker_db

使用此重复数据库启用 WindowMasker 过滤（字符串）。

这控制着 -window_masker_db 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property window_masker_taxid

使用分类 ID 启用 WindowMasker 过滤（整数）。

这控制着 -window_masker_taxid 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property window_size

多重命中窗口大小，使用 0 指定 1-命中算法（整数）。

此属性控制是否添加 -window_size 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property word_size

单词查找算法的单词大小。

整数。最小值 2。

此属性控制是否添加 -word_size 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property xdrop_gap

初步间隙扩展的 X-dropoff 值（以位表示）（浮点数）。

此属性控制是否添加 -xdrop_gap 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property xdrop_gap_final

最终间隙比对的 X-dropoff 值（以位表示）（浮点数）。

此属性控制是否添加 -xdrop_gap_final 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property xdrop_ungap

无间隙扩展的 X-dropoff 值（以位表示）（浮点数）。

此属性控制是否添加 -xdrop_ungap 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

class Bio.Blast.Applications.NcbiblastxCommandline(cmd='blastx', **kwargs)

基类：_NcbiblastMain2SeqCommandline

NCBI BLAST+ 程序 blastx 的包装器（核苷酸查询，蛋白质数据库）。

随着 BLAST+（用 C++ 而不是 C 重写的 BLAST）的发布，NCBI 用单独的工具替换了旧的 blastall 工具，用于执行每种搜索。因此，此包装器用选项 -p blastx 替换 BlastallCommandline。

>>> from Bio.Blast.Applications import NcbiblastxCommandline
>>> cline = NcbiblastxCommandline(query="m_cold.fasta", db="nr", evalue=0.001)
>>> cline
NcbiblastxCommandline(cmd='blastx', query='m_cold.fasta', db='nr', evalue=0.001)
>>> print(cline)
blastx -query m_cold.fasta -db nr -evalue 0.001

您通常会使用 cline() 或通过 Python subprocess 模块运行命令行，如 Biopython 教程中所述。

__init__(cmd='blastx', **kwargs): 初始化类。

property best_hit_overhang

最佳命中算法悬垂值（浮点数，推荐值：0.1）

介于 0.0 到 0.5 之间的浮点数（含）。与：culling_limit 不兼容。

这将控制添加 -best_hit_overhang 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property best_hit_score_edge

最佳命中算法得分边缘值（浮点数）。

介于 0.0 到 0.5 之间的浮点数（含）。推荐值：0.1

与：culling_limit 不兼容。

这将控制添加 -best_hit_score_edge 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property comp_based_stats

对 blastp、blastx 或 tblastn 使用基于组成的统计信息。

D 或 d：默认（等效于 2）。

0 或 F 或 f：不使用基于组成的统计信息。

1：基于组成的统计信息，如 NAR 29:2994-3005, 2001 中所述。

2 或 T 或 t：基于组成的分数调整，如 Bioinformatics 21:902-911, 2005 中所述，根据序列属性进行条件调整。

3：基于组成的分数调整，如 Bioinformatics 21:902-911, 2005 中所述，无条件调整。

对于除 tblastn 之外的程序，必须不存在或为 D、F 或 0。

默认值为 2。

这将控制添加 -comp_based_stats 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property culling_limit

命中剔除限制（整数）。

如果命中的查询范围至少被这么多更高得分的命中所覆盖，则删除该命中。

与：best_hit_overhang、best_hit_score_edge 不兼容。

这将控制添加 -culling_limit 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property db

要 BLAST 的数据库。

这将控制添加 -db 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property db_hard_mask

用于硬屏蔽的过滤算法（整数）。

要应用于 BLAST 数据库作为硬屏蔽的过滤算法 ID。与：db_soft_mask、subject、subject_loc 不兼容

这将控制添加 -db_hard_mask 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property db_soft_mask

用于软屏蔽的过滤算法（整数）。

要应用于 BLAST 数据库作为软屏蔽的过滤算法 ID。与：db_hard_mask、subject、subject_loc 不兼容

这将控制添加 -db_soft_mask 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property dbsize

数据库的有效长度（整数）。

这将控制添加 -dbsize 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property entrez_query

使用给定的 Entrez 查询限制搜索（需要远程）。

这将控制添加 -entrez_query 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property evalue

期望值截止值。

这将控制添加 -evalue 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property export_search_strategy

用于记录所用搜索策略的文件名。

与：import_search_strategy 不兼容

这将控制添加 -export_search_strategy 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property frame_shift_penalty

帧移位惩罚 (整数，至少为 1，默认忽略) (已过时)。

此功能已在 BLAST 2.2.27+ 中移除。

此选项控制 -frame_shift_penalty 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的參數值。

property gapextend

扩展间隙的成本（整数）。

这将控制添加 -gapextend 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property gapopen

打开间隙的成本（整数）。

这将控制添加 -gapopen 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property gilist

将数据库搜索限制为 GI 列表。

与：negative_gilist、seqidlist、negative_seqidlist、remote、subject、subject_loc 不兼容

这将控制添加 -gilist 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property h

打印 USAGE 和 DESCRIPTION；忽略其他参数。

此属性控制添加 -h 开关，将此属性视为布尔值。

property help

打印 USAGE、DESCRIPTION 和 ARGUMENTS 说明；忽略其他参数。

此属性控制添加 -help 开关，将此属性视为布尔值。

property html

生成 HTML 输出？另请参阅 outfmt 选项。

此属性控制添加 -html 开关，将此属性视为布尔值。

property import_search_strategy

要使用的搜索策略。

与：export_search_strategy 不兼容

这将控制添加 -import_search_strategy 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property lcase_masking

是否在查询和目标序列中使用小写字母过滤？

此属性控制添加 -lcase_masking 开关，将其视为布尔值。

property line_length

用于格式化比对的行长度（整数，至少为 1，默认值为 60）。

对于 outfmt > 4 不适用。在 BLAST+ 2.2.30 中添加。

这控制添加 -line_length 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property matrix

评分矩阵名称（默认值为 BLOSUM62）。

这控制添加 -matrix 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property max_hsps

设置每个目标序列保存的 HSP 数量上限。

默认值为 0，表示没有限制。

这控制添加 -max_hsps 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property max_hsps_per_subject

覆盖每个目标序列保存的 HSP 数量上限，用于无间隙搜索（整数）。

这控制添加 -max_hsps_per_subject 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property max_intron_length

最大内含子长度 (整数)。

在链接多个不同比对时，允许翻译的核苷酸序列中最大的内含子长度 (负值禁用链接)。默认值为零。

此选项控制 -max_intron_length 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的參數值。

property max_target_seqs

要保留的对齐序列的最大数量（整数，至少为一个）。

这控制添加 -max_target_seqs 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property negative_gilist

将数据库搜索限制为除列出的 GI 之外的所有内容。

与以下选项不兼容：gilist、seqidlist、remote、subject、subject_loc

这控制添加 -negative_gilist 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property negative_seqidlist

将数据库搜索限制为除列出的 SeqID 之外的所有内容。

与以下选项不兼容：gilist、seqidlist、remote、subject、subject_loc

这控制添加 -negative_seqidlist 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property num_alignments

要显示 num_alignments 的数据库序列数量。

整数参数（至少为零）。默认值为 200。另请参见 num_alignments。

这控制添加 -num_alignments 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property num_descriptions

要显示单行描述的数据库序列数量。

整数参数（至少为零）。默认值为 500。另请参见 num_alignments。

这控制添加 -num_descriptions 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property num_threads

在 BLAST 搜索中使用的线程数。

整数，至少为一个。默认值为一个。与以下选项不兼容：remote

这控制添加 -num_threads 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property out

比对的输出文件。

这控制添加 -out 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property outfmt

比对视图。通常为整数 0-14，但对于某些格式，可以命名列，例如“6 qseqid sseqid”。对于 XML 输出，使用 5（与经典 BLAST 不同，经典 BLAST 使用 7 表示 XML）。

这控制添加 -outfmt 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property parse_deflines

是否应该解析查询和目标 defline(s)？

此属性控制添加 -parse_deflines 开关，将其视为布尔值。

property qcov_hsp_perc

每个 hsp 的查询覆盖率百分比（浮点数，0 到 100）。

在 BLAST+ 2.2.30 中添加。

这控制添加 -qcov_hsp_perc 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property query

要搜索的序列。

这控制添加 -query 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property query_gencode

用于翻译查询的遗传密码 (整数，默认值为 1)。

此选项控制 -query_gencode 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的參數值。

property query_loc

查询序列上的位置（格式：start-stop）。

这控制添加 -query_loc 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property remote

是否远程执行搜索？

与以下选项不兼容：gilist、negative_gilist、subject_loc、num_threads、…

此属性控制添加 -remote 开关，将其视为布尔值。

property searchsp

搜索空间的有效长度（整数）。

这控制添加 -searchsp 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property seg

使用 SEG 过滤查询序列（字符串）。

格式：“yes”、"window locut hicut" 或 “no” 用于禁用。默认值为 “12 2.2 2.5”。

这控制添加 -seg 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property seqidlist

将数据库搜索限制为 SeqID 列表。

与以下选项不兼容：gilist、negative_gilist、remote、subject、subject_loc

这控制添加 -seqidlist 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property show_gis

是否在 deflines 中显示 NCBI GI？

此属性控制添加 -show_gis 开关，将其视为布尔值。

property soft_masking

是否将过滤位置应用为软掩码（布尔值，默认值为 true）。

这控制添加 -soft_masking 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property strand

要搜索数据库/主题的查询链(s)。

允许的值为“both”（默认）、“minus”、“plus”。

这控制着 -strand 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property subject

要搜索的目标序列(s)。

与以下选项不兼容：db、gilist、seqidlist、negative_gilist、negative_seqidlist、db_soft_mask、db_hard_mask

另请参见 subject_loc。

这控制添加 -subject 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property subject_loc

目标序列上的位置（格式：start-stop）。

与以下选项不兼容：db、gilist、seqidlist、negative_gilist、negative_seqidlist、db_soft_mask、db_hard_mask、remote。

另请参见 subject。

这控制添加 -subject_loc 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property sum_statistics

是否使用总计统计信息。

此属性控制添加 -sum_statistics 开关，将其视为布尔值。

property sum_stats

是否使用总计统计信息（布尔值）。

在 BLAST+ 2.2.30 中添加。

这控制添加 -sum_stats 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property task

要执行的任务 (字符串，blastx (默认) 或 blastx-fast)。

这控制添加 -task 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property threshold

将词添加到 BLAST 查找表中的最小得分（浮点数）。

这控制添加 -threshold 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property ungapped

是否仅执行无间隙比对？

此属性控制添加 -ungapped 开关，将其视为布尔值。

property use_sw_tback

是否计算局部最优 Smith-Waterman 比对？

此属性控制是否添加 -use_sw_tback 开关，将此属性视为布尔值。

property version

打印版本号；忽略其他参数。

此属性控制是否添加 -version 开关，将此属性视为布尔值。

property window_size

多重命中窗口大小，使用 0 指定 1-命中算法（整数）。

此属性控制是否添加 -window_size 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property word_size

单词查找算法的单词大小。

整数。最小值 2。

此属性控制是否添加 -word_size 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property xdrop_gap

初步间隙扩展的 X-dropoff 值（以位表示）（浮点数）。

此属性控制是否添加 -xdrop_gap 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property xdrop_gap_final

最终间隙比对的 X-dropoff 值（以位表示）（浮点数）。

此属性控制是否添加 -xdrop_gap_final 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property xdrop_ungap

无间隙扩展的 X-dropoff 值（以位表示）（浮点数）。

此属性控制是否添加 -xdrop_ungap 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

class Bio.Blast.Applications.NcbitblastnCommandline(cmd='tblastn', **kwargs)

基类：_NcbiblastMain2SeqCommandline

NCBI BLAST+ 程序 tblastn 的包装器。

随着 BLAST+ (用 C++ 重写的 BLAST，而不是 C) 的发布，NCBI 用单独的工具替换了旧的 blastall 工具，用于执行每种搜索。因此，此包装器用选项 -p tblastn 替换 BlastallCommandline。

>>> from Bio.Blast.Applications import NcbitblastnCommandline
>>> cline = NcbitblastnCommandline(help=True)
>>> cline
NcbitblastnCommandline(cmd='tblastn', help=True)
>>> print(cline)
tblastn -help

您通常会使用 cline() 或通过 Python subprocess 模块运行命令行，如 Biopython 教程中所述。

__init__(cmd='tblastn', **kwargs): 初始化类。

property best_hit_overhang

最佳命中算法悬垂值（浮点数，推荐值：0.1）

介于 0.0 到 0.5 之间的浮点数（含）。与：culling_limit 不兼容。

这将控制添加 -best_hit_overhang 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property best_hit_score_edge

最佳命中算法得分边缘值（浮点数）。

介于 0.0 到 0.5 之间的浮点数（含）。推荐值：0.1

与：culling_limit 不兼容。

这将控制添加 -best_hit_score_edge 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property comp_based_stats

使用基于组成的统计信息（字符串，默认值为 2，即 True）。

0、F 或 f：不使用基于组成的统计信息

1：基于组成的统计信息，如 NAR 29:2994-3005, 2001 中所述。

2、T 或 t、D 或 d：生物信息学 21:902-911, 2005 中的基于组成的得分调整，以序列属性为条件

3: 基于成分的评分调整，如 Bioinformatics 21:902-911, 2005, 无条件地

请注意，只有 tblastn 支持 1 和 3 的值。

这将控制添加 -comp_based_stats 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property culling_limit

命中剔除限制（整数）。

如果命中的查询范围至少被这么多更高得分的命中所覆盖，则删除该命中。

与：best_hit_overhang、best_hit_score_edge 不兼容。

这将控制添加 -culling_limit 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property db

要 BLAST 的数据库。

这将控制添加 -db 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property db_gencode

用于翻译查询的遗传密码 (整数，默认值为 1)。

这控制着 -db_gencode 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的參數值。

property db_hard_mask

用于硬屏蔽的过滤算法（整数）。

要应用于 BLAST 数据库作为硬屏蔽的过滤算法 ID。与：db_soft_mask、subject、subject_loc 不兼容

这将控制添加 -db_hard_mask 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property db_soft_mask

用于软屏蔽的过滤算法（整数）。

要应用于 BLAST 数据库作为软屏蔽的过滤算法 ID。与：db_hard_mask、subject、subject_loc 不兼容

这将控制添加 -db_soft_mask 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property dbsize

数据库的有效长度（整数）。

这将控制添加 -dbsize 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property entrez_query

使用给定的 Entrez 查询限制搜索（需要远程）。

这将控制添加 -entrez_query 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property evalue

期望值截止值。

这将控制添加 -evalue 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property export_search_strategy

用于记录所用搜索策略的文件名。

与：import_search_strategy 不兼容

这将控制添加 -export_search_strategy 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property frame_shift_penalty

帧移位惩罚 (整数，至少为 1，默认忽略) (已过时)。

此功能已在 BLAST 2.2.27+ 中移除。

此选项控制 -frame_shift_penalty 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的參數值。

property gapextend

扩展间隙的成本（整数）。

这将控制添加 -gapextend 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property gapopen

打开间隙的成本（整数）。

这将控制添加 -gapopen 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property gilist

将数据库搜索限制为 GI 列表。

与：negative_gilist、seqidlist、negative_seqidlist、remote、subject、subject_loc 不兼容

这将控制添加 -gilist 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property h

打印 USAGE 和 DESCRIPTION；忽略其他参数。

此属性控制添加 -h 开关，将此属性视为布尔值。

property help

打印 USAGE、DESCRIPTION 和 ARGUMENTS 说明；忽略其他参数。

此属性控制添加 -help 开关，将此属性视为布尔值。

property html

生成 HTML 输出？另请参阅 outfmt 选项。

此属性控制添加 -html 开关，将此属性视为布尔值。

property import_search_strategy

要使用的搜索策略。

与：export_search_strategy 不兼容

这将控制添加 -import_search_strategy 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property in_pssm

PSI-BLAST 检查点文件。

与以下不兼容：remote，query

这控制着 -in_pssm 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的參數值。

property lcase_masking

是否在查询和目标序列中使用小写字母过滤？

此属性控制添加 -lcase_masking 开关，将其视为布尔值。

property line_length

用于格式化比对的行长度（整数，至少为 1，默认值为 60）。

对于 outfmt > 4 不适用。在 BLAST+ 2.2.30 中添加。

这控制添加 -line_length 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property matrix

评分矩阵名称（默认值为 BLOSUM62）。

这控制添加 -matrix 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property max_hsps

设置每个目标序列保存的 HSP 数量上限。

默认值为 0，表示没有限制。

这控制添加 -max_hsps 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property max_hsps_per_subject

覆盖每个目标序列保存的 HSP 数量上限，用于无间隙搜索（整数）。

这控制添加 -max_hsps_per_subject 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property max_intron_length

最大内含子长度 (整数)。

在链接多个不同比对时，允许翻译的核苷酸序列中最大的内含子长度 (负值禁用链接)。默认值为零。

此选项控制 -max_intron_length 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的參數值。

property max_target_seqs

要保留的对齐序列的最大数量（整数，至少为一个）。

这控制添加 -max_target_seqs 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property negative_gilist

将数据库搜索限制为除列出的 GI 之外的所有内容。

与以下选项不兼容：gilist、seqidlist、remote、subject、subject_loc

这控制添加 -negative_gilist 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property negative_seqidlist

将数据库搜索限制为除列出的 SeqID 之外的所有内容。

与以下选项不兼容：gilist、seqidlist、remote、subject、subject_loc

这控制添加 -negative_seqidlist 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property num_alignments

要显示 num_alignments 的数据库序列数量。

整数参数（至少为零）。默认值为 200。另请参见 num_alignments。

这控制添加 -num_alignments 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property num_descriptions

要显示单行描述的数据库序列数量。

整数参数（至少为零）。默认值为 500。另请参见 num_alignments。

这控制添加 -num_descriptions 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property num_threads

在 BLAST 搜索中使用的线程数。

整数，至少为一个。默认值为一个。与以下选项不兼容：remote

这控制添加 -num_threads 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property out

比对的输出文件。

这控制添加 -out 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property outfmt

比对视图。通常为整数 0-14，但对于某些格式，可以命名列，例如“6 qseqid sseqid”。对于 XML 输出，使用 5（与经典 BLAST 不同，经典 BLAST 使用 7 表示 XML）。

这控制添加 -outfmt 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property parse_deflines

是否应该解析查询和目标 defline(s)？

此属性控制添加 -parse_deflines 开关，将其视为布尔值。

property qcov_hsp_perc

每个 hsp 的查询覆盖率百分比（浮点数，0 到 100）。

在 BLAST+ 2.2.30 中添加。

这控制添加 -qcov_hsp_perc 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property query

要搜索的序列。

这控制添加 -query 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property query_loc

查询序列上的位置（格式：start-stop）。

这控制添加 -query_loc 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property remote

是否远程执行搜索？

与以下选项不兼容：gilist、negative_gilist、subject_loc、num_threads、…

此属性控制添加 -remote 开关，将其视为布尔值。

property searchsp

搜索空间的有效长度（整数）。

这控制添加 -searchsp 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property seg

使用 SEG 过滤查询序列（字符串）。

格式： “yes”， “window locut hicut”，或者 “no” 来禁用。

默认是 “12 2.2 2.5”

这控制添加 -seg 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property seqidlist

将数据库搜索限制为 SeqID 列表。

与以下选项不兼容：gilist、negative_gilist、remote、subject、subject_loc

这控制添加 -seqidlist 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property show_gis

是否在 deflines 中显示 NCBI GI？

此属性控制添加 -show_gis 开关，将其视为布尔值。

property soft_masking

是否将过滤位置应用为软掩码（布尔值，默认值为 true）。

这控制添加 -soft_masking 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property subject

要搜索的目标序列(s)。

与以下选项不兼容：db、gilist、seqidlist、negative_gilist、negative_seqidlist、db_soft_mask、db_hard_mask

另请参见 subject_loc。

这控制添加 -subject 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property subject_loc

目标序列上的位置（格式：start-stop）。

与以下选项不兼容：db、gilist、seqidlist、negative_gilist、negative_seqidlist、db_soft_mask、db_hard_mask、remote。

另请参见 subject。

这控制添加 -subject_loc 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property sum_statistics

是否使用总计统计信息。

此属性控制添加 -sum_statistics 开关，将其视为布尔值。

property sum_stats

是否使用总计统计信息（布尔值）。

在 BLAST+ 2.2.30 中添加。

这控制添加 -sum_stats 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property task

要执行的任务（字符串，tblastn（默认）或 tblastn-fast）。

这控制添加 -task 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property threshold

将词添加到 BLAST 查找表中的最小得分（浮点数）。

这控制添加 -threshold 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property ungapped

是否仅执行无间隙比对？

此属性控制添加 -ungapped 开关，将其视为布尔值。

property use_sw_tback

是否计算局部最优 Smith-Waterman 比对？

此属性控制是否添加 -use_sw_tback 开关，将此属性视为布尔值。

property version

打印版本号；忽略其他参数。

此属性控制是否添加 -version 开关，将此属性视为布尔值。

property window_size

多重命中窗口大小，使用 0 指定 1-命中算法（整数）。

此属性控制是否添加 -window_size 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property word_size

单词查找算法的单词大小。

整数。最小值 2。

此属性控制是否添加 -word_size 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property xdrop_gap

初步间隙扩展的 X-dropoff 值（以位表示）（浮点数）。

此属性控制是否添加 -xdrop_gap 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property xdrop_gap_final

最终间隙比对的 X-dropoff 值（以位表示）（浮点数）。

此属性控制是否添加 -xdrop_gap_final 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property xdrop_ungap

无间隙扩展的 X-dropoff 值（以位表示）（浮点数）。

此属性控制是否添加 -xdrop_ungap 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

class Bio.Blast.Applications.NcbitblastxCommandline(cmd='tblastx', **kwargs)

基类：_NcbiblastMain2SeqCommandline

NCBI BLAST+ 程序 tblastx 的包装器。

随着 BLAST+（用 C++ 重写的 BLAST，而不是 C）的发布，NCBI 用单独的工具替换了旧的 blastall 工具，用于每种搜索。因此，此包装器用选项 -p tblastx 替换了 BlastallCommandline。

>>> from Bio.Blast.Applications import NcbitblastxCommandline
>>> cline = NcbitblastxCommandline(help=True)
>>> cline
NcbitblastxCommandline(cmd='tblastx', help=True)
>>> print(cline)
tblastx -help

您通常会使用 cline() 或通过 Python subprocess 模块运行命令行，如 Biopython 教程中所述。

__init__(cmd='tblastx', **kwargs): 初始化类。

property best_hit_overhang

最佳命中算法悬垂值（浮点数，推荐值：0.1）

介于 0.0 到 0.5 之间的浮点数（含）。与：culling_limit 不兼容。

这将控制添加 -best_hit_overhang 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property best_hit_score_edge

最佳命中算法得分边缘值（浮点数）。

介于 0.0 到 0.5 之间的浮点数（含）。推荐值：0.1

与：culling_limit 不兼容。

这将控制添加 -best_hit_score_edge 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property culling_limit

命中剔除限制（整数）。

如果命中的查询范围至少被这么多更高得分的命中所覆盖，则删除该命中。

与：best_hit_overhang、best_hit_score_edge 不兼容。

这将控制添加 -culling_limit 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property db

要 BLAST 的数据库。

这将控制添加 -db 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property db_gencode

用于翻译查询的遗传密码 (整数，默认值为 1)。

这控制着 -db_gencode 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的參數值。

property db_hard_mask

用于硬屏蔽的过滤算法（整数）。

要应用于 BLAST 数据库作为硬屏蔽的过滤算法 ID。与：db_soft_mask、subject、subject_loc 不兼容

这将控制添加 -db_hard_mask 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property db_soft_mask

用于软屏蔽的过滤算法（整数）。

要应用于 BLAST 数据库作为软屏蔽的过滤算法 ID。与：db_hard_mask、subject、subject_loc 不兼容

这将控制添加 -db_soft_mask 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property dbsize

数据库的有效长度（整数）。

这将控制添加 -dbsize 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property entrez_query

使用给定的 Entrez 查询限制搜索（需要远程）。

这将控制添加 -entrez_query 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property evalue

期望值截止值。

这将控制添加 -evalue 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property export_search_strategy

用于记录所用搜索策略的文件名。

与：import_search_strategy 不兼容

这将控制添加 -export_search_strategy 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property gapextend

扩展间隙的成本（整数）。

这将控制添加 -gapextend 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property gapopen

打开间隙的成本（整数）。

这将控制添加 -gapopen 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property gilist

将数据库搜索限制为 GI 列表。

与：negative_gilist、seqidlist、negative_seqidlist、remote、subject、subject_loc 不兼容

这将控制添加 -gilist 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property h

打印 USAGE 和 DESCRIPTION；忽略其他参数。

此属性控制添加 -h 开关，将此属性视为布尔值。

property help

打印 USAGE、DESCRIPTION 和 ARGUMENTS 说明；忽略其他参数。

此属性控制添加 -help 开关，将此属性视为布尔值。

property html

生成 HTML 输出？另请参阅 outfmt 选项。

此属性控制添加 -html 开关，将此属性视为布尔值。

property import_search_strategy

要使用的搜索策略。

与：export_search_strategy 不兼容

这将控制添加 -import_search_strategy 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property lcase_masking

是否在查询和目标序列中使用小写字母过滤？

此属性控制添加 -lcase_masking 开关，将其视为布尔值。

property line_length

用于格式化比对的行长度（整数，至少为 1，默认值为 60）。

对于 outfmt > 4 不适用。在 BLAST+ 2.2.30 中添加。

这控制添加 -line_length 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property matrix

评分矩阵名称（默认值为 BLOSUM62）。

这控制添加 -matrix 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property max_hsps

设置每个目标序列保存的 HSP 数量上限。

默认值为 0，表示没有限制。

这控制添加 -max_hsps 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property max_hsps_per_subject

覆盖每个目标序列保存的 HSP 数量上限，用于无间隙搜索（整数）。

这控制添加 -max_hsps_per_subject 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property max_intron_length

最大内含子长度 (整数)。

在链接多个不同比对时，允许翻译的核苷酸序列中最大的内含子长度 (负值禁用链接)。默认值为零。

此选项控制 -max_intron_length 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的參數值。

property max_target_seqs

要保留的对齐序列的最大数量（整数，至少为一个）。

这控制添加 -max_target_seqs 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property negative_gilist

将数据库搜索限制为除列出的 GI 之外的所有内容。

与以下选项不兼容：gilist、seqidlist、remote、subject、subject_loc

这控制添加 -negative_gilist 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property negative_seqidlist

将数据库搜索限制为除列出的 SeqID 之外的所有内容。

与以下选项不兼容：gilist、seqidlist、remote、subject、subject_loc

这控制添加 -negative_seqidlist 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property num_alignments

要显示 num_alignments 的数据库序列数量。

整数参数（至少为零）。默认值为 200。另请参见 num_alignments。

这控制添加 -num_alignments 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property num_descriptions

要显示单行描述的数据库序列数量。

整数参数（至少为零）。默认值为 500。另请参见 num_alignments。

这控制添加 -num_descriptions 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property num_threads

在 BLAST 搜索中使用的线程数。

整数，至少为一个。默认值为一个。与以下选项不兼容：remote

这控制添加 -num_threads 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property out

比对的输出文件。

这控制添加 -out 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property outfmt

比对视图。通常为整数 0-14，但对于某些格式，可以命名列，例如“6 qseqid sseqid”。对于 XML 输出，使用 5（与经典 BLAST 不同，经典 BLAST 使用 7 表示 XML）。

这控制添加 -outfmt 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property parse_deflines

是否应该解析查询和目标 defline(s)？

此属性控制添加 -parse_deflines 开关，将其视为布尔值。

property qcov_hsp_perc

每个 hsp 的查询覆盖率百分比（浮点数，0 到 100）。

在 BLAST+ 2.2.30 中添加。

这控制添加 -qcov_hsp_perc 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property query

要搜索的序列。

这控制添加 -query 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property query_gencode

用于翻译查询的遗传密码 (整数，默认值为 1)。

此选项控制 -query_gencode 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的參數值。

property query_loc

查询序列上的位置（格式：start-stop）。

这控制添加 -query_loc 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property remote

是否远程执行搜索？

与以下选项不兼容：gilist、negative_gilist、subject_loc、num_threads、…

此属性控制添加 -remote 开关，将其视为布尔值。

property searchsp

搜索空间的有效长度（整数）。

这控制添加 -searchsp 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property seg

使用 SEG 过滤查询序列（字符串）。

格式： “yes”， “window locut hicut”，或者 “no” 来禁用。

默认是 “12 2.2 2.5”

这控制添加 -seg 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property seqidlist

将数据库搜索限制为 SeqID 列表。

与以下选项不兼容：gilist、negative_gilist、remote、subject、subject_loc

这控制添加 -seqidlist 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property show_gis

是否在 deflines 中显示 NCBI GI？

此属性控制添加 -show_gis 开关，将其视为布尔值。

property soft_masking

是否将过滤位置应用为软掩码（布尔值，默认值为 true）。

这控制添加 -soft_masking 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property strand

要搜索数据库/主题的查询链(s)。

允许的值为“both”（默认）、“minus”、“plus”。

这控制着 -strand 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property subject

要搜索的目标序列(s)。

与以下选项不兼容：db、gilist、seqidlist、negative_gilist、negative_seqidlist、db_soft_mask、db_hard_mask

另请参见 subject_loc。

这控制添加 -subject 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property subject_loc

目标序列上的位置（格式：start-stop）。

与以下选项不兼容：db、gilist、seqidlist、negative_gilist、negative_seqidlist、db_soft_mask、db_hard_mask、remote。

另请参见 subject。

这控制添加 -subject_loc 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property sum_statistics

是否使用总计统计信息。

此属性控制添加 -sum_statistics 开关，将其视为布尔值。

property sum_stats

是否使用总计统计信息（布尔值）。

在 BLAST+ 2.2.30 中添加。

这控制添加 -sum_stats 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property threshold

将词添加到 BLAST 查找表中的最小得分（浮点数）。

这控制添加 -threshold 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property version

打印版本号；忽略其他参数。

此属性控制是否添加 -version 开关，将此属性视为布尔值。

property window_size

多重命中窗口大小，使用 0 指定 1-命中算法（整数）。

此属性控制是否添加 -window_size 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property word_size

单词查找算法的单词大小。

整数。最小值 2。

此属性控制是否添加 -word_size 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property xdrop_gap

初步间隙扩展的 X-dropoff 值（以位表示）（浮点数）。

此属性控制是否添加 -xdrop_gap 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property xdrop_gap_final

最终间隙比对的 X-dropoff 值（以位表示）（浮点数）。

此属性控制是否添加 -xdrop_gap_final 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property xdrop_ungap

无间隙扩展的 X-dropoff 值（以位表示）（浮点数）。

此属性控制是否添加 -xdrop_ungap 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

class Bio.Blast.Applications.NcbipsiblastCommandline(cmd='psiblast', **kwargs)

Bases: _Ncbiblast2SeqCommandline

NCBI BLAST+ 程序 psiblast 的包装器。

随着 BLAST+ 的发布（BLAST 用 C++ 而不是 C 重写），NCBI 用类似的工具 psiblast 替换了旧的 blastpgp 工具。因此，此包装器替换了 BlastpgpCommandline，它是 blastpgp 的包装器。

>>> from Bio.Blast.Applications import NcbipsiblastCommandline
>>> cline = NcbipsiblastCommandline(help=True)
>>> cline
NcbipsiblastCommandline(cmd='psiblast', help=True)
>>> print(cline)
psiblast -help

您通常会使用 cline() 或通过 Python subprocess 模块运行命令行，如 Biopython 教程中所述。

__init__(cmd='psiblast', **kwargs): 初始化类。

property best_hit_overhang

最佳命中算法悬垂值（浮点数，推荐值：0.1）

介于 0.0 到 0.5 之间的浮点数（含）。与：culling_limit 不兼容。

这将控制添加 -best_hit_overhang 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property best_hit_score_edge

最佳命中算法得分边缘值（浮点数）。

介于 0.0 到 0.5 之间的浮点数（含）。推荐值：0.1

与：culling_limit 不兼容。

这将控制添加 -best_hit_score_edge 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property comp_based_stats

使用基于组成的统计信息（字符串，默认值为 2，即 True）。

0、F 或 f：不使用基于组成的统计信息

2、T 或 t、D 或 d：生物信息学 21:902-911, 2005 中的基于组成的得分调整，以序列属性为条件

请注意，tblastn 还支持值为 1 和 3。

这将控制添加 -comp_based_stats 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property culling_limit

命中剔除限制（整数）。

如果命中的查询范围至少被这么多更高得分的命中所覆盖，则删除该命中。

与：best_hit_overhang、best_hit_score_edge 不兼容。

这将控制添加 -culling_limit 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property db

要 BLAST 的数据库。

这将控制添加 -db 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property dbsize

数据库的有效长度（整数）。

这将控制添加 -dbsize 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property entrez_query

使用给定的 Entrez 查询限制搜索（需要远程）。

这将控制添加 -entrez_query 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property evalue

期望值截止值。

这将控制添加 -evalue 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property export_search_strategy

用于记录所用搜索策略的文件名。

与：import_search_strategy 不兼容

这将控制添加 -export_search_strategy 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property gap_trigger

触发间隙的位数（浮点数，默认值为 22）。

这控制 -gap_trigger 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property gapextend

扩展间隙的成本（整数）。

这将控制添加 -gapextend 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property gapopen

打开间隙的成本（整数）。

这将控制添加 -gapopen 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property gilist

将数据库搜索限制为 GI 列表。

与：negative_gilist、seqidlist、negative_seqidlist、remote、subject、subject_loc 不兼容

这将控制添加 -gilist 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property h

打印 USAGE 和 DESCRIPTION；忽略其他参数。

此属性控制添加 -h 开关，将此属性视为布尔值。

property help

打印 USAGE、DESCRIPTION 和 ARGUMENTS 说明；忽略其他参数。

此属性控制添加 -help 开关，将此属性视为布尔值。

property html

生成 HTML 输出？另请参阅 outfmt 选项。

此属性控制添加 -html 开关，将此属性视为布尔值。

property ignore_msa_master

在创建 PSSM 时忽略主序列。

需要：in_msa 与以下参数不兼容：msa_master_idx、in_pssm、query、query_loc、phi_pattern

此属性控制 -ignore_msa_master 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property import_search_strategy

要使用的搜索策略。

与：export_search_strategy 不兼容

这将控制添加 -import_search_strategy 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property in_msa

重新启动 PSI-BLAST 的多序列比对的文件名。

与以下参数不兼容：in_pssm、query

这控制 -in_msa 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property in_pssm

PSI-BLAST 检查点文件。

与以下参数不兼容：in_msa、query、phi_pattern

这控制着 -in_pssm 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的參數值。

property inclusion_ethresh

成对比对的 E 值包含阈值（浮点数，默认值为 0.002）。

这控制 -inclusion_ethresh 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property lcase_masking

是否在查询和目标序列中使用小写字母过滤？

此属性控制添加 -lcase_masking 开关，将其视为布尔值。

property line_length

用于格式化比对的行长度（整数，至少为 1，默认值为 60）。

对于 outfmt > 4 不适用。在 BLAST+ 2.2.30 中添加。

这控制添加 -line_length 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property matrix

评分矩阵名称（默认值为 BLOSUM62）。

这控制添加 -matrix 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property max_hsps

设置每个目标序列保存的 HSP 数量上限。

默认值为 0，表示没有限制。

这控制添加 -max_hsps 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property max_hsps_per_subject

覆盖每个目标序列保存的 HSP 数量上限，用于无间隙搜索（整数）。

这控制添加 -max_hsps_per_subject 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property max_target_seqs

要保留的对齐序列的最大数量（整数，至少为一个）。

这控制添加 -max_target_seqs 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property msa_master_idx

用作 MSA 中主序列的序列索引。

用作多序列比对中主序列的序列索引（从 1 开始）。如果未指定，则使用第一个序列。

这控制 -msa_master_idx 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property negative_gilist

将数据库搜索限制为除列出的 GI 之外的所有内容。

与以下选项不兼容：gilist、seqidlist、remote、subject、subject_loc

这控制添加 -negative_gilist 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property negative_seqidlist

将数据库搜索限制为除列出的 SeqID 之外的所有内容。

与以下选项不兼容：gilist、seqidlist、remote、subject、subject_loc

这控制添加 -negative_seqidlist 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property num_alignments

要显示 num_alignments 的数据库序列数量。

整数参数（至少为零）。默认值为 200。另请参见 num_alignments。

这控制添加 -num_alignments 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property num_descriptions

要显示单行描述的数据库序列数量。

整数参数（至少为零）。默认值为 500。另请参见 num_alignments。

这控制添加 -num_descriptions 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property num_iterations

要执行的迭代次数（整数，至少一次）。

默认值为一次。与以下参数不兼容：remote

这控制 -num_iterations 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property num_threads

在 BLAST 搜索中使用的线程数。

整数，至少为一个。默认值为一个。与以下选项不兼容：remote

这控制添加 -num_threads 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property out

比对的输出文件。

这控制添加 -out 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property out_ascii_pssm

存储 PSSM 的 ASCII 版本的文件名。

这控制 -out_ascii_pssm 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property out_pssm

存储检查点文件的文件名。

这控制 -out_pssm 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property outfmt

比对视图。通常为整数 0-14，但对于某些格式，可以命名列，例如“6 qseqid sseqid”。对于 XML 输出，使用 5（与经典 BLAST 不同，经典 BLAST 使用 7 表示 XML）。

这控制添加 -outfmt 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property parse_deflines

是否应该解析查询和目标 defline(s)？

此属性控制添加 -parse_deflines 开关，将其视为布尔值。

property phi_pattern

包含要搜索的模式的文件名。

与以下参数不兼容：in_pssm

这控制 -phi_pattern 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property pseudocount

构造 PSSM 时使用的伪计数值。

整数。默认值为零。

这控制 -pseudocount 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property qcov_hsp_perc

每个 hsp 的查询覆盖率百分比（浮点数，0 到 100）。

在 BLAST+ 2.2.30 中添加。

这控制添加 -qcov_hsp_perc 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property query

要搜索的序列。

这控制添加 -query 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property query_loc

查询序列上的位置（格式：start-stop）。

这控制添加 -query_loc 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property remote

是否远程执行搜索？

与以下选项不兼容：gilist、negative_gilist、subject_loc、num_threads、…

此属性控制添加 -remote 开关，将其视为布尔值。

property save_each_pssm

在每次迭代后保存 PSSM

文件名在 -save_pssm 或 -save_ascii_pssm 选项中给出。

此属性控制 -save_each_pssm 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property save_pssm_after_last_round

在最后一次数据库搜索后保存 PSSM。

此属性控制 -save_pssm_after_last_round 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property searchsp

搜索空间的有效长度（整数）。

这控制添加 -searchsp 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property seg

使用 SEG 过滤查询序列（字符串）。

格式：“yes”、”window locut hicut” 或 “no” 以禁用。默认值为 “12 2.2 2.5”。

这控制添加 -seg 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property seqidlist

将数据库搜索限制为 SeqID 列表。

与以下选项不兼容：gilist、negative_gilist、remote、subject、subject_loc

这控制添加 -seqidlist 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property show_gis

是否在 deflines 中显示 NCBI GI？

此属性控制添加 -show_gis 开关，将其视为布尔值。

property soft_masking

是否将过滤位置应用为软掩码（布尔值，默认值为 true）。

这控制添加 -soft_masking 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property subject

要搜索的目标序列(s)。

与以下选项不兼容：db、gilist、seqidlist、negative_gilist、negative_seqidlist、db_soft_mask、db_hard_mask

另请参见 subject_loc。

这控制添加 -subject 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property subject_loc

目标序列上的位置（格式：start-stop）。

与以下选项不兼容：db、gilist、seqidlist、negative_gilist、negative_seqidlist、db_soft_mask、db_hard_mask、remote。

另请参见 subject。

这控制添加 -subject_loc 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property sum_statistics

是否使用总计统计信息。

此属性控制添加 -sum_statistics 开关，将其视为布尔值。

property sum_stats

是否使用总计统计信息（布尔值）。

在 BLAST+ 2.2.30 中添加。

这控制添加 -sum_stats 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property threshold

将词添加到 BLAST 查找表中的最小得分（浮点数）。

这控制添加 -threshold 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property use_sw_tback

是否计算局部最优 Smith-Waterman 比对？

此属性控制是否添加 -use_sw_tback 开关，将此属性视为布尔值。

property version

打印版本号；忽略其他参数。

此属性控制是否添加 -version 开关，将此属性视为布尔值。

property window_size

多重命中窗口大小，使用 0 指定 1-命中算法（整数）。

此属性控制是否添加 -window_size 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property word_size

单词查找算法的单词大小。

整数。最小值 2。

此属性控制是否添加 -word_size 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property xdrop_gap

初步间隙扩展的 X-dropoff 值（以位表示）（浮点数）。

此属性控制是否添加 -xdrop_gap 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property xdrop_gap_final

最终间隙比对的 X-dropoff 值（以位表示）（浮点数）。

此属性控制是否添加 -xdrop_gap_final 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property xdrop_ungap

无间隙扩展的 X-dropoff 值（以位表示）（浮点数）。

此属性控制是否添加 -xdrop_ungap 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

class Bio.Blast.Applications.NcbirpsblastCommandline(cmd='rpsblast', **kwargs)

Bases: _NcbiblastCommandline

NCBI BLAST+ 程序 rpsblast 的包装器。

随着 BLAST+ 的发布（BLAST 用 C++ 重写而不是 C），NCBI 用同名但功能类似的工具取代了旧的 rpsblast 工具。此包装器替换了 RpsBlastCommandline，旧 rpsblast 的包装器。

>>> from Bio.Blast.Applications import NcbirpsblastCommandline
>>> cline = NcbirpsblastCommandline(help=True)
>>> cline
NcbirpsblastCommandline(cmd='rpsblast', help=True)
>>> print(cline)
rpsblast -help

您通常会使用 cline() 或通过 Python subprocess 模块运行命令行，如 Biopython 教程中所述。

__init__(cmd='rpsblast', **kwargs): 初始化类。

property best_hit_overhang

最佳命中算法悬垂值（推荐值：0.1）。

介于 0.0 到 0.5 之间的浮点数（含）。与：culling_limit 不兼容。

这将控制添加 -best_hit_overhang 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property best_hit_score_edge

最佳命中算法得分边缘值（推荐值：0.1）。

介于 0.0 到 0.5 之间的浮点数（含）。与：culling_limit 不兼容。

这将控制添加 -best_hit_score_edge 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property comp_based_stats

使用基于成分的统计信息。

D 或 d：默认（等效于 0）

0 或 F 或 f：简化基于成分的统计信息，如 Bioinformatics 15:1000-1011, 1999

1 或 T 或 t：基于成分的统计信息，如 NAR 29:2994-3005, 2001

默认值 = 0。

这将控制添加 -comp_based_stats 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property culling_limit

命中剔除限制（整数）。

如果命中查询范围被至少这么多更高得分命中所包围，则删除命中。与以下项不兼容：best_hit_overhang、best_hit_score_edge。

这将控制添加 -culling_limit 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property db

要 BLAST 的数据库。

这将控制添加 -db 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property dbsize

数据库的有效长度（整数）。

这将控制添加 -dbsize 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property entrez_query

使用给定的 Entrez 查询限制搜索（需要远程）。

这将控制添加 -entrez_query 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property evalue

期望值截止值。

这将控制添加 -evalue 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property export_search_strategy

用于记录所用搜索策略的文件名。

与：import_search_strategy 不兼容

这将控制添加 -export_search_strategy 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property gilist

将数据库搜索限制为 GI 列表。

与：negative_gilist、seqidlist、negative_seqidlist、remote、subject、subject_loc 不兼容

这将控制添加 -gilist 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property h

打印 USAGE 和 DESCRIPTION；忽略其他参数。

此属性控制添加 -h 开关，将此属性视为布尔值。

property help

打印 USAGE、DESCRIPTION 和 ARGUMENTS 说明；忽略其他参数。

此属性控制添加 -help 开关，将此属性视为布尔值。

property html

生成 HTML 输出？另请参阅 outfmt 选项。

此属性控制添加 -html 开关，将此属性视为布尔值。

property import_search_strategy

要使用的搜索策略。

与：export_search_strategy 不兼容

这将控制添加 -import_search_strategy 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property lcase_masking

是否在查询和目标序列中使用小写字母过滤？

此属性控制添加 -lcase_masking 开关，将其视为布尔值。

property line_length

用于格式化比对的行长度（整数，至少为 1，默认值为 60）。

对于 outfmt > 4 不适用。在 BLAST+ 2.2.30 中添加。

这控制添加 -line_length 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property max_hsps

设置每个目标序列保存的 HSP 数量上限。

默认值为 0，表示没有限制。

这控制添加 -max_hsps 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property max_hsps_per_subject

覆盖每个目标序列保存的 HSP 数量上限，用于无间隙搜索（整数）。

这控制添加 -max_hsps_per_subject 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property max_target_seqs

要保留的对齐序列的最大数量（整数，至少为一个）。

这控制添加 -max_target_seqs 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property negative_gilist

将数据库搜索限制为除列出的 GI 之外的所有内容。

与以下选项不兼容：gilist、seqidlist、remote、subject、subject_loc

这控制添加 -negative_gilist 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property negative_seqidlist

将数据库搜索限制为除列出的 SeqID 之外的所有内容。

与以下选项不兼容：gilist、seqidlist、remote、subject、subject_loc

这控制添加 -negative_seqidlist 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property num_alignments

要显示 num_alignments 的数据库序列数量。

整数参数（至少为零）。默认值为 200。另请参见 num_alignments。

这控制添加 -num_alignments 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property num_descriptions

要显示单行描述的数据库序列数量。

整数参数（至少为零）。默认值为 500。另请参见 num_alignments。

这控制添加 -num_descriptions 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property num_threads

在 BLAST 搜索中使用的线程数。

整数，至少为一个。默认值为一个。与以下选项不兼容：remote

这控制添加 -num_threads 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property out

比对的输出文件。

这控制添加 -out 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property outfmt

比对视图。通常为整数 0-14，但对于某些格式，可以命名列，例如“6 qseqid sseqid”。对于 XML 输出，使用 5（与经典 BLAST 不同，经典 BLAST 使用 7 表示 XML）。

这控制添加 -outfmt 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property parse_deflines

是否应该解析查询和目标 defline(s)？

此属性控制添加 -parse_deflines 开关，将其视为布尔值。

property qcov_hsp_perc

每个 hsp 的查询覆盖率百分比（浮点数，0 到 100）。

在 BLAST+ 2.2.30 中添加。

这控制添加 -qcov_hsp_perc 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property query

要搜索的序列。

这控制添加 -query 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property query_loc

查询序列上的位置（格式：start-stop）。

这控制添加 -query_loc 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property remote

是否远程执行搜索？

与以下选项不兼容：gilist、negative_gilist、subject_loc、num_threads、…

此属性控制添加 -remote 开关，将其视为布尔值。

property searchsp

搜索空间的有效长度（整数）。

这控制添加 -searchsp 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property seg

使用 SEG 过滤查询序列（字符串）。

格式：“yes”、"window locut hicut" 或 “no” 用于禁用。默认值为 “12 2.2 2.5”。

这控制添加 -seg 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property seqidlist

将数据库搜索限制为 SeqID 列表。

与以下选项不兼容：gilist、negative_gilist、remote、subject、subject_loc

这控制添加 -seqidlist 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property show_gis

是否在 deflines 中显示 NCBI GI？

此属性控制添加 -show_gis 开关，将其视为布尔值。

property soft_masking

是否将过滤位置应用为软掩码（布尔值，默认值为 true）。

这控制添加 -soft_masking 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property sum_statistics

是否使用总计统计信息。

此属性控制添加 -sum_statistics 开关，将其视为布尔值。

property sum_stats

是否使用总计统计信息（布尔值）。

在 BLAST+ 2.2.30 中添加。

这控制添加 -sum_stats 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property use_sw_tback

是否计算局部最优 Smith-Waterman 比对？

此属性控制是否添加 -use_sw_tback 开关，将此属性视为布尔值。

property version

打印版本号；忽略其他参数。

此属性控制是否添加 -version 开关，将此属性视为布尔值。

property window_size

多重命中窗口大小，使用 0 指定 1-命中算法（整数）。

此属性控制是否添加 -window_size 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property word_size

单词查找算法的单词大小。

整数。最小值 2。

此属性控制是否添加 -word_size 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property xdrop_gap

初步间隙扩展的 X-dropoff 值（以位表示）（浮点数）。

此属性控制是否添加 -xdrop_gap 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property xdrop_gap_final

最终间隙比对的 X-dropoff 值（以位表示）（浮点数）。

此属性控制是否添加 -xdrop_gap_final 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property xdrop_ungap

无间隙扩展的 X-dropoff 值（以位表示）（浮点数）。

此属性控制是否添加 -xdrop_ungap 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

class Bio.Blast.Applications.NcbirpstblastnCommandline(cmd='rpstblastn', **kwargs)

Bases: _NcbiblastCommandline

NCBI BLAST+ 程序 rpstblastn 的包装器。

随着 BLAST+（用 C++ 而不是 C 重写的 BLAST）的发布，NCBI 用一个名称相同的类似工具替换了旧的 rpsblast 工具，以及一个名为 rpstblastn 的单独工具，用于翻译的反向位置特异性 BLAST。

>>> from Bio.Blast.Applications import NcbirpstblastnCommandline
>>> cline = NcbirpstblastnCommandline(help=True)
>>> cline
NcbirpstblastnCommandline(cmd='rpstblastn', help=True)
>>> print(cline)
rpstblastn -help

您通常会使用 cline() 或通过 Python subprocess 模块运行命令行，如 Biopython 教程中所述。

__init__(cmd='rpstblastn', **kwargs): 初始化类。

property comp_based_stats

使用基于成分的统计信息。

D 或 d：默认（等效于 0）

0 或 F 或 f：简化基于成分的统计信息，如 Bioinformatics 15:1000-1011, 1999

1 或 T 或 t：基于成分的统计信息，如 NAR 29:2994-3005, 2001

默认值 = 0。

这将控制添加 -comp_based_stats 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property db

要 BLAST 的数据库。

这将控制添加 -db 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property dbsize

数据库的有效长度（整数）。

这将控制添加 -dbsize 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property entrez_query

使用给定的 Entrez 查询限制搜索（需要远程）。

这将控制添加 -entrez_query 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property evalue

期望值截止值。

这将控制添加 -evalue 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property export_search_strategy

用于记录所用搜索策略的文件名。

与：import_search_strategy 不兼容

这将控制添加 -export_search_strategy 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property gilist

将数据库搜索限制为 GI 列表。

与：negative_gilist、seqidlist、negative_seqidlist、remote、subject、subject_loc 不兼容

这将控制添加 -gilist 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property h

打印 USAGE 和 DESCRIPTION；忽略其他参数。

此属性控制添加 -h 开关，将此属性视为布尔值。

property help

打印 USAGE、DESCRIPTION 和 ARGUMENTS 说明；忽略其他参数。

此属性控制添加 -help 开关，将此属性视为布尔值。

property html

生成 HTML 输出？另请参阅 outfmt 选项。

此属性控制添加 -html 开关，将此属性视为布尔值。

property import_search_strategy

要使用的搜索策略。

与：export_search_strategy 不兼容

这将控制添加 -import_search_strategy 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property lcase_masking

是否在查询和目标序列中使用小写字母过滤？

此属性控制添加 -lcase_masking 开关，将其视为布尔值。

property line_length

用于格式化比对的行长度（整数，至少为 1，默认值为 60）。

对于 outfmt > 4 不适用。在 BLAST+ 2.2.30 中添加。

这控制添加 -line_length 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property max_hsps

设置每个目标序列保存的 HSP 数量上限。

默认值为 0，表示没有限制。

这控制添加 -max_hsps 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property max_hsps_per_subject

覆盖每个目标序列保存的 HSP 数量上限，用于无间隙搜索（整数）。

这控制添加 -max_hsps_per_subject 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property max_target_seqs

要保留的对齐序列的最大数量（整数，至少为一个）。

这控制添加 -max_target_seqs 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property negative_gilist

将数据库搜索限制为除列出的 GI 之外的所有内容。

与以下选项不兼容：gilist、seqidlist、remote、subject、subject_loc

这控制添加 -negative_gilist 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property negative_seqidlist

将数据库搜索限制为除列出的 SeqID 之外的所有内容。

与以下选项不兼容：gilist、seqidlist、remote、subject、subject_loc

这控制添加 -negative_seqidlist 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property num_alignments

要显示 num_alignments 的数据库序列数量。

整数参数（至少为零）。默认值为 200。另请参见 num_alignments。

这控制添加 -num_alignments 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property num_descriptions

要显示单行描述的数据库序列数量。

整数参数（至少为零）。默认值为 500。另请参见 num_alignments。

这控制添加 -num_descriptions 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property num_threads

在 BLAST 搜索中使用的线程数。

整数，至少为一个。默认值为一个。与以下选项不兼容：remote

这控制添加 -num_threads 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property out

比对的输出文件。

这控制添加 -out 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property outfmt

比对视图。通常为整数 0-14，但对于某些格式，可以命名列，例如“6 qseqid sseqid”。对于 XML 输出，使用 5（与经典 BLAST 不同，经典 BLAST 使用 7 表示 XML）。

这控制添加 -outfmt 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property parse_deflines

是否应该解析查询和目标 defline(s)？

此属性控制添加 -parse_deflines 开关，将其视为布尔值。

property qcov_hsp_perc

每个 hsp 的查询覆盖率百分比（浮点数，0 到 100）。

在 BLAST+ 2.2.30 中添加。

这控制添加 -qcov_hsp_perc 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property query

要搜索的序列。

这控制添加 -query 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property query_gencode

用于翻译查询的遗传密码 (整数，默认值为 1)。

此选项控制 -query_gencode 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的參數值。

property query_loc

查询序列上的位置（格式：start-stop）。

这控制添加 -query_loc 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property remote

是否远程执行搜索？

与以下选项不兼容：gilist、negative_gilist、subject_loc、num_threads、…

此属性控制添加 -remote 开关，将其视为布尔值。

property searchsp

搜索空间的有效长度（整数）。

这控制添加 -searchsp 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property seg

使用 SEG 过滤查询序列（字符串）。

格式：“yes”、”window locut hicut” 或 “no” 以禁用。默认值为 “12 2.2 2.5”。

这控制添加 -seg 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property seqidlist

将数据库搜索限制为 SeqID 列表。

与以下选项不兼容：gilist、negative_gilist、remote、subject、subject_loc

这控制添加 -seqidlist 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property show_gis

是否在 deflines 中显示 NCBI GI？

此属性控制添加 -show_gis 开关，将其视为布尔值。

property soft_masking

是否将过滤位置应用为软掩码（布尔值，默认值为 true）。

这控制添加 -soft_masking 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property strand

要搜索数据库/主题的查询链(s)。

允许的值为“both”（默认）、“minus”、“plus”。

这控制着 -strand 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property sum_statistics

是否使用总计统计信息。

此属性控制添加 -sum_statistics 开关，将其视为布尔值。

property sum_stats

是否使用总计统计信息（布尔值）。

在 BLAST+ 2.2.30 中添加。

这控制添加 -sum_stats 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property ungapped

是否仅执行无间隙比对？

此属性控制添加 -ungapped 开关，将其视为布尔值。

property use_sw_tback

是否计算局部最优 Smith-Waterman 比对？

此属性控制是否添加 -use_sw_tback 开关，将此属性视为布尔值。

property version

打印版本号；忽略其他参数。

此属性控制是否添加 -version 开关，将此属性视为布尔值。

property window_size

多重命中窗口大小，使用 0 指定 1-命中算法（整数）。

此属性控制是否添加 -window_size 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property word_size

单词查找算法的单词大小。

整数。最小值 2。

此属性控制是否添加 -word_size 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property xdrop_gap

初步间隙扩展的 X-dropoff 值（以位表示）（浮点数）。

此属性控制是否添加 -xdrop_gap 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property xdrop_gap_final

最终间隙比对的 X-dropoff 值（以位表示）（浮点数）。

此属性控制是否添加 -xdrop_gap_final 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property xdrop_ungap

无间隙扩展的 X-dropoff 值（以位表示）（浮点数）。

此属性控制是否添加 -xdrop_ungap 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

class Bio.Blast.Applications.NcbiblastformatterCommandline(cmd='blast_formatter', **kwargs)

基类: _NcbibaseblastCommandline

NCBI BLAST+ 程序 blast_formatter 的包装器。

随着 BLAST 2.2.24+ 的发布（即用 C++ 而不是 C 重写的 BLAST 套件），NCBI 将 ASN.1 输出格式选项添加到所有搜索工具中，并扩展了 blast_formatter 以支持此选项作为输入。

blast_formatter 命令允许您将 ASN.1 输出转换为其他输出格式（XML、表格、纯文本、HTML）。

>>> from Bio.Blast.Applications import NcbiblastformatterCommandline
>>> cline = NcbiblastformatterCommandline(archive="example.asn", outfmt=5, out="example.xml")
>>> cline
NcbiblastformatterCommandline(cmd='blast_formatter', out='example.xml', outfmt=5, archive='example.asn')
>>> print(cline)
blast_formatter -out example.xml -outfmt 5 -archive example.asn

您通常会使用 cline() 或通过 Python subprocess 模块运行命令行，如 Biopython 教程中所述。

请注意，此包装器适用于 BLAST 2.2.24+（或更高版本）中的 blast_formatter 版本，这是 NCBI 首次宣布包含此工具的时间。实际上，BLAST 2.2.23+（以及可能在更早的版本中）中确实存在一个早期版本，但它没有 -archive 选项（而是 -rid 是必需参数），并且不受此包装器的支持。

__init__(cmd='blast_formatter', **kwargs): 初始化类。

property archive

结果存档文件，与 rid 参数不兼容。

这控制 -archive 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property h

打印 USAGE 和 DESCRIPTION；忽略其他参数。

此属性控制添加 -h 开关，将此属性视为布尔值。

property help

打印 USAGE、DESCRIPTION 和 ARGUMENTS 说明；忽略其他参数。

此属性控制添加 -help 开关，将此属性视为布尔值。

property html

生成 HTML 输出？另请参阅 outfmt 选项。

此属性控制添加 -html 开关，将此属性视为布尔值。

property line_length

用于格式化比对的行长度（整数，至少为 1，默认值为 60）。

对于 outfmt > 4 不适用。在 BLAST+ 2.2.30 中添加。

这控制添加 -line_length 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property max_target_seqs

要保留的对齐序列的最大数量。

这控制添加 -max_target_seqs 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property num_alignments

要显示 num_alignments 的数据库序列数量。

整数参数（至少为零）。默认值为 200。另请参见 num_alignments。

这控制添加 -num_alignments 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property num_descriptions

要显示单行描述的数据库序列数量。

整数参数（至少为零）。默认值为 500。另请参见 num_alignments。

这控制添加 -num_descriptions 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property out

比对的输出文件。

这控制添加 -out 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property outfmt

比对视图。通常为整数 0-14，但对于某些格式，可以命名列，例如“6 qseqid sseqid”。对于 XML 输出，使用 5（与经典 BLAST 不同，经典 BLAST 使用 7 表示 XML）。

这控制添加 -outfmt 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property parse_deflines

是否应该解析查询和目标 defline(s)？

此属性控制添加 -parse_deflines 开关，将其视为布尔值。

property rid

BLAST 请求 ID (RID)，与 archive 参数不兼容。

这控制 -rid 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property show_gis

是否在 deflines 中显示 NCBI GI？

此属性控制添加 -show_gis 开关，将其视为布尔值。

property version

打印版本号；忽略其他参数。

此属性控制是否添加 -version 开关，将此属性视为布尔值。

class Bio.Blast.Applications.NcbideltablastCommandline(cmd='deltablast', **kwargs)

Bases: _Ncbiblast2SeqCommandline

为 NCBI BLAST+ 程序 deltablast（针对蛋白质）创建命令行。

这是 NCBI BLAST+ 软件中包含的 deltablast 命令行命令的包装器（原始 BLAST 中没有）。

>>> from Bio.Blast.Applications import NcbideltablastCommandline
>>> cline = NcbideltablastCommandline(query="rosemary.pro", db="nr",
...                               evalue=0.001, remote=True)
>>> cline
NcbideltablastCommandline(cmd='deltablast', query='rosemary.pro', db='nr', evalue=0.001, remote=True)
>>> print(cline)
deltablast -query rosemary.pro -db nr -evalue 0.001 -remote

您通常会使用 cline() 或通过 Python subprocess 模块运行命令行，如 Biopython 教程中所述。

__init__(cmd='deltablast', **kwargs): 初始化类。

property best_hit_overhang

最佳命中算法悬垂值（浮点数，推荐值：0.1）

介于 0.0 到 0.5 之间的浮点数（含）。与：culling_limit 不兼容。

这将控制添加 -best_hit_overhang 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property best_hit_score_edge

最佳命中算法得分边缘值（浮点数）。

介于 0.0 到 0.5 之间的浮点数（含）。推荐值：0.1

与：culling_limit 不兼容。

这将控制添加 -best_hit_score_edge 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property comp_based_stats

使用基于组成的统计信息（字符串，默认值为 2，即 True）。

0、F 或 f：无基于构成的统计信息。

2、T 或 t、D 或 d：生物信息学 21:902-911, 2005 中的基于组成的得分调整，以序列属性为条件

请注意，tblastn 还支持值为 1 和 3。

这将控制添加 -comp_based_stats 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property culling_limit

命中剔除限制（整数）。

如果命中的查询范围至少被这么多更高得分的命中所覆盖，则删除该命中。

与：best_hit_overhang、best_hit_score_edge 不兼容。

这将控制添加 -culling_limit 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property db

要 BLAST 的数据库。

这将控制添加 -db 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property dbsize

数据库的有效长度（整数）。

这将控制添加 -dbsize 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property domain_inclusion_ethresh

具有保守结构域的对齐的 E 值包含阈值。

（浮点数，默认值为 0.05）

这控制 -domain_inclusion_ethresh 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property entrez_query

使用给定的 Entrez 查询限制搜索（需要远程）。

这将控制添加 -entrez_query 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property evalue

期望值截止值。

这将控制添加 -evalue 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property export_search_strategy

用于记录所用搜索策略的文件名。

与：import_search_strategy 不兼容

这将控制添加 -export_search_strategy 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property gap_trigger

触发间隙的位数。默认值为 22。

这控制 -gap_trigger 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property gapextend

扩展间隙的成本（整数）。

这将控制添加 -gapextend 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property gapopen

打开间隙的成本（整数）。

这将控制添加 -gapopen 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property gilist

将数据库搜索限制为 GI 列表。

与：negative_gilist、seqidlist、negative_seqidlist、remote、subject、subject_loc 不兼容

这将控制添加 -gilist 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property h

打印 USAGE 和 DESCRIPTION；忽略其他参数。

此属性控制添加 -h 开关，将此属性视为布尔值。

property help

打印 USAGE、DESCRIPTION 和 ARGUMENTS 说明；忽略其他参数。

此属性控制添加 -help 开关，将此属性视为布尔值。

property html

生成 HTML 输出？另请参阅 outfmt 选项。

此属性控制添加 -html 开关，将此属性视为布尔值。

property import_search_strategy

要使用的搜索策略。

与：export_search_strategy 不兼容

这将控制添加 -import_search_strategy 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property inclusion_ethresh

成对比对 E 值包含阈值（浮点数，默认值为 0.002）。

这控制 -inclusion_ethresh 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property lcase_masking

是否在查询和目标序列中使用小写字母过滤？

此属性控制添加 -lcase_masking 开关，将其视为布尔值。

property line_length

用于格式化比对的行长度（整数，至少为 1，默认值为 60）。

对于 outfmt > 4 不适用。在 BLAST+ 2.2.30 中添加。

这控制添加 -line_length 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property matrix

评分矩阵名称（默认值为 BLOSUM62）。

这控制添加 -matrix 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property max_hsps

设置每个目标序列保存的 HSP 数量上限。

默认值为 0，表示没有限制。

这控制添加 -max_hsps 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property max_hsps_per_subject

覆盖每个目标序列保存的 HSP 数量上限，用于无间隙搜索（整数）。

这控制添加 -max_hsps_per_subject 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property max_target_seqs

要保留的对齐序列的最大数量（整数，至少为一个）。

这控制添加 -max_target_seqs 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property negative_gilist

将数据库搜索限制为除列出的 GI 之外的所有内容。

与以下选项不兼容：gilist、seqidlist、remote、subject、subject_loc

这控制添加 -negative_gilist 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property negative_seqidlist

将数据库搜索限制为除列出的 SeqID 之外的所有内容。

与以下选项不兼容：gilist、seqidlist、remote、subject、subject_loc

这控制添加 -negative_seqidlist 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property num_alignments

要显示 num_alignments 的数据库序列数量。

整数参数（至少为零）。默认值为 200。另请参见 num_alignments。

这控制添加 -num_alignments 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property num_descriptions

要显示单行描述的数据库序列数量。

整数参数（至少为零）。默认值为 500。另请参见 num_alignments。

这控制添加 -num_descriptions 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property num_iterations

执行的迭代次数。(整数 >=1, 默认为 1)。

与以下不兼容: remote

这控制 -num_iterations 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property num_threads

在 BLAST 搜索中使用的线程数。

整数，至少为一个。默认值为一个。与以下选项不兼容：remote

这控制添加 -num_threads 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property out

比对的输出文件。

这控制添加 -out 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property out_ascii_pssm

存储 PSSM 的 ASCII 版本的文件名。

这控制 -out_ascii_pssm 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property out_pssm

存储检查点文件的文件名。

这控制 -out_pssm 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property outfmt

比对视图。通常为整数 0-14，但对于某些格式，可以命名列，例如“6 qseqid sseqid”。对于 XML 输出，使用 5（与经典 BLAST 不同，经典 BLAST 使用 7 表示 XML）。

这控制添加 -outfmt 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property parse_deflines

是否应该解析查询和目标 defline(s)？

此属性控制添加 -parse_deflines 开关，将其视为布尔值。

property pseudocount

构建 PSSM 时使用的伪计数值。(整数，默认为 0)。

这控制 -pseudocount 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property qcov_hsp_perc

每个 hsp 的查询覆盖率百分比（浮点数，0 到 100）。

在 BLAST+ 2.2.30 中添加。

这控制添加 -qcov_hsp_perc 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property query

要搜索的序列。

这控制添加 -query 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property query_loc

查询序列上的位置（格式：start-stop）。

这控制添加 -query_loc 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property remote

是否远程执行搜索？

与以下选项不兼容：gilist、negative_gilist、subject_loc、num_threads、…

此属性控制添加 -remote 开关，将其视为布尔值。

property rpsdb

BLAST 域数据库名称 (字符串，默认为 ‘cdd_delta’)。

这控制着 -rpsdb 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的參數值。

property save_each_pssm

在每次迭代后保存 PSSM。

文件名在 -save_pssm 或 -save_ascii_pssm 选项中给出。

此属性控制 -save_each_pssm 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property save_pssm_after_last_round

在最后一次数据库搜索后保存 PSSM。

此属性控制 -save_pssm_after_last_round 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property searchsp

搜索空间的有效长度（整数）。

这控制添加 -searchsp 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property seg

使用 SEG 过滤查询序列（字符串）。

格式：“yes”、”window locut hicut” 或 “no” 以禁用。默认值为 “12 2.2 2.5”。

这控制添加 -seg 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property seqidlist

将数据库搜索限制为 SeqID 列表。

与以下选项不兼容：gilist、negative_gilist、remote、subject、subject_loc

这控制添加 -seqidlist 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property show_domain_hits

显示域命中？

与以下不兼容: remote, subject

此属性控制 -show_domain_hits 开关的添加，将此属性视为一个布尔值。

property show_gis

是否在 deflines 中显示 NCBI GI？

此属性控制添加 -show_gis 开关，将其视为布尔值。

property soft_masking

是否将过滤位置应用为软掩码（布尔值，默认值为 true）。

这控制添加 -soft_masking 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property subject

要搜索的目标序列(s)。

与以下选项不兼容：db、gilist、seqidlist、negative_gilist、negative_seqidlist、db_soft_mask、db_hard_mask

另请参见 subject_loc。

这控制添加 -subject 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property subject_loc

目标序列上的位置（格式：start-stop）。

与以下选项不兼容：db、gilist、seqidlist、negative_gilist、negative_seqidlist、db_soft_mask、db_hard_mask、remote。

另请参见 subject。

这控制添加 -subject_loc 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property sum_statistics

是否使用总计统计信息。

此属性控制添加 -sum_statistics 开关，将其视为布尔值。

property sum_stats

是否使用总计统计信息（布尔值）。

在 BLAST+ 2.2.30 中添加。

这控制添加 -sum_stats 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property threshold

将词添加到 BLAST 查找表中的最小得分（浮点数）。

这控制添加 -threshold 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property use_sw_tback

是否计算局部最优 Smith-Waterman 比对？

此属性控制是否添加 -use_sw_tback 开关，将此属性视为布尔值。

property version

打印版本号；忽略其他参数。

此属性控制是否添加 -version 开关，将此属性视为布尔值。

property window_size

多重命中窗口大小，使用 0 指定 1-命中算法（整数）。

此属性控制是否添加 -window_size 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property word_size

单词查找算法的单词大小。

整数。最小值 2。

此属性控制是否添加 -word_size 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property xdrop_gap

初步间隙扩展的 X-dropoff 值（以位表示）（浮点数）。

此属性控制是否添加 -xdrop_gap 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property xdrop_gap_final

最终间隙比对的 X-dropoff 值（以位表示）（浮点数）。

此属性控制是否添加 -xdrop_gap_final 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property xdrop_ungap

无间隙扩展的 X-dropoff 值（以位表示）（浮点数）。

此属性控制是否添加 -xdrop_ungap 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

class Bio.Blast.Applications.NcbimakeblastdbCommandline(cmd='makeblastdb', **kwargs)

Bases: AbstractCommandline

NCBI BLAST+ 程序 makeblastdb 的包装器。

这是一个用于 NCBI BLAST+ makeblastdb 应用程序的包装器，用于创建 BLAST 数据库。默认情况下，这将创建一个与输入文件同名的 BLAST 数据库。默认输出位置与输入位置相同。

>>> from Bio.Blast.Applications import NcbimakeblastdbCommandline
>>> cline = NcbimakeblastdbCommandline(dbtype="prot",
...                                    input_file="NC_005816.faa")
>>> cline
NcbimakeblastdbCommandline(cmd='makeblastdb', dbtype='prot', input_file='NC_005816.faa')
>>> print(cline)
makeblastdb -dbtype prot -in NC_005816.faa

您通常会使用 cline() 或通过 Python subprocess 模块运行命令行，如 Biopython 教程中所述。

__init__(cmd='makeblastdb', **kwargs): 初始化类。

property blastdb_version

要创建的 BLAST 数据库版本。提示：在 32 位 CPU 上使用 BLAST 数据库版本 4。默认为 5

这控制着 -blastdb_version 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的參數值。

property dbtype

目标数据库的分子类型（‘nucl’ 或 ‘prot’）。

这控制着 -dbtype 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的參數值。

property gi_mask

创建 GI 索引掩码数据。

此属性控制着 -gi_mask 开关的添加，将此属性视为一个布尔值。

property gi_mask_name

逗号分隔的掩码数据输出文件列表。

这控制着 -gi_mask_name 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的參數值。

property h

打印 USAGE 和 DESCRIPTION；忽略其他参数。

此属性控制添加 -h 开关，将此属性视为布尔值。

property hash_index

创建序列哈希值索引。

此属性控制着 -hash_index 开关的添加，将此属性视为一个布尔值。

property help

打印 USAGE、DESCRIPTION 和 ARGUMENTS 说明；忽略其他参数。

此属性控制添加 -help 开关，将此属性视为布尔值。

property input_file

输入文件/数据库名称。

这控制着 -in 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的參數值。

property input_type

指定在 input_file 中的数据类型。

默认值为 ‘fasta’。在 BLAST 2.2.26 中添加。

这控制着 -input_type 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property logfile

程序日志应重定向到的文件。

这控制着 -logfile 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property mask_data

包含由 NCBI 遮蔽应用程序（例如 dustmasker、segmasker、windowmasker）生成的遮蔽数据的输入文件列表，以逗号分隔。

这控制着 -mask_data 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property mask_desc

以逗号分隔的自由形式字符串列表，用于描述遮蔽算法详细信息。

这控制着 -mask_desc 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property mask_id

以逗号分隔的字符串列表，用于唯一标识遮蔽算法。

这控制着 -mask_id 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property max_file_sz

BLAST 数据库文件的最大文件大小。默认值为 ‘1GB’。

这控制着 -max_file_sz 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property out

比对的输出文件。

这控制添加 -out 参数及其关联的值。将此属性设置为所需的参数值。

property parse_seqids

如果设置，则解析 FASTA 输入的 seqid 的选项。

对于所有其他输入类型，seqid 会自动解析。

此属性控制着 -parse_seqids 开关的添加，将此属性视为一个布尔值。

property taxid

要分配给所有序列的分类 ID。

这控制着 -taxid 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property taxid_map

将序列 ID 映射到分类 ID 的文本文件。

格式：<SequenceId> <TaxonomyId><newline>

这控制着 -taxid_map 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property title

BLAST 数据库的标题。

这控制着 -title 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property version

打印版本号；忽略其他参数。

此属性控制是否添加 -version 开关，将此属性视为布尔值。