Bio.Align.phylip 模块

Bio.Align 对 PHYLIP 工具输入文件使用的比对格式的支持。

您应该通过 Bio.Align 函数使用此模块。

class Bio.Align.phylip.AlignmentWriter(target)

基类: AlignmentWriter

Clustalw 比对写入器。

fmt: str | None = 'PHYLIP'

format_alignment(alignment)

返回以 Phylip 格式表示的单个比对字符串。

__abstractmethods__ = frozenset({})

class Bio.Align.phylip.AlignmentIterator(source)

基类: AlignmentIterator

读取 Phylip 比对文件并返回一个 Alignment 迭代器。

记录名称限制为最多 10 个字符。

解析器根据文件内容确定文件格式是顺序格式还是交错格式，并相应地解析文件。

有关文件格式的更多信息，请参阅: http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/doc/sequence.html http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/doc/main.html#inputfiles

fmt: str | None = 'PHYLIP'

__abstractmethods__ = frozenset({})