Bio.Align.nexus 模块
Bio.Align 对 “nexus” 文件格式的支持。
您应该通过 Bio.Align 函数使用此模块。
另请参见 Bio.Nexus 模块（此代码在内部调用），因为它提供的功能不仅仅是访问比对或其作为 SeqRecord 对象的序列。
- class Bio.Align.nexus.AlignmentWriter(target, interleave=None)
-
Nexus 比对写入器。
请注意，Nexus 文件只应包含一个比对矩阵。
您应该通过 Bio.Align.write() 调用此类。
- fmt: str | None = 'Nexus'
- __init__(target, interleave=None)
创建 AlignmentWriter 对象。
- 参数
target - 输出流或文件名
- interleave - 如果为 None（默认值）：如果列数 > 1000，则交错
如果为 True：使用交错格式，如果为 False：不使用交错格式
- write_file(stream, alignments)
使用比对写入文件，并返回比对的数量。
alignments - 返回 Alignment 对象的列表或迭代器
- format_alignment(alignment, interleave=None)
返回包含以 Nexus 格式表示的单个比对的字符串。
创建空 Nexus 对象，添加序列，然后让 Nexus 准备输出。
alignment - Alignment 对象
- interleave - 如果为 None（默认值）：如果列数 > 1000，则交错
如果为 True：使用交错格式，如果为 False：不使用交错格式
- write_alignment(alignment, stream, interleave=None)
将单个比对写入输出文件。
alignment - Alignment 对象
stream - 输出流
- interleave - 如果为 None（默认值）：如果列数 > 1000，则交错
如果为 True：使用交错格式，如果为 False：不使用交错格式
- write_alignments(stream, alignments)
将比对写入输出文件，并返回比对的数量。
alignments - 返回 Alignment 对象的列表或迭代器
- __abstractmethods__ = frozenset({})