Bio.Align.chain 模块

Bio.Align 对“chain”成对比对格式的支持。

如 UCSC 所述，链文件在一个文件中存储一系列成对比对。通常，它们用于基因组到基因组的比对。链文件存储比对片段的长度、比对间隙和比对分数，但不存储比对序列。

参见 https://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/chain.html.

您应该通过 Bio.Align 函数使用此模块。

链文件格式中的坐标定义为基于零的起始位置（如 Python）和比对区域大小。

class Bio.Align.chain.AlignmentWriter(target)

基类: AlignmentWriter

UCSC 链文件格式的比对文件写入器。

fmt: str | None = 'chain'

format_alignment(alignment)

返回一个字符串，其中包含一个格式化为链块的比对。

__abstractmethods__ = frozenset({})

class Bio.Align.chain.AlignmentIterator(source)

基类: AlignmentIterator

UCSC 链文件的比对迭代器。

文件中的每个链块都包含一个成对比对，这些比对将被加载并逐步返回。比对分数被评分为比对的属性；ID 存储在比对的 annotations 属性引用的字典中的“id”键下。

fmt: str | None = 'chain'

__abstractmethods__ = frozenset({})