Bio.motifs.mast 模块

用于支持 Motif Alignment and Search Tool (MAST) 的模块。

class Bio.motifs.mast.Record

基类：list

用于保存 MAST 运行结果的类。

mast.Record 保存关于 motif 与序列之间匹配的数据。Record 中保存的 motif 是 meme.Motif 类的对象。

mast.Record 类继承自 list，因此您可以通过索引访问记录中的单个 motif。或者，您也可以通过名称查找 motif。

>>> from Bio import motifs
>>> with open("motifs/mast.crp0.de.oops.txt.xml") as f:
...     record = motifs.parse(f, 'MAST')
>>> motif = record[0]
>>> print(motif.name)
1
>>> motif = record['1']
>>> print(motif.name)
1

__init__()

初始化类。

__getitem__(key)

返回索引为 key 的 motif。

Bio.motifs.mast.read(handle)

将 MAST XML 格式句柄解析为 Record 对象。