Bio.motifs.jaspar 包

子模块

• Bio.motifs.jaspar.db 模块
  • JASPAR5
    • JASPAR5.__init__()
    • JASPAR5.__str__()
    • JASPAR5.fetch_motif_by_id()
    • JASPAR5.fetch_motifs_by_name()
    • JASPAR5.fetch_motifs()

模块内容

JASPAR2014 模块。

class Bio.motifs.jaspar.Motif(matrix_id, name, alphabet='ACGT', alignment=None, counts=None, collection=None, tf_class=None, tf_family=None, species=None, tax_group=None, acc=None, data_type=None, medline=None, pazar_id=None, comment=None)

基类： Motif

Bio.motifs.Motif 的子类，用于表示 JASPAR 谱。

如果可用，将存储其他元数据信息。元数据可用性取决于 JASPAR 基序的来源（‘pfm’ 格式文件、‘jaspar’ 格式文件或 JASPAR 数据库）。

__init__(matrix_id, name, alphabet='ACGT', alignment=None, counts=None, collection=None, tf_class=None, tf_family=None, species=None, tax_group=None, acc=None, data_type=None, medline=None, pazar_id=None, comment=None)

构建一个 JASPAR 基序实例。

property base_id

返回 JASPAR 基本矩阵 ID。

property version

返回 JASPAR 矩阵版本。

__str__()

返回 JASPAR 谱的字符串表示。

我们选择仅提供已填充的元数据信息。

__hash__()

返回与 JASPAR 谱相对应的散列键。

注意：

我们假设矩阵 ID 的唯一性

__eq__(other)

如果矩阵 ID 相同，则返回 True。

class Bio.motifs.jaspar.Record

基类： list

表示 jaspar 基序列表。

属性

• version: 使用的 JASPAR 版本

__init__()

初始化类。

__str__()

返回 Record 中所有基序的字符串。

to_dict()

将矩阵列表作为矩阵字典返回。

Bio.motifs.jaspar.read(handle, format)

从几种不同的 JASPAR 格式之一的文件中读取基序(s)。

返回 PFM(s) 的记录。根据传递的格式调用相应的例程。

Bio.motifs.jaspar.write(motifs, format)

以 “pfm” 或 “jaspar” 格式返回基序的表示。

Bio.motifs.jaspar.calculate_pseudocounts(motif)

计算伪计数。

计算序列总数乘以背景核苷酸的平方根。

Bio.motifs.jaspar.split_jaspar_id(id)

将 JASPAR 矩阵 ID 分割为其组成部分。

组成部分是基本 ID 和版本号，例如 ‘MA0047.2’ 将返回为 (‘MA0047’, 2)。