Bio.SwissProt.KeyWList 模块

解析 SwissProt/UniProt 中 keywlist.txt 文件的代码。

请参阅
  • Record 存储 keywlist.txt 文件中一个关键词或一个类别的信息。

函数
  • parse 解析 keywlist.txt 文件并返回包含其记录的迭代器。

class Bio.SwissProt.KeyWList.Record

基类: dict

存储关键词列表中一个关键词或类别的信息。

该记录将 keywlist.txt 文件中的一个关键词或类别信息存储为 Python 字典。字典中的键是 keywlist.txt 文件中可能出现的行代码。

---------  ---------------------------     ----------------------
Line code  Content                         Occurrence in an entry
---------  ---------------------------     ----------------------
ID         Identifier (keyword)            Once; starts a keyword entry
IC         Identifier (category)           Once; starts a category entry
AC         Accession (KW-xxxx)             Once
DE         Definition                      Once or more
SY         Synonyms                        Optional; once or more
GO         Gene ontology (GO) mapping      Optional; once or more
HI         Hierarchy                       Optional; once or more
WW         Relevant WWW site               Optional; once or more
CA         Category                        Once per keyword entry; absent
                                           in category entries
__init__()

初始化类。

Bio.SwissProt.KeyWList.parse(handle)

从文件句柄解析关键词列表。

返回一个生成器对象,它生成 Bio.SwissProt.KeyWList.Record() 对象的关键词条目。