Bio.Sequencing.Phd 模块

PHRED 输出并由 PHRAP 和 CONSED 使用的 PHD 文件的解析器。

此模块可以直接使用，它将返回包含文件中所有原始数据的 Record 对象。

或者，使用 Bio.SeqIO 与“phd”格式将内部调用此模块。这将为每个重叠群序列提供 SeqRecord 对象。

class Bio.Sequencing.Phd.Record

基类：object

保存来自 PHD 文件的信息。

__init__()

初始化类。

Bio.Sequencing.Phd.read(source)

从文件中读取一个 PHD 记录，并将其作为 Record 对象返回。

参数 source 是以文本模式打开的文件类对象，或文件路径。

此函数从源中逐行读取 PHD 文件数据，并返回一个单一的 Record 对象。如果在文件中发现多个记录，则会引发 ValueError。

Bio.Sequencing.Phd.parse(source)

遍历文件，生成多个 PHD 记录。

参数 source 是以文本模式打开的文件类对象，或文件路径。

数据从源中逐行读取。

典型用法

records = parse(handle)
for record in records:
    # do something with the record object