Bio.SeqIO.SeqXmlIO 模块

Bio.SeqIO 对 “seqxml” 文件格式 SeqXML 的支持。

此模块用于将 SeqXML 格式文件读写为 SeqRecord 对象，预期通过 Bio.SeqIO API 使用。

SeqXML 是一种轻量级 XML 格式，旨在替代 FASTA 文件。有关更多信息，请参见 http://www.seqXML.org 和 Schmitt 等人 (2011) ， https://doi.org/10.1093/bib/bbr025

class Bio.SeqIO.SeqXmlIO.ContentHandler

基类：ContentHandler

处理解析器生成的 XML 事件（私有）。

__init__()

创建一个处理程序来处理 XML 事件。

startDocument()

找到 XML 声明时设置 XML 处理程序。

startSeqXMLElement(name, qname, attrs)

处理 seqXML 元素的开始。

endSeqXMLElement(name, qname)

处理 seqXML 元素的结束。

startEntryElement(name, qname, attrs)

使用 id 和可选的条目源设置新条目（私有）。

endEntryElement(name, qname)

处理条目元素的结束。

startEntryFieldElementVersion01(name, qname, attrs)

接收条目元素的字段并将其转发给版本 0.1。

startEntryFieldElement(name, qname, attrs)

接收条目元素的字段并将其转发给版本 >=0.2。

startSpeciesElement(attrs)

解析物种信息。

endSpeciesElement(name, qname)

处理物种元素的结束。

startDescriptionElement(attrs)

解析描述。

endDescriptionElement(name, qname)

处理描述元素的结束。

startSequenceElement(attrs)

解析 DNA、RNA 或蛋白质序列。

endSequenceElement(name, qname)

处理序列元素的结束。

startDBRefElement(attrs)

解析数据库交叉引用。

endDBRefElement(name, qname)

处理 DBRef 元素的结束。

startPropertyElement(attrs)

处理属性元素的开始。

endPropertyElement(name, qname)

处理属性元素的结束。

characters(data)

处理字符数据。

class Bio.SeqIO.SeqXmlIO.SeqXmlIterator(stream_or_path, namespace=None)

基类：SequenceIterator

seqXML 文件解析器。

解析 seqXML 文件并创建 SeqRecords。假设有效的 seqXML，请事先进行验证。假设一个记录的所有信息都可以在记录元素或其上找到。当元素的开始标记到达时，会调用两种类型的。要仅在元素的结束标记到达之前接收元素的属性，请实现 _attr_TAGNAME。要获得元素及其子元素作为 DOM 树，请实现 _elem_TAGNAME。DOM 树中的所有内容都不会触发任何其他方法调用。

BLOCK = 1024
__init__(stream_or_path, namespace=None)

创建对象并初始化 XML 解析器。

parse(handle)

开始解析文件，并返回一个 SeqRecord 生成器。

iterate(handle)

遍历 XML 文件中的记录。

__abstractmethods__ = frozenset({})
__parameters__ = ()
class Bio.SeqIO.SeqXmlIO.SeqXmlWriter(target, source=None, source_version=None, species=None, ncbiTaxId=None)

基类： SequenceWriter

将 SeqRecords 写入 seqXML 文件。

SeqXML 要求 SeqRecord 注释指定分子类型；分子类型必须包含术语“DNA”、“RNA”或“蛋白质”。

__init__(target, source=None, source_version=None, species=None, ncbiTaxId=None)

创建对象并启动 xml 生成器。

参数

  • target - 以二进制模式打开的输出流，或指向文件的路径。

  • source - 文件的源程序/数据库，例如 UniProt。

  • source_version - 源程序或数据库的版本或发布号，其中数据来源于此。

  • species - 文件中所有条目来源物种的学名。

  • ncbiTaxId - 物种来源的 NCBI 分类标识符。

write_header()

使用文档元数据写入根节点。

write_record(record)

写入一条记录。

关闭根节点并完成 XML 文档。