Bio.SeqIO.PhdIO 模块

Bio.SeqIO 对“phd”文件格式的支持。

PHD 文件是由 PHRED 输出的，并由 PHRAP 和 CONSED 使用。

您应该通过 Bio.SeqIO 函数使用此模块，使用格式名称“phd”。另请参阅底层的 Bio.Sequencing.Phd 模块。

例如，使用 Bio.SeqIO，我们可以从 Biopython 单元测试中读取一个示例 PHRED 文件

>>> from Bio import SeqIO
>>> for record in SeqIO.parse("Phd/phd1", "phd"):
...     print(record.id)
...     print("%s..." % record.seq[:10])
...     print("%s..." % record.letter_annotations["phred_quality"][:10])
34_222_(80-A03-19).b.ab1
ctccgtcgga...
[9, 9, 10, 19, 22, 37, 28, 28, 24, 22]...
425_103_(81-A03-19).g.ab1
cgggatccca...
[14, 17, 22, 10, 10, 10, 15, 8, 8, 9]...
425_7_(71-A03-19).b.ab1
acataaatca...
[10, 10, 10, 10, 8, 8, 6, 6, 6, 6]...

由于 PHRED 文件包含质量得分，您可以将它们保存为 FASTQ 或 QUAL 文件，例如使用 Bio.SeqIO.write(…), 或者只需使用 SeqRecord 对象的 format 方法

>>> print(record[:50].format("fastq"))
@425_7_(71-A03-19).b.ab1
acataaatcaaattactnaccaacacacaaaccngtctcgcgtagtggag
+
++++))'''')(''')$!$''')''''(+.''$!$))))+)))'''''''

或者，

>>> print(record[:50].format("qual"))
>425_7_(71-A03-19).b.ab1
10 10 10 10 8 8 6 6 6 6 8 7 6 6 6 8 3 0 3 6 6 6 8 6 6 6 6 7
10 13 6 6 3 0 3 8 8 8 8 10 8 8 8 6 6 6 6 6 6 6

注意，这些示例仅显示前 50 个碱基以保持输出简短。

Bio.SeqIO.PhdIO.PhdIterator(source: IO[str] | PathLike | str | bytes) → Iterator[SeqRecord]

从 PHD 文件返回 SeqRecord 对象。

参数

• source - 以文本模式打开的输入流，或文件的路径

这使用 Bio.Sequencing.Phd 模块来完成繁重的工作。

class Bio.SeqIO.PhdIO.PhdWriter(handle: IO | PathLike | str | bytes)

Bases: SequenceWriter

用于写入 Phd 格式文件的类。

__init__(handle: IO | PathLike | str | bytes) → None

初始化类。

write_record(record)

将单个 Phd 记录写入文件。