Bio.Restriction.PrintFormat 模块

打印限制性内切酶分析的结果。

PrintFormat 以三种不同的格式打印限制性分析的结果：列表、列或映射。

最简单的使用方法是

>>> from Bio.Restriction.PrintFormat import PrintFormat
>>> from Bio.Restriction.Restriction import RestrictionBatch
>>> from Bio.Seq import Seq
>>> pBs_mcs = Seq('GGTACCGGGCCCCCCCTCGAGGTCGACGGTATCGATAAGCTTGATATCGAATTC')
>>> restriction_batch = RestrictionBatch(['EcoRI', 'BamHI', 'ApaI'])
>>> result = restriction_batch.search(pBs_mcs)
>>> my_map = PrintFormat()
>>> my_map.print_that(result, 'My pBluescript mcs analysis:\n',
...               'No site:\n')
My pBluescript mcs analysis:
ApaI       :  12.
EcoRI      :  50.
No site:
BamHI     

>>> my_map.sequence = pBs_mcs
>>> my_map.print_as("map")
>>> my_map.print_that(result)
           12 ApaI
           |                                                
           |                                     50 EcoRI
           |                                     |          
GGTACCGGGCCCCCCCTCGAGGTCGACGGTATCGATAAGCTTGATATCGAATTC
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CCATGGCCCGGGGGGGAGCTCCAGCTGCCATAGCTATTCGAACTATAGCTTAAG
1                                                   54


   Enzymes which do not cut the sequence.

BamHI     

>>>

PrintFormat 的一些方法旨在被派生类覆盖。

使用以下参数控制外观

ConsoleWidth使用的控制台宽度，默认为 80。
绝不小于 60。
NameWidth：在 PrintList 方法中分配给名称的空间。
Indent：第二行的缩进。
MaxSize序列的最大大小（默认值为 6：
-> 99 999 bp + 1 个尾随的“，”人们不太可能要求对大于 100.000 bp 的序列进行限制性位点图。这需要确定为位点位置保留的空间。
- MaxSize = 5 => 9.999 bp
- MaxSize = 6 => 99.999 bp
- MaxSize = 7 => 999.999 bp

示例输出

<------------ ConsoleWidth --------------->
<- NameWidth ->
EcoRI         :   1, 45, 50, 300, 400, 650,
                      700, 1200, 2500.
                  <-->
                    Indent

class Bio.Restriction.PrintFormat.PrintFormat

基类：object

PrintFormat 允许打印限制性分析的结果。

ConsoleWidth = 80

NameWidth = 10

MaxSize = 6

Cmodulo = 0

PrefWidth = 80

Indent = 4

linesize = 70

print_as(what='list')

按指定方式打印结果。

有效的格式是: ‘list’ -> 按字母顺序 ‘number’ -> 序列中的位点数量 ‘map’ -> 序列的映射表示，其中包含位点。

如果您需要更多灵活性，请覆盖虚拟方法 make_format。

format_output(dct, title='', s1='')

将结果总结为格式良好的字符串。

参数

dct 是 RestrictionBatch.search() 返回的字典
title 是映射的标题。它必须是格式化的字符串，即您必须包含换行符。
s1 是分隔具有位点的酶列表和没有位点的酶列表的标题。
s1 也必须是格式化的字符串。

print_that 的格式是一个列表。

print_that(dct, title='', s1='')

打印 format_output 方法的输出（已过时）。

参数

dct 是 RestrictionBatch.search() 返回的字典
title 是映射的标题。它必须是格式化的字符串，即您必须包含换行符。
s1 是分隔具有位点的酶列表和没有位点的酶列表的标题。
s1 也必须是格式化的字符串。

此方法打印 A.format_output() 的输出，它是为了向后兼容而保留的。

make_format(cut=(), title='', nc=(), s1='')

用于格式化结果的虚拟方法。

虚拟方法。在这里指向一个 _make_* 方法。您也可以创建一个新方法并将 make_format 指向它。