Bio.PDB.cealign 模块

使用组合扩展进行蛋白质结构比对。

Python 代码由 Joao Rodrigues 编写。C++ 代码和 Python/C++ 接口改编自开源 Pymol，最初由 Jason Vertrees 编写。原始许可证和通知可在 cealign 文件夹中找到。

参考文献

Shindyalov, I.N., Bourne P.E. (1998)。“通过最佳路径的增量组合扩展 (CE) 进行蛋白质结构比对”。蛋白质工程。11(9): 739–747。PMID 9796821。

class Bio.PDB.cealign.CEAligner(window_size=8, max_gap=30)

基类：object

使用组合扩展进行蛋白质结构比对。

__init__(window_size=8, max_gap=30)

使用结构数据将一组原子叠加到另一组原子。

结构使用引导原子 (CA 和 C4') 叠加，分别用于蛋白质和核酸分子。

参数：

window_sizefloat，可选

CE 算法参数。用于在构建 CE 相似性矩阵时定义路径。默认为 8。

max_gapfloat，可选

CE 算法参数。最大间隙大小。默认为 30。

get_guide_coord_from_structure(structure)

返回结构中引导原子的坐标。

我们使用引导原子 (C-alpha 和 C4' 原子)，因为与使用所有原子进行计算相比，它要快得多，并且没有明显损失精度。

set_reference(structure)

定义一个参考结构，所有其他结构都将与之对齐。

align(structure, transform=True)

将输入结构与参考结构对齐。

参数：

transform: bool，可选

如果为 True（默认），则将最小化两个结构之间 RMSD 的旋转/平移应用于输入结构。如果为 False，则结构不会修改，但仍然会计算最佳 RMSD。