Bio.Graphics.KGML_vis 模块

用于可视化 KGML 通路图的类和函数。

KGML 定义来自 KGML v0.7.1 版本 (http://www.kegg.jp/kegg/xml/docs/)

类

Bio.Graphics.KGML_vis.darken(color, factor=0.7)

返回 ReportLab RGB 颜色格式的深色颜色。

接收一个颜色，返回一个 Reportlab 颜色，该颜色比传入的颜色暗一个指定的系数。

Bio.Graphics.KGML_vis.color_to_reportlab(color)

以 Reportlab Color 格式返回传入的颜色。

我们允许以十六进制值、元组或 Reportlab Color 对象来指定颜色，并且可以带有或不带有 alpha 通道。此函数充当将这些格式转换为 Reportlab Color 对象（带有 alpha 值）的“罗塞塔石”。

任何其他颜色规格将直接返回。

Bio.Graphics.KGML_vis.get_temp_imagefilename(url)

返回包含下载图像的临时文件的名称。

创建一个新的临时文件来保存传入 URL 的图像文件，并返回文件名。

class Bio.Graphics.KGML_vis.KGMLCanvas(pathway, import_imagemap=False, label_compounds=True, label_orthologs=True, label_reaction_entries=True, label_maps=True, show_maps=False, fontname='Helvetica', fontsize=6, draw_relations=True, show_orthologs=True, show_compounds=True, show_genes=True, show_reaction_entries=True, margins=(0.02, 0.02))

基类: object

KGML 通路图的 Reportlab Canvas 基于表示。

__init__(pathway, import_imagemap=False, label_compounds=True, label_orthologs=True, label_reaction_entries=True, label_maps=True, show_maps=False, fontname='Helvetica', fontsize=6, draw_relations=True, show_orthologs=True, show_compounds=True, show_genes=True, show_reaction_entries=True, margins=(0.02, 0.02))

初始化类。

draw(filename)

将地图元素添加到绘制中。