Bio.Graphics.DisplayRepresentation 模块

表示图形显示的信息。

此模块中的类旨在以易于绘制图形的方式保存信息。

class Bio.Graphics.DisplayRepresentation.ChromosomeCounts(segment_names, color_scheme=RAINBOW_COLORS)

基类：object

表示具有计数信息的染色体。

这用于显示有关染色体上计数的信息。预计这些片段将具有不同的计数信息，这些信息将使用颜色方案显示。

我设想在您认为染色体的某些区域在计数中特别丰富并且您想挑出这些区域时使用此类。

__init__(segment_names, color_scheme=RAINBOW_COLORS)

初始化染色体计数的表示。

参数

• segment_names - 染色体上所有片段名称的有序列表。计数和其他信息将添加到这些名称中。

• color_scheme - 用于计数的颜色方案。这应该是一个字典，将计数范围映射到颜色（在 reportlab.lib.colors 中指定）。

add_count(segment_name, count=1)

将计数添加到给定的片段名称。

参数

• segment_name - 我们应该添加计数的片段的名称。如果名称不存在，则会引发 KeyError。

• count - 要添加到当前段的计数。默认为单个计数。

scale_segment_value(segment_name, scale_value=None)

将段的计数除以某种比例值。

如果段不是由原始计数表示，而是由除以某个数字的计数表示，则此操作很有用。

add_label(segment_name, label)

将标签添加到特定段。

如果未找到指定的段名称，则引发 KeyError。

set_scale(segment_name, scale)

设置特定染色体段的比例。

默认情况下，所有段都具有相同的比例 - 这允许根据段的大小进行缩放。

如果未找到指定的段名称，则引发 KeyError。

get_segment_info()

检索有关段的颜色和标签信息。

返回一个列表，其中包含两个元组，分别指定每个段的计数和标签名称。该列表根据名称的原始列表排序。如果未指定标签，则标签设置为 None。

fill_chromosome(chromosome)

将收集的段信息添加到染色体以进行绘制。

参数

• chromosome - 一个我们可以添加染色体段的染色体图形对象。

这会创建 ChromosomeSegment（和 TelomereSegment）对象以填充染色体。信息来自标签和计数信息，其中计数转换为指定的颜色图。

返回包含所有添加的段的染色体。