Bio.Data.CodonTable 模块
基于 NCBI 的密码子表。
这些表基于解析 NCBI 文件 ftp://ftp.ncbi.nih.gov/entrez/misc/data/gc.prt，使用 Scripts/update_ncbi_codon_table.py
最后更新于版本 4.4（2019 年 5 月）
- exception Bio.Data.CodonTable.TranslationError
基类：
Exception用于翻译特定异常的容器。
- class Bio.Data.CodonTable.CodonTable(nucleotide_alphabet: str | None = None, protein_alphabet: str | None = None, forward_table: dict[str, str] = forward_table, back_table: dict[str, str] = back_table, start_codons: list[str] = start_codons, stop_codons: list[str] = stop_codons)
基类：
object密码子表，或遗传密码。
- __init__(nucleotide_alphabet: str | None = None, protein_alphabet: str | None = None, forward_table: dict[str, str] = forward_table, back_table: dict[str, str] = back_table, start_codons: list[str] = start_codons, stop_codons: list[str] = stop_codons) None
初始化类。
- forward_table: dict[str, str] = {}
- back_table: dict[str, str] = {}
- start_codons: list[str] = []
- stop_codons: list[str] = []
- __str__()
返回密码子表的简单文本表示。
例如：
>>> import Bio.Data.CodonTable >>> print(Bio.Data.CodonTable.standard_dna_table) Table 1 Standard, SGC0 | T | C | A | G | --+---------+---------+---------+---------+-- T | TTT F | TCT S | TAT Y | TGT C | T T | TTC F | TCC S | TAC Y | TGC C | C ... G | GTA V | GCA A | GAA E | GGA G | A G | GTG V | GCG A | GAG E | GGG G | G --+---------+---------+---------+---------+-- >>> print(Bio.Data.CodonTable.generic_by_id[1]) Table 1 Standard, SGC0 | U | C | A | G | --+---------+---------+---------+---------+-- U | UUU F | UCU S | UAU Y | UGU C | U U | UUC F | UCC S | UAC Y | UGC C | C ... G | GUA V | GCA A | GAA E | GGA G | A G | GUG V | GCG A | GAG E | GGG G | G --+---------+---------+---------+---------+--
- __annotations__ = {'back_table': dict[str, str], 'forward_table': dict[str, str], 'start_codons': list[str], 'stop_codons': list[str]}
- Bio.Data.CodonTable.make_back_table(table, default_stop_codon)
返回一个反向表（朴素的单个密码子映射）。
仅返回一个密码子，根据其排序顺序从可能的备选方案中选择。
- class Bio.Data.CodonTable.NCBICodonTable(id, names, table, start_codons, stop_codons)
基类：
CodonTable用于通用核苷酸序列的密码子表。
- nucleotide_alphabet: str | None = None
- protein_alphabet = 'ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY'
- __init__(id, names, table, start_codons, stop_codons)
初始化类。
- __repr__()
将 NCBI 密码子表类表示为用于调试的字符串。
- __annotations__ = {'back_table': 'dict[str, str]', 'forward_table': 'dict[str, str]', 'nucleotide_alphabet': typing.Optional[str], 'start_codons': 'list[str]', 'stop_codons': 'list[str]'}
- class Bio.Data.CodonTable.NCBICodonTableDNA(id, names, table, start_codons, stop_codons)
-
用于明确 DNA 序列的密码子表。
- nucleotide_alphabet: str | None = 'GATC'
- class Bio.Data.CodonTable.NCBICodonTableRNA(id, names, table, start_codons, stop_codons)
-
用于明确 RNA 序列的密码子表。
- nucleotide_alphabet: str | None = 'GAUC'
- class Bio.Data.CodonTable.AmbiguousCodonTable(codon_table, ambiguous_nucleotide_alphabet, ambiguous_nucleotide_values, ambiguous_protein_alphabet, ambiguous_protein_values)
基类：
CodonTable用于模糊序列的基本密码子表。
- __init__(codon_table, ambiguous_nucleotide_alphabet, ambiguous_nucleotide_values, ambiguous_protein_alphabet, ambiguous_protein_values)
初始化类。
- __getattr__(name)
将属性查找转发到原始表。
- Bio.Data.CodonTable.list_possible_proteins(codon, forward_table, ambiguous_nucleotide_values)
返回模糊密码子所有可能的编码氨基酸。
- Bio.Data.CodonTable.list_ambiguous_codons(codons, ambiguous_nucleotide_values)
扩展密码子列表以包括所有可能的模糊密码子。
例如：
['TAG', 'TAA'] -> ['TAG', 'TAA', 'TAR'] ['UAG', 'UGA'] -> ['UAG', 'UGA', 'URA']
请注意，[‘TAG’, ‘TGA’] -> [‘TAG’, ‘TGA’]，这不会添加 ‘TRR’（它也可能代表 ‘TAA’ 或 ‘TGG’）。因此，在下面的示例中只会添加两个密码子
例如：
['TGA', 'TAA', 'TAG'] -> ['TGA', 'TAA', 'TAG', 'TRA', 'TAR']
返回一个新的（更长的）密码子字符串列表。
- class Bio.Data.CodonTable.AmbiguousForwardTable(forward_table, ambiguous_nucleotide, ambiguous_protein)
基类：
object用于翻译模糊核苷酸序列的正向表。
- __init__(forward_table, ambiguous_nucleotide, ambiguous_protein)
初始化类。
- __contains__(codon)
检查密码子是否可以用作模糊正向表的键。
仅当 forward_table[codon] 返回一个值时才返回 ‘True’。
- get(codon, failobj=None)
为类似字典的行为实现 get。
- __getitem__(codon)
为 AmbiguousForwardTable 实现类似字典的行为。
forward_table[codon] 将返回一个氨基酸字母，或者抛出一个 KeyError（如果密码子没有编码氨基酸）或一个 TranslationError（如果密码子编码了氨基酸，但它也是一个终止密码子，或者编码了多个氨基酸，在这种情况下，在给定字母表中没有可用的唯一字母）。
- Bio.Data.CodonTable.register_ncbi_table(name, alt_name, id, table, start_codons, stop_codons)
将密码子表数据转换为对象（私有）。
数据存储在字典中。